なんと細菌の多くは培養検査できなかった！！ VNC VBNC
現代においても、すべての細菌やウイルスなど微生物が検査できるわけではありません。
VNC とは
環境中や腸内にも培養できない菌が多数います。
自然界には極めて多種類かつ多数の微生物が生息していますが、その大部分（90%以上とも言われています）はまだ私たちの眼で確認することはできません。それはまだ培養ができないのです。
最近になって、生きているが培養できない状態（VNC状態：viable but non-culturable）にある細菌が環境中に多く存在していることが分かってきた。VNC細菌がどのような機序で培養可能な状態にもどるのか、またその逆の経路をとる引き金が何なのかは、まだはっきりしていない。寒天平板培地法は、培養に時間がかかる、VNC細菌の検出が難しいために細菌数を過小評価してしまうといった欠点がある。（略）そのため寒天平板培地法に代わる新しい細菌検出法が研究されている
http://www.dojindo.co.jp/letterj/114/topic/02.html
同仁化学研究所 高木 真由美
培養できない菌の発見
アメリカの研究者の Rita Colwell は、コレラの流行地であってもコレラ菌は環境からは容易には採取されないことを経験をした。我々も、バングラディシュで、同じような経験をした。昨日コレラ患者の出た周辺の水たまりからコレラ菌が採取できないのである。Colwell は、この状態の細菌を「生きているが培養できない状態Viable but nonculturable state）：VNC 或いは VBNC と略されている」と呼んだ。自然界での細菌の状態が、培養された菌の状態とは異なる事を最初に示した重要な発見である
http://www.jiirs.org/ex_data/081210PDF/06.pdf
天児 和暢 九州大学名誉教授
寒天では培養できない菌がいる
難培養性細菌研究に光明 ―細菌の増殖が寒天で抑制される理由を明らかに
北海道大学https://web.archive.org/web/20130507052758/http://www.hokudai.ac.jp/news/120927_pr_agr.pdf
培養が難しい腸管出血性大腸菌O157はどこにでもいる可能性
“生きているが培養できない” 病原性大腸菌 O157の検出法の開発https://obihiro.repo.nii.ac.jp/record/3352/files/kouen18kadota.pdf
好熱細菌ウイルス
中には極めて高温でしか培養できないものもいます。
水道水中の菌
かつては培養できなかった従属栄養細菌が検査できるようになりました。