未だ正解がわからない楽曲の著作権の疑問

昔こんなことがあった。
とあるCM音楽制作会社からAのBと言う楽曲の「イントロだけ」をCMに使いたいと連絡があった。
Bの音源は旧楽曲のカバーなのだが、イントロ部分についてはオリジナルとは全く異なるAによる創作がつけられていた。
私から楽曲Bの音楽出版社に連絡、内諾を得た。
ところが制作会社は、「イントロはAの創作であるから、編曲の範疇。Bと言う楽曲の権利とは無関係なので出版は関係なく、原盤の使用料のみで使用したい」と言う。
出版社は「イントロもオリジナル楽曲ありきなので同一曲。よって著作権は当方」
と平行線となり、どちらも譲らない。
こちらは原盤を貸与し、使っていただけたらありがたい立場であったが結局双方が折れず、件の音源は使用されないことになった。
しばらくして流れたものすごい出稿量のCMを見たが、Bのイントロをそっくりにパクって録り直された音源が使用されていた。
結果に関して当方も出版社Bも黙認せざるを得なかったが、何が正解だったのか未だわからず。