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実験関係のメモ的な

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pGEM-T assay プロトコル

概要

自前のインサートとキットの溶液を混ぜて室温で1時間

反応液

2 x Rapid Ligation Buffer, T4 DNA Ligase ... 5 μl
pGEM-T Vector(50ng/μl) ... 1 μl
insert(PCR product) ... X μl
T4 DNA Ligase ... 1 μl
MilliQ ... 3-X μl

・Positive C

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electrocompetent cellの作成

【背景・目的】

コンピテントセルの作成は研究室の日常業務であるものの、シングルコロニーを取ったり、コンピテントセル作成用の培地を用意したり、氷上や低温で操作したりと用意するもの・やることが複雑で時間がかかる。
しかしググってみると培地はいつも使うLBでよかったり、シングルコロニーではなくグリセロールストックから採取する、室温で操作するといった手の抜きどころが散見される。特にエレポコンピは室温で作

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実験関係ノート #4 DNAの精製

・エタノール沈殿使いどころ・・・DNAから不要な塩, 有機溶剤, タンパクなどを除去
薬剤
　3M NaOAc
　100% EtOH
　70% EtOH

1. サンプルの1/10量の3M NaOAcを加える
2. 100% EtOHをサンプルの倍量加え攪拌する
3. R.T., 15000rpm, 30min
4. 上清除去
5. 70% EtOH を加えてWash
6. R.T., 15000

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実験関係ノート#3 QIAGEN Buffer

Buffer P1
 50mM Tris-HCl pH8.0
 10mM EDTA
 100μg/ml RNaseA
---
100mlを作るときは
 1M Tris-HCl pH8.0 5ml
 0.5M EDTA 2ml
 100mg/ml RNaseA 100μl
 蒸留水で100mlに, 滅菌不要, 4℃保存

Buffer P2
 20mM NaOH
 1% SDS
---
100ml作

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実験関係ノート #2 NID-miniprep

NID miniprep
長所：チューブ1本でminiprepできる
　　　カラムいらない
短所：カラムよりはちょっと汚い（制限酵素処理には使える）
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0023457

1) 1.5-2 ml of bacterial cultures were pelleted at

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実験関係ノート #1

アグロバクテリウム(Agrobacterium, A.tumefaciens, Rhizobium radiobacter)
 植物の形質転換に利用できる
 electroporationでプラスミドを導入・形質転換した
 bio-radの装置で初期設定されている
 通電後、回復培養を1.5時間, 28℃で行った
 LB Ager(Amp(100μg/ml), Gem(50μg/ml), Rif(

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