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ImageJの勉強

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#科学の学び

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【ImageJ】画像ファイルの形式を意識して開く

【ImageJ】画像ファイルの形式を意識して開く

生命科学系研究者のえいこです。「画像ファイルの形式」って意識したことありますか？画像ファイルにはtifやjpg、pngなど様々な種類があることはご存知だと思います。でも、それぞれどう言う風に違うのか？と言われたら曖昧な方も多いのではないかと思います。

私は、とりあえず画像がキレイだから（ファイルサイズが大きいから）、顕微鏡で撮影すると大抵このファイル形式で保存されるからと言う理由で"tif"ファ

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【ImageJ】ImageJマクロでLUTを変換する

【ImageJ】ImageJマクロでLUTを変換する

生命科学系研究者のえいこです。今回は、ImageJマクロを使って「LUTを変換する」をしていきたいと思います。

マクロを使うと自由にグレースケールの調整ができるようになります。さらに、同じような条件で撮影して同じ解析をしたい写真が何枚もある場合にはいちいち条件を調整しないで済むので、大量のデータを一括で出力して比較できるので楽ちん。

画像とLUTについてはこちらの記事で紹介しているので、「LU

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【ImageJ】画像のコントラストを変えるとは？

【ImageJ】画像のコントラストを変えるとは？

生命科学系研究者のえいこです。今回はImageJを使って、画像のコントラストを変えるとはどう言うことか？をまとめていこうと思います。

撮影した画像のコントラストを変えて見やすくすることってありますよね。コントラスト調節をやりすぎて見えないはずのものを見えるようにしたり、見えてはいけないものを消したりすると、論文の不正になりかねません。

そこで、ImageJを使って「画像の見た目を変えること」と

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【ImageJ】ImageJマクロを使って輝度プロファイルを取得する

【ImageJ】ImageJマクロを使って輝度プロファイルを取得する

生命科学系研究者のえいこです。今回はImageJマクロを使って、画像の輝度プロファイルを取得してみようと思います。

参考にしているのは、「ImageJではじめる生物画像解析」。

輝度プロットを手動で取得する手順は、こちらの記事で紹介しています。

これをImageJマクロをでやってみよう！と言うのがこの記事の主旨です。

ImageJマクロで輝度プロットを取得する手順としては、

1. m51

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【ImageJ】ImageJマクロを使ってみる

【ImageJ】ImageJマクロを使ってみる

生命科学系研究者のえいこです。今回は、ImageJのマクロを使ってみようと思います。「マクロ」というとバグったり、動かなくなったりするのではないか？という不安があってなかなか触ったことがない人が多いのではないかと思います。私もそんなマクロ嫌いの一人でした。

しかし、マクロの組み方を知っているだけで仕事の効率がめちゃくちゃ良くなる、できることの幅が広がるなどのメリットが大きすぎたので、これを機会に

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