eiko_programming

生命科学系の研究者。子育て真っ最中。日ごろから論文レベルの解析とグラフを描きたいと思い立って、R言語の勉強を始めました。大学時代はプログラミングが大の苦手。今はプログラミングの可能性を感じて、日々楽しく勉強しています。「楽をしたい」がモットー。

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生命科学系の研究者。子育て真っ最中。日ごろから論文レベルの解析とグラフを描きたいと思い立って、R言語の勉強を始めました。大学時代はプログラミングが大の苦手。今はプログラミングの可能性を感じて、日々楽しく勉強しています。「楽をしたい」がモットー。

  • ImageJの勉強

  • 日日是勉強〜日々の発見の積み上げ〜

    一日一つの発見を記事にしていきます。目指せ！セルフ・ウィキペディア！知識を積み重ねて、個人的な発見の本棚を作っていきます。※月曜日から土曜日は記事を更新、日曜日はカテゴリー分けします。発見のジャンルは問わず。

  • ママ研究者の現実

    ママ研究者の生活の現実をまとめています。

  • １からの統計

    生科学系の実験に必要な統計の勉強を改めて大学レベルから学びなおした記事をまとめています。

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超初心者がプログラミングの勉強を始めました

はじめまして、2人の娘がいる研究者ママのえいこです。 理系で生物系の研究に関わる仕事をしています。 バイオテクノロジーの世界でも膨大なデータを扱うのが主流になってきています。 いわゆるomicsというのが空前の大ブーム！！ 膨大な遺伝子やタンパク質のデータをサクサク扱える、いわゆるデータサイエンティストの需要が増えていくと予想されています。 一般の研究者でも、プログラミングの基礎は知っていないと話にならなくなってきました。 そんな時代背景もあり、仕事でプログラミ

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    • noteは書きやすくて好きだったのですが、より記事のクォリティーを重視したものを作りたいと思い立ち、科学ブログも併用していくことにしました。こちらでも研究室でも使える知識を発信していきます！ https://eiko-lab.com/

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      • 【ImageJ】画像ファイルの形式を意識して開く

        生命科学系研究者のえいこです。「画像ファイルの形式」って意識したことありますか？画像ファイルにはtifやjpg、pngなど様々な種類があることはご存知だと思います。でも、それぞれどう言う風に違うのか？と言われたら曖昧な方も多いのではないかと思います。 私は、とりあえず画像がキレイだから（ファイルサイズが大きいから）、顕微鏡で撮影すると大抵このファイル形式で保存されるからと言う理由で"tif"ファイルで保存していました。最近は、どの会社の顕微鏡で撮影するかによってファイル形式

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        • PCR産物ってどうやって定量するの？

          この記事は下記に引っ越しました。

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        • 【ImageJ】画像ファイルの形式を意識して開く

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        • PCR産物ってどうやって定量するの？

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        マガジン

        • ImageJの勉強
          8本
        • 日日是勉強〜日々の発見の積み上げ〜
          94本
        • ママ研究者の現実
          11本
        • １からの統計
          18本

        記事

          【ImageJ】ImageJマクロでLUTを変換する

          生命科学系研究者のえいこです。今回は、ImageJマクロを使って「LUTを変換する」をしていきたいと思います。 マクロを使うと自由にグレースケールの調整ができるようになります。さらに、同じような条件で撮影して同じ解析をしたい写真が何枚もある場合にはいちいち条件を調整しないで済むので、大量のデータを一括で出力して比較できるので楽ちん。 画像とLUTについてはこちらの記事で紹介しているので、「LUTって何？」と言う人はこちらの記事もみてみて下さい。 【ImageJ】画像のコ

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          【ImageJ】ImageJマクロでLUTを変換する

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          DNA抽出時のエタノール沈殿法とイソプロパノール沈殿法の違い

          こちらの記事は下記に引っ越しました。

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          DNA抽出時のエタノール沈殿法とイソプロパノール沈殿法の違い

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          【ImageJ】画像のコントラストを変えるとは？

          生命科学系研究者のえいこです。今回はImageJを使って、画像のコントラストを変えるとはどう言うことか？をまとめていこうと思います。 撮影した画像のコントラストを変えて見やすくすることってありますよね。コントラスト調節をやりすぎて見えないはずのものを見えるようにしたり、見えてはいけないものを消したりすると、論文の不正になりかねません。 そこで、ImageJを使って「画像の見た目を変えること」とはどう言うことか？を勉強していきましょう。この時に知っておきたいのは、 1.

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          【ImageJ】画像のコントラストを変えるとは？

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          シークエンスを出す人は知らなきゃいけない？！「サンガー法」とは？

          生命科学系研究者のえいこです。生命科学をやっている人なら一度は出したことはある「シークエンス」。構築したプラスミドの配列が正しいかどうか？ゲノム編集した部分がきちんとゲノム編集されているかどうか？など目では見えない塩基配列を解析する時には「シークエンスに出す」は常識ですよね。 その「シークエンス」、どうやって「読まれているか」ご存知ですか？きちんと説明できますか？実はその「シークエンス」は大学の授業で必ず習う、「サンガー法」が用いられているのです。次世代シークエンサーとかで

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          シークエンスを出す人は知らなきゃいけない？！「サンガー法」とは？

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          【ImageJ】ImageJマクロを使って輝度プロファイルを取得する

          生命科学系研究者のえいこです。今回はImageJマクロを使って、画像の輝度プロファイルを取得してみようと思います。 参考にしているのは、「ImageJではじめる生物画像解析」。 輝度プロットを手動で取得する手順は、こちらの記事で紹介しています。 これをImageJマクロをでやってみよう！と言うのがこの記事の主旨です。 ImageJマクロで輝度プロットを取得する手順としては、 1. m51.tifファイルを開く 2. 中央の明るい部分を通るように直線をひく 3. マク

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          【ImageJ】ImageJマクロを使って輝度プロファイルを取得する

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          2021年note書き初め〜去年の振り返り、今年の抱負〜

          いつの間にか2020年が終わり、2021年が始まりました。noteのお題企画「#note書き初め」に乗っかって、去年の振り返りと今年の抱負について簡単にまとめていきます。 2020年やったこと振り返り2020年2月22日に「超初心者がプログラミングの勉強を始めました」と言うタイトルで、統計ソフトにも使われる"R"の勉強を宣言して始めました。研究者として働く一方、2児の母をしながらなので朝早く起きて勉強をすると言うスタイルを確立したのも去年の今頃だったように思います。 最初

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          2021年note書き初め〜去年の振り返り、今年の抱負〜

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          アガロース電気泳動を説明できますか？

          こちらの記事は下記に引っ越しました。

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          アガロース電気泳動を説明できますか？

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          【ImageJ】ImageJマクロを使ってみる

          生命科学系研究者のえいこです。今回は、ImageJのマクロを使ってみようと思います。「マクロ」というとバグったり、動かなくなったりするのではないか？という不安があってなかなか触ったことがない人が多いのではないかと思います。私もそんなマクロ嫌いの一人でした。 しかし、マクロの組み方を知っているだけで仕事の効率がめちゃくちゃ良くなる、できることの幅が広がるなどのメリットが大きすぎたので、これを機会にしっかり勉強してみようと思っています。今回はImageJマクロの初歩の初歩、簡単

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          【ImageJ】ImageJマクロを使ってみる

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          「正立顕微鏡」と「倒立顕微鏡」の違い

          生命科学系研究者のえいこです。顕微鏡のことってどれくらいご存知ですか？研究室には、位相差顕微鏡、蛍光顕微鏡、共焦点顕微鏡、実体顕微鏡...などなど様々な顕微鏡があるのではないかと思います。 それぞれの顕微鏡についてきちんと説明できる方はどれくらいいらっしゃるでしょう？研究者にとっては常識的なことかもしれませんが、研究室に配属されたばかりの学生さんにとっては分からないことばかりなのではないでしょうか？ 今回は、顕微鏡の大きな分類である「正立顕微鏡」と「倒立顕微鏡」の違いにつ

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          「正立顕微鏡」と「倒立顕微鏡」の違い

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          【ImageJ】16bitの画像を8bitに変換する時に気をつけるべきこと

          生命科学系研究者のえいこです。先週からImageJで勉強したことをチョコチョコまとめていくことを始めました。並行して統計検定の勉強もしているのですが、統計検定を受けるのはまだまだ先なので、すぐに知識が仕事に応用できるImageJの勉強を優先しています。 前回の記事では、「画像データ＝数値データ」であることを勉強しました。画像の各ピクセルに数値が割り当てられていて、その数値はビット深度に依存する、ビット深度には8 bitや16 bitなどの種類があるんでした。ビット深度が大き

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          【ImageJ】16bitの画像を8bitに変換する時に気をつけるべきこと

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          「凍結切片」と「パラフィン切片」の違い

          生命科学の分野はとても幅広いので、微生物を扱う人、細胞を扱う人、動物を扱う人、PCで生命現象を解析する人など様々だと思います。私は大学4年生の時はもっぱら微生物と戯れていて細胞なんて扱ったことはなかったし、大学院では動物と戯れる日々でした。 そんな動物と戯れている人たちにお届けする今回の記事は、『「凍結切片」と「パラフィン切片」の違い』です。私は大学院時代も今までもずーっと「凍結切片」ばかり作製していたので、「パラフィン切片」の思い出は学生実験にまで遡ります。しかし、「パラ

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          「凍結切片」と「パラフィン切片」の違い

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          【ImageJ】画像データは数値データ？

          生命科学系研究者のえいこです。画像解析の勉強を本格的に始めようと思って、ImageJを使って基礎の「キ」から始めています。勉強したことを、週一回投稿を目指していきたいと思っています。 今回は「画像データとは？」。ImageJを開くと画像がRGB画像だとか32bitだとか書いてありますよね？いざ、解析しようとしてネットなどで調べてみると、「8bitに変換してから解析します」と書かれていたり... 画像データの基とは？bitってなんなのか？の理解を少し深めていきましょう！

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          【ImageJ】画像データは数値データ？

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