「日本でどこが一番きれいですか」「奈良は一番きれいです」？？？

ご質問

みんなの日本語Ⅰ、第21課、P181の練習B-4の(4)の問題で、
日本で　どこが　いちばん　きれいですか。（奈良）→の解答ですが、

奈良がいちばんきれいです。でいいと思ったのですが、

学習者が「奈良はいちばんきれいです。」はだめですか？ときかれました。
学習者としては、日本にはたくさんの都市があってどこもきれいですが、とりたてて、奈良はいちばんきれいです、と言いたい。らしいのです。

私は言っていることはわかるけど、ここでは「どこが一番きれいですか」ときいているので、「～が一番きれいです」と答えるのがいい、としかいいませんでした。

どうして「は」はだめなのか、「が」を使うのか、簡単に初級の学生に説明したいのですがなんと説明したらいいですか。

よろしくお願いします。

ご返事

ここでは「どこが一番きれいですか」ときいているので、「～が一番きれいです」と答えるのがいい、としかいいませんでした。