初心者の菌叢解析（Qiime2）

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(1)Qiime2インストール編（2023.3.14追記）

1．はじめに消化管の中に生息する「腸内細菌」は今や一大研究テーマとなっており、人々の健康…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析Qiime2 Windows編 Qiime2 on Windows Subsystem for Linux

はじめに本日遠くに住む友人から「mac」じゃなくて「Windows」でQiime2を動かしたいとの連絡を…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(2) PICRUSt2のインストール編

はじめに2019年から始まった某ウイルス禍もワクチンのせいか驚異的な抑制を見せている2021年10…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(3) ファイルの準備編 ~fastqファイル~

これまでに自分のPCで菌叢解析を行うことを目指して、いくつかnoteを投稿しております。興味が…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(4) ファイルの準備編 ~manifestファイル~

自分のPCでQiime2を動かすことを目指してnoteを書いています。興味のある方はこれまでの内容も…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(5) ファイルの準備編 ~sample-metadataファイル~

Qiime2での解析に関する投稿を行っています。是非ご確認ください。 1．Qiime2を動かすのに必…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(6) ファイルの準備編 ~classifierファイル~

初心者の菌叢解析シリーズの6つ目のnoteです。是非全部読んでください。 1．Qiime2を動かすのに必要なファイル以前の記事でも記載したのですが、必要なファイルが4つあります。 1. Sequenceファイル（.fastqもしくは.fastq.gz） 2. manifestファイル（.csv） 3. sample-metadataファイル（.txt) 4. classifierファイル（.qza) 今回は4つ目のclassifierファイルの準備を行います。 2.

初心者の菌叢解析Qiime2 classifierを自作する改訂版

以前もQiime2のclasifier.qza作成方法について投稿しております。しかし時間が経ち、ダウンロ…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(7)fastqファイルの取り込み（変換）

本日から実際に解析を進めていきます。最初の目標は、菌種の組成を示すグラフを作るところを…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(8) ノイズの除去~DADA2~

今回は前回確認したクオリティを元にノイズ除去（デノイズ）を行います。ここではノイズ除去に…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(9) Taxonomic analysis

前回に引き続き、Qiime2解析を進めていきます。今回はひたすらコマンドを入れていく流れにな…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(10) 多様性解析 ~α多様性~

前回までの解析で菌叢の組成を可視化するところまでいきました。今回は多様性解析の方法につい…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(11)多様性解析 ~β多様性~

今回は多様性解析のもう一つ「β多様性」の解析を行っていきます。多様性に関しましてはわか…

Nanaimo

3年前

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(12) 有意に変化した菌を見つける~Differential abundance testing with ANCOM~

多様性解析を行い、菌叢の構造の変化が分かってくると、次はどの菌が変化したのかという点に興味がわいてきます。そこで、今回はQiime2のチュートリアルにもある「ANCOM」解析にて有意に変化した菌を見つけます。 1．ANCOM解析の注意点私は統計に詳しいわけではないのですが、Qiime2のチュートリアルによると、あまり変化しない2群間における変化を見つけるという点においてANCOMは威力を発揮するようです。 2群間で25％以上の菌が変化している場合は解析を行わないでくだ

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#菌叢解析

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(1)Qiime2インストール編（2023.3.14追記）

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(2) PICRUSt2のインストール編

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(3) ファイルの準備編 ~fastqファイル~

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(4) ファイルの準備編 ~manifestファイル~

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(5) ファイルの準備編 ~sample-metadataファイル~

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(6) ファイルの準備編 ~classifierファイル~

初心者の菌叢解析Qiime2 classifierを自作する改訂版

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(7)fastqファイルの取り込み（変換）

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(8) ノイズの除去~DADA2~

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(9) Taxonomic analysis

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(10) 多様性解析 ~α多様性~

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(11)多様性解析 ~β多様性~

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(12) 有意に変化した菌を見つける~Differential abundance testing with ANCOM~

初心者の菌叢解析（Qiime2）

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初心者の菌叢解析Qiime2 Windows編 Qiime2 on Windows Subsystem for Linux

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(2) PICRUSt2のインストール編

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(3) ファイルの準備編 ~fastqファイル~

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初心者の菌叢解析Qiime2 classifierを自作する 改訂版

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(7)fastqファイルの取り込み（変換）

初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(8) ノイズの除去~DADA2~

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初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(10) 多様性解析 ~α多様性~

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初心者の菌叢解析Qiime2 classifierを自作する改訂版