FSLアトラスの領域名
FSLにはたくさんのアトラスが搭載されています。上図はfsleyes でHarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mmをMNI標準脳に重ねて表示したものです。下図のようにSettings⇨Ortho view⇨Atlasesを選んでアトラスパネルを表示させると、カーソル位置がアトラスのどの領域にあたるのか見ることができます。これはprobabilistic atlasなので各領域である確率が示されています。詳しい使い方についてはfsleyesのドキュメンテーションをご覧ください。
https://open.win.ox.ac.uk/pages/fsl/fsleyes/fsleyes/userdoc/atlases.html
ある時アトラスの領域名にどんなものがあるか知りたいと思い一覧表になっているところはないか探してみました。web上にはなかなか見つけられませんでしたが、ABiSで教えてもらったことを思い出してFSLのファイルの中に見つけることができました。図はmacの場合ですが、Linuxでもほぼ同様です。なお現在デフォルトのFSLのインストール位置はホームディレクトリの下になっていますが、「fsl」以下の構造は同様です。
この中に「アトラス名.xml」というファイルがあります。これをテキストエディタで開くと、領域ごとのインデックスと領域名が載っています。
気をつけなければいけないのが、indexは0から始まっていますが、実際領域に振られている番号は＋１したものであることです。例えばCaudateの番号は0ではなく1です。
さらにこの法則もアトラスによって異なっています。
具体的には上部のアトラスのtypeが「Probabilistic」の場合には＋１、「Label」の場合にはそのままの番号です。
（参考：https://web.mit.edu/fsl_v5.0.10/fsl/doc/wiki/Atlases.html）
ちょっとややこしい上、毎回ファイルを探して確認するのも面倒なので領域名と番号のリストを作ってくれるスクリプトを作ってみました。実行するとアトラスのリストとアトラス選択のプロンプトが出てくるので、好きなアトラスの名前を選んでプロンプトに続けてコピペ、リターンするとリストを作ってくれます。下記のgithubレポジトリ内にあるのでご興味のある方はお試しください（日本語READMEもあります）。
https://github.com/Kikubernetes/shell_scripts/blob/main/README_ja.md#label_list_makersh
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