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田舎の放射線科医。脳画像解析や機械学習について勉強中です。調べたことをすぐ忘れてしまうので、解析方法のメモなどを載せていく予定です。

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田舎の放射線科医。脳画像解析や機械学習について勉強中です。調べたことをすぐ忘れてしまうので、解析方法のメモなどを載せていく予定です。

bash: ２つのテキストファイルの差分がわかるコマンド

例えば被験者リスト同士の差分を知りたいときなどに便利です。 以下のような２つのファイルがあったとします。 file1.txt file2.txt file1にあってfile2にないものを知りたいとき、どうすればいいでしょうか？ 色々な方法があると思いますが、grepというコマンドを使うと一瞬でわかります。 grep -Fxv -f file2.txt file1.txt ポイントは-f file2.txtの部分です。file2.txtの内容を１行ずつパターンとし

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    • よく使うlsコマンドオプション

      個人的にすぐ忘れる＆便利なオプションをまとめました。MacとLinuxで微妙に違うのでどちらで使えるかも記載しました。 Mac, Linux共通 変更された時間が最近のものから順に表示 -lt ディレクトリ自体の情報を表示 -ld ファイルサイズの単位を変換（KB, MB, GB） -lh サイズが大きい順（ただしファイルのみ） -S ソート順序を逆 -r ディレクトリを再帰的に表示 -R ファイル名をカンマで区切って連続表示 -m ファイルの種類を表示 -

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      • MacでDocker上の共有フォルダが開けない

        Failed to open directory "share" MacでDocker上のUbuntu（Lin4Neuro-jammy）から共有フォルダを開こうとしたら、下のような警告が出て開けませんでした。 結論から言うと、これは共有フォルダ内のファイルの拡張属性によるエラーです。 以下の方法で拡張属性を確認することができます。 1．Macのターミナル上で共有フォルダに移動 2.　ls -l@ 拡張属性がついている場合には、例えば以下のような表示になります。 ポイン

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        • シルエットスコア

          シルエットスコアについて勉強したので、ChatGPTにまとめてもらいました。ついでに直感的に理解したいと思い、excalidrawを使って図を作ってみました。 シルエットスコア（Silhouette Score） は、クラスタリングの結果の評価に使用される指標で、各データポイントが適切にクラスターに属しているかどうかを測定するためのものです。シルエットスコアは、クラスタリングアルゴリズムの性能を定量的に評価するために使用されます。 シルエットスコアの意味 シルエットスコ

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          LD_LIBRARY_PATHのエラー

          freesurferにはsegmentThalamicNuclei.shという視床をsubregionに分割してくれるプログラムがあります。久しぶりにこれを実行しようとしたところ、以下のようなエラーになりました。 ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー libGL error: MESA-LOADER: failed to open iris: 共有オブジェクトファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません libGL error:

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          LD_LIBRARY_PATHのエラー

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          bashの[[]]と[]

          bashで条件式を書きたい時、書き方は[[ 条件式 ]]と[ 条件式 ]の２通りあります。どちらも「カッコ内の条件が真なら」という意味になるのですが、[[ 条件式 ]]はほぼ[ 条件式 ]の上位互換です。というのはカッコ内に&&, ||が使えたり、()<>などを引用符で囲ったりしなくてすむのでより使い勝手がいいです。 ただ、数少ない例外がパス名展開をファイルに対して使いたい時です。 例えば、DWI.niiという名前か、DWI.nii.gzという名前か、どちらでも良いのでファ

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          bashの[[]]と[]

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          MacとLinuxのシステム情報

          recon-allをいくつなら安全に並列で走らせられるか？という時などに、メモリやCPUの数を知りたいことがあります。webを探せばいくらでも載っていますが、あまりまとめては載っていないので。。。 maccpu論理コア数（これが大事） 　sysctl -n hw.logicalcpu_max 物理コア数 　sysctl -n hw.physicalcpu_max 物理メモリ （追記）こっちの方が見やすいことに気づきました。詳しくはページ末尾にあります。 　system_pr

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          MacとLinuxのシステム情報

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          How to make a slspec file

          SummaryThere is a MRI scan order called "interleaved," in which every other slice is acquired consecutively. Diffusion-weighted images are often acquired by this method. If a subject moves violently even within a single volume scan, the sl

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          How to make a slspec file

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          bvecを簡単に視覚化する

          dcm2niixを使ってdMRIのDICOMをNIfTIファイルに変換すると、〇〇.bvecというMPGの軸方向を記載したファイルを作ってくれます。Matlabのファイルエクスチェンジにあるarrow3を使うとbvecファイルを簡単に視覚化することができます。 準備 まず、以下のmatlab　Fileexchangeページからarrow3というツールをダウンロードします。 https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchan

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          bvecを簡単に視覚化する

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          FSLアトラスの領域名

          FSLにはたくさんのアトラスが搭載されています。上図はfsleyes でHarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mmをMNI標準脳に重ねて表示したものです。下図のようにSettings⇨Ortho view⇨Atlasesを選んでアトラスパネルを表示させると、カーソル位置がアトラスのどの領域にあたるのか見ることができます。これはprobabilistic atlasなので各領域である確率が示されています。詳しい使い方についてはfsleyesのドキュ

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          FSLアトラスの領域名

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          画像情報をまとめて見る

          画像のインフォメーション（ex.ボリューム数、解像度、b値や軸数など）をにまとめて見たい 例えばFSLのコマンドのfslhdを使ってDWI画像のボリューム数を見る場合、通常は fslhd DWI.nii  とすると filename DWI.nii ・・・ dim0 4 dim1 256 dim2 256 dim3 74 dim4 54 ・・・ dim4が四次元方向のボリューム数になります。 でも複数の被験者（C1, C2, C3・・・）の画像を一人ずつ調べるのは面

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          画像情報をまとめて見る

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          slspecファイルの作り方

          概要MRIの撮影法に「interleaved」という方法がある。1枚おきにタイミングを変えて撮影する方法で、拡散強調像は主にこの方法で取得される。この方法で撮影中に体動が激しいと、一つのvolume内でも動きが出てスライスの繋がりがおかしくなってしまい、矢状断、冠状断で見たときにこんなジグザグパターンの画像が出来上がる。FSL(FMRIB Software Library)のツールを用いてこれを補正する方法についてまとめた。 追記（2023年10月5日） 以下の内容をほ

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          slspecファイルの作り方

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          ファイル圧縮や解凍をモニターする

          tarコマンドとpvコマンドを使います。 ファイル圧縮や解凍に時間がかかって、一体いつまで・・・？という時がありますが、pvを使うと終わった量、かかった時間、速度、プログレスバーを出してくれるので状況がわかって便利です。 ＃圧縮tar czf - data | pv > data.tar.gz$ 446MiB 0:00:43 [10.2MiB/s] [ <=> ]＃解凍pv data.tar.gz | tar xzf -$ 44

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          ファイル圧縮や解凍をモニターする

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          FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法

          例えば「右Heschl回のROIを取り出してseedとして使いたい」などの場合 前提条件 アトラスはROIごとに整数値の番号が振られていることが多い。これを使用してROI（VOI）を取り出す。 方法 FSLに含まれているfslmathsのコマンドを使う。 アトラスはatlas.nii, 右Heschl回の番号が84とする。 取り出したROIには任意の名前をつけられる。今回はHG_r-84.niiと言う名前にする。この時のコマンドは fslmaths atlas.nii

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          FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法

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