FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法

例えば「右Heschl回のROIを取り出してseedとして使いたい」などの場合

前提条件
アトラスはROIごとに整数値の番号が振られていることが多い。これを使用してROI（VOI）を取り出す。

方法
FSLに含まれているfslmathsのコマンドを使う。

アトラスはatlas.nii, 右Heschl回の番号が84とする。
取り出したROIには任意の名前をつけられる。今回はHG_r-84.niiと言う名前にする。この時のコマンドは

fslmaths atlas.nii -thr 84 -uthr 84 HG_r-84.nii

こんな感じで取り出せる。
＊コードのコピペがうまく行かないときがあるので、エラーが出る場合は手入力してみて下さい。

背景はMNI標準脳

fslmaths

fslmathsはいろんな計算ができて便利。だがユーザーガイドページのようなものは存在しない。fslmaths のコマンドでヘルプを見ることができるがちょっと不親切な内容。なのでこんな記事を書いてみました。