「#分子シミュレーション」の人気タグ記事一覧｜note ――つくる、つながる、とどける。

東北大ら、エポキシ樹脂の分子構造と力学・光学特性の相関を解明：注目ニュース✨

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一般化ランジュバン方程式を用いた局所拡散係数の導出

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Metadynamicsの境界補正について

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τ‑Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations

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【書評】Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 14 - Quantum time-dependent statistical mechanics

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Infrequent Metadynamics

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 12 - The Feynman path integral

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 15 - The Langevin and generalized Langevin equations

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【内容一部公開】MDシミュレーションの初歩から実践まで――近刊『分子動力学法と原子間ポテンシャル』

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metadynamicsにおける自由エネルギーの時間依存定数項を決定する方法

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 6 - The grand canonical ensemble

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 7 - Monte Carlo

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Parallel Bias Metadynamics

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外力がない場合の能勢・フーバー熱浴の問題点

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 5 - The isobaric ensemble

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 8 - Free energy calculations

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 4 - The canonical ensemble

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Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation Chapter 2 - Theoretical foundations of classical statistical mechanics -

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Umbrella samping/ガウス過程回帰による自由エネルギー曲線の予測

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Funnel Metadynamics

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Umbrella SamplingとWeighted Histogram Analysis Method

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自由エネルギー計算のslow-growth法とfast-growth法

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MD計算における温度制御について

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軌道アンサンブル平均からのクルックスの揺動定理の導出

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NPT条件下で時間依存の物理量を解析する方法

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Boltzmann generators

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平衡化について

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Plumed + Gromacsのインストール

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ProteinQure Inc.

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Adiabatic free energy dynamics

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平均力ポテンシャルとは

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↓の論文の背景理論がインチキすぎるんだけど、理論系のジャーナルに採択されてしまっているという驚愕の事実。。。 https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.4c01805

5日前

【学会誌】マルチスケールなシミュレーション

10か月前

GROMACS 2021からmultiple timing-stepping integratorが採用された模様！ performanceが気になるけどインストールできる環境がない。。。

4年前

Targeted MD

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metadynamics trajectoryから任意の自由度の統計的性質を解析する方法

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MD trajectoryから系内の自由度の確率分布を生成する方法

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