sekiguti shinichi
生物顕微鏡での珪藻の観察、顕微鏡の自作や改造などについての記事をまとめました。
安かったのでヤフオクで家を買いました。 果たして住める家になるのか？
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●人工生命って？人工生命ってちょっとＳＦチックな感じがする言葉ですね。なんだか未来的なイメージがある反面うさんくさい気もします。 人工生命（Artificial life)という言葉が使われるようになったのは、１９８０年代の後半のことです。だいたいパソコンの普及と同じ頃です。 そもそも、人工生命ということを提唱したアメリカのＣ.ラングトンは、大きなスーパーコンピュータではなくapple Ⅱという小さなパソコンを使ってプログラムを作っていました。 人工生命を研究している人には
妻と夕食を食べながら話していたら、話の流れでお互いにインスタントフィクション（４００字程度のミニストーリー）を書いて見ようということになった。 テーマは眼の前にあった「ワイン」、締切は２週間後。 ということで２日締切は過ぎたけれどなんとかできた作品がこちら。 架空の話を書くのは初めてだったけれど、日常を過ごしている時でも、あそこはこうした方が良さそうなどアイデアが浮かんで来てなかなか楽しい体験だった。 もう少し先まで考えていたけれど余韻を残して考えてもらうようにした。
前回は目から脳に位置関係を保ったまま神経が接続する仕組みをChatGPTに書いてもらったプログラムを元に作成してみました。 プログラムの概要としては、網膜の物質の濃度勾配を位置情報として、視神経の軸索が網膜上での位置に応じて固有の変数をもつことで、その変数と脳の位置情報の差が一番少ない場所に移動するというものです。 実際の生物では脳の視蓋におけるエフリンという物質の濃度が位置情報になり、視神経の軸索にあるエフリン受容体の密度の違いによってマッチングが行われるようです。
神経シミュレーション それでは前回の続きとしてChatGPTのソースコードを修正してシミュレーションを完成させましょう。 ChatGPTの作成したものは、パッチというタイル状の基盤に位置情報を表すエフリンの濃度勾配をつくり、左端が網膜、右端が脳の視覚野として視神経を表すタートルというキャラクターが左端から右端に移動するというもです。 手動で修正する 網膜と脳が一続きになっているため、中間にエフリンのない中間地点をつくりました。 その中間地点をタートルが左から右に向か
Chat GPTにソースコードを書いてもらう事ができると聞いてNetLogoのコードも書いてもらえるか試してみました。 NetLogoはここでダウンロードできます。 お題は以前書いた視神経が脳の視覚野に接続される方法についてです。 まずChatGPTが視神経の発生について基礎知識を持っているか確認します。 発生上の過程でトポグラフィカルマッピングが行われる仕組みはどのようになっていますか 視神経が視覚野の正確な場所に誘導される過程をNetLogoでシミュレートできます
3Dプリンターで作成した電動の研究室グレードの顕微鏡「OpenFlexure顕微鏡」を色々試している。今回は画像の自動撮影機能を使って撮ったモザイク写真を結合する手順を書いてみる。 今回はMacを使用したが、Windowsでも同様にできると思う。 少し古いソフトだがマイクロソフトのImage Composite Editorという無料のパノラマ写真を作るソフトが使えるようだ。すでにサポートが終わっているので自己責任でご使用ください。 64bit版： https://w
しばらくオープンソースの顕微鏡作りにハマっているが、それが実際の顕微鏡の電動化にも使えるのではと思い試してみた。 OpenFlexure 制作記はこちら なぜ電動化したいのか 以前オークションでオリンパスのBHという生物顕微鏡を買って、珪藻のスライドを見るのが趣味だった。海外オークションサイトのebayで１００年ほど前のスライドを購入したりもしていた。 数がたくさんあり全部見ることもできていない。これを撮影してデジタルデータにできないかと思いカメラに接続して時々イ
しばらく記事の更新が滞ってしまいましたが、途中で新しいものを見つけてそちらを制作していました。 https://agupubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1029/2021GC009693 また、本家サイトに結構細かく作り方が載っているので、組み立ては大体書いてあるとおりに進めればできると思います。 ゴムを引っ掛けるのがうまくいかないようでしたら、手芸用のシリコンゴムを結んで引っ張ると良いです。 OSを起動したときにアップ
noteで文章を書いていると読む人のことが気になってくる。どんな人が読んでいるのだろうか？読んでどんなことを感じているのだろうか？ いいねをくれた人の記事を読んだりすると、「こんな人が読んでくれているんだ。」と読み手を想像して書くということもでてくる。 AIに読んでもらうために書く noteで書くネタを考えていたときに、ふと自分が書いたものがAIの学習に使われてAIの知識の一部になるかもしれないなーと思いついた。そうすると人間に向けてテキストを書くだけでなくAIに学習さ
３Dプリンターを買おう 前回は材料の紹介をしましたが、肝心の３Dプリンターを持っていない方もいるかも知れません。私は９年ほど前に中国製のキットを買って作りましたが、最近は初心者でも使える３Dプリンターが以前より安く売られているのでチャレンジしてみるのも良いと思います。 組み立て方や使い方の手順はこちらの記事がわかりやすいと思います。 作ってみよう今回作った顕微鏡は高画質バージョンのOpenFlexure Microscope v7というものです。V7でだいぶ性能がアップし
研究室グレードの顕微鏡を３Dプリンターで作れるというネット記事を読み、少し材料をネットで買えば自分でも作れそうだったので早速作ってみました。 日本語での情報がそれほどなかったので、参考になればと思いまとめてみます。ブラウザの翻訳機能を使えば中学生でも作れると思います。 顕微鏡の機能オートフォーカス 電動ステージ キーボードや操作画面からステージを上下左右に操作できます。 撮影画像をクリックしてステージ操作 画面をクリックすると、クリックした場所が中央になるようにステ
前回、生命現象の中で不思議に思われることをいくつか紹介しました。その中で、今回はホタルの同時明滅の現象を取り上げたいと思います。実際にNetLogoでシミュレーションを作成しながら様々な条件を試してみましょう。 ネットロゴのインストールについては、第１回を御覧ください。 ホタルは種類や生息場所によって発光のリズムをもっています。それぞれの個体が、それぞれのタイミングで発光するのですが、ホタルの種類によっては集団になるとその発光のタイミングが集団で同期して行く現象が知られて
高校の時に生物部に入り、生物の授業を聞く中で生物学に興味を持ったのですが、学んでいく中で、本当に知りたいことは、なかなかわからないという思いが溜まってきました。 僕の生物への興味は、自分がこうして意思を持って存在しているということへの強烈な疑問と不安に基づいています。それは、小学生の頃や思春期の頃に宇宙の始まりや終わり、死を想像した時の胸が締め付けられるような不安と不思議さへの畏怖のような気持ちです。 生物学は、本当に信じられないような緻密な仕組みによって生き物が生きてい
この前、市民科学（シチズンサイエンス）のサイトを作ろうと思い立った。 そこでどんな方針で作っていこうか思いついたことをつらつらと書いてみる。 タイトルについて 市民が参加する、または市民の立場にたった科学的な活動のことを「市民科学」ということが多い。 市民という言葉には、市民VS政府というように体制へのチェックや異議申し立てのニュアンスもあり実際そのような活動も広く行われている。 環境汚染や原発事故の問題、公害について市民が主体となって科学的な調査を行うなど実際に成果
以前、UVレジンで顕微鏡を作る記事を書いた。これは、たまたま見かけた「Fabricating low cost and high performance elastomer lenses using hanging droplets」という論文を元に、身近に手に入るUVレジンで試してみたものだ。といっても英語は読めないのでグーグル翻訳にたよった。 「Foldscope」という折り紙顕微鏡の記事を見て３０セットぐらい購入したこともあったので、なんとか自分でもこういったものが作
乙武さんの「五体不満足」の本は、一般的な障害者のイメージを崩して広く受け入れられたけれど、「感動的な」障害者像の枠をでるものではありませんでした。（その後の活躍を通じて、障害者も人間だということが広まりましたが） 感動ポルノとは 「感動ポルノ」という言葉は刺激的で２４時間テレビで取り上げられる障害者のドキュメンタリーにもよく当てはまります。NHKでもそのような番組はよくあります。もちろん取り上げられる事例が全くの嘘ということではないし実際感動的だと思う。ただ言われてみると
