2019年8月の記事一覧
![[論文] VAEの一部を線形化して解釈性を上げる試み](https://assets.st-note.com/production/uploads/images/13777534/rectangle_large_type_2_c934916ed660ac814d7125faa98a5cac.jpeg?width=800)
[論文] VAEの一部を線形化して解釈性を上げる試み
Valentine Svensson, Lior Pachter. Interpretable factor models of single-cell RNA-seq via variational autoencoders. bioRxiv (2019) http://dx.doi.org/10.1101/737601
scRNA-seqデータの解析ではPCAがよく用いられます。PCAを
velocyto.RをMacにインストールする時の注意点
velocytoは、scRNA-seqデータでRNA velocity解析をするソフトウェアです。遺伝子のエキソンとイントロンに当たるリードの量から各細胞のRNA velocityを推定します。
velocytoの開発者は、pythonの実装であるvelocyto.py、Rの実装であるvelocyto.Rを提供しています。
このうち、velocyto.RをMacにインストールしようとしたところ