Sonoma14.7でRstanを導入した

　いつもとぜんぜん話題が飛んでしまうのだが、日々、仕事の統計をとっていかないといけないわけで、今後、職場が動きをしていくのか、改善できることがないか、とかある程度考えていかなければいけないわけで天気予報と同じでやはりシミュレーションをときどきしている。いろんな方法があると思うがそんなに詳しいわけではないので統計ソフトのRを使ってハミルトニアン・モンテカルロ法を比較的簡単にできるRstanを利用している。OSを更新していろいろはまったので記録として残すことにした。

　

Rのパッケージがインストールできない

　徐々に統計に慣れてくるといろんなパッケージ（Rに入れるソフト）を試したりして新しい統計計算をしたくなってくる。・・・error!インストールできない。なぜ？Rstanでシミュレーションするか・・・error!途中で止まる。なに！？更新しようにも新規パッケージがインストールできない。distutilesってなんだ。
　研究とかに使うパソコンは基本的に環境を変えないものだけど、現代社会でインターネットにつなぐ以上は日々アップデートをしていくしかない。そこで去年、MacOS14(Sonoma)になったことを思い出した。そういえばRsanが動かなくなってしばらく使ってなかった。OSがアップデートされるとXcodeが更新される。こういうときに困るのがC++などの言語環境の変化だ。でも更新しないと日々のソフトのセキュリティーがあるので大学から怒られる。じゃあC++の環境構築しないと。パソコンのそんな細かいことは分からない。でもググればなんとかなるだろう、そう思っていた・・・。

うまくいかない

　そもそもの問題としてパッケージがインストールできないのだ。not foundだったり、C++が！とか出てしまい根本的に何かが合わないのだ。Rのバージョンを変えるといいのかな？とそれまでのR4.0.2から変更することにした（applesilicon非対応だったし)。R4.1から4.3まで試してみたがうまくいかない。何ということだ！よく使う演算パッケージはできるのに？
　Xcodeが怪しいのかなと思い、そこから始めることにした。ターミナルを叩く。

$ xcode-select --install
xcode-select: error: command line tools already installed, (以下ry

　もう入ってますよーと。なんだと！？こういうときはパスをterminalから変更したやってりすると認識したりする（初心者にきつくね？）。・・・ダメだ・・・。Rtoolsを入れろという説もあったがまったくうまくいかない。どうなっているんだ。M1じゃだめなのか、M2かM3じゃないとだめなのか。githubからインストールしてもダメとか世の中どうなってるの！
　とりあえずRをターミナルコマンドから完全に消去してR4.4にしてまた入れてみたが同じ。プログラムを翻訳してくれるgccを更新してみよう。

$ brew install gcc

（中略）
gcc14.2になった。やっぱりかわらない。gcc>10とか書いてあったしそりゃそうか。C言語環境を構築するのに半日使った。そして頑張ってパッケージのインストールを試みるもののdistutilesがないとエラーになる。パッケージがインストールできないって詰んでるだろこれ。
　Rstanを何事もなく導入できている人たちがいる。なんでだろ？そもそもパッケージすらまともに入れられないのだが。Rstudioを使ってみることにした。not foundがなくなり、なぜかパッケージがインストールできるようになった。なぜだ。何が違うんだ。ここでRstanを入れてみる。なぜかインストールできる。なぜだ。でも動かしていくとちょこちょこエラーになる。動くには動くがこれだと信頼性に欠ける。マルコフ連鎖はちゃんと計算できているみたいだが・・・。R本体は相変わらず動かない。なぜだ。
　とりあえずRstudioのエラーメッセージを見てみる。smathがないと。ちょっとよくわからない。ググる。やはりC++だそう。なんか数学の計算するStan  mathとかいうやつか？
　どーーーーーすんだよーーーーーー。

　そういえば昔はRcppとか入れたけどみんな本当にいらないの？とふと思い立った。更新しよう。あ、全削除したんだっけ。Rstudioからインストール。

あ、うごいた！

解決！