タルタロスは、彼の手柄どころか命まで奪うつもりだった。 「預言者に知られれば首が飛ぶぞ！」とゼル。しかし、タルタロスは「バカめ！預言者様直々の命令だ！！」と言って彼専用の武器グラヴィティ(重力)・ハンマーで衝撃波を発生させゼルを遺跡にあった大穴へ突き落した。

遺跡の最深部にたどり着き、先に〈鍵〉を回収したのは中佐と海兵隊先任下士官のジョンソン軍曹だった。 遅れてたどり着いたアービターは二人を昏倒させて、〈鍵〉を取り返そうとしたがまたもや後から突入してきたタルタロスと配下のブルートたちに奪われてしまう。

捕虜になっていた生き残りの議員を救出しながら進んでいくと、見覚えのある人間たちを見つけた。鍵を回収する際、遺跡で遭遇したジョンソン軍曹と人間の兵士たちだ。ゼルから鍵を奪った後、ブルートの捕虜になっていたがここに連行された時、隙を見て武器を奪い脱走したらしい。

特殊部隊司令のルタスと合流し事情を聴いたところ、〈鍵〉が手に入ったことで〈多いなる旅立ち〉の実行が間近となりサンヘイリの議員たちはその成就を見守るという名目で、ここに集められたところを不意打ちされたという。コヴナントからの一方的な切り捨てと謀殺はゼルの不信を確実なものとした。

グレイヴマインドは「信じられないなら自分で見てくるがいい」と言って、アービターをある場所に転送した。 そこは、HALOのコントロールセンターの直ぐ隣だった。アービターはそこで同胞である評議会議員たちがブルートの手により殺されているのを目にした。

グレイヴマインドはアービターにHALOのリングは強力な大量破壊兵器であり、預言者が言うような「全ての生命体に救済を与える夢のマシン」ではない。と説明するが、ゼルは信じなかった。

次に目を覚ますと、ゼルは無数の触手を持つ巨大な生物に捕まっていた。フラッドの親玉グレイブマインドだ。隣には、行方不明になっていたマスターチーフの姿も。どうやら自分より先に捕まっていたらしい。

遺跡内には人間の兵士たちも居た。マスターチーフとともに悔恨の預言者を追って来たフリゲート艦〈アンバークラット〉の乗組員と海兵隊だった。艦長であるミランダ・キース中佐はマスターチーフからHALOの危険性を聞き、その起動を阻止するために自ら指揮を執り〈鍵〉の回収を行っていた。

〈鍵〉があるという遺跡〈ライブラリ〉ではHALOの防衛システムと繁殖したフラッドの大軍が待ち構えていた。これを撃破しながら遺跡内を進んでいく。

悔恨の預言者が偶然にも発見したもう一基のHALO。これを起動させる鍵(インデックス)を地表にある施設に出向き、発見・回収してくるというものだった。

降着と同時に与えられた最初の任務は、降下艇の着陸地点を確保することだった。降下部隊は限られた弾薬を効果的に使い敵を殲滅しなければならない。 降下したチーフは最初に遺跡に設置された銃座をロケットランチャーで破壊しようとしたものの、先に静香たちが無力化してしまった。

時女一族を中心とするグループがマスターチーフと共に悔恨の預言者を追った。預言者が立て籠もっている遺跡周辺に降下するにあたりODSTの隊員と共にHEVを使用することになり、時女一族の面々は地球で操縦と降下訓練を受けていたからだ。

魔法少女は二手に分かれて行動。 チーフと共に悔恨の預言者を倒す部隊と、キース中佐と共にライブラリーを捜索し、インデックスを手に入れる班に分かれた。

チーフ、ジョンソン、そしてミランダ達は魔法少女という存在について「まるでアニメのようだ」と首をかしげていたが端末に入っていたデータはコルタナの分析で本物だと分かり、彼女らがスパルタンと同じくONIの極秘プロジェクトで生み出された存在だということは納得してもらえた。