Tsubasa

環境系研究室

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微生物叢解析にQiime2を使う

以下のQiime2手順はNanaimoさんが公開されているものを参考にしています。 Qiime2のインストールFor those who have previously installed Qiime2, or even attempted to install it, it is recommended to construct and manage a dedicated virtual environment for each release. ※ In the f

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    • 細菌分類（門）について

      Silva(ver. 138)で解析したシーケンスデータを元に、phylum（門）レベルで存在比を算出したところ、ActinobacteriaとActinobacteriota、BacteroidetesとBαcteroidotaのように、ほぼ同じ名前の門が存在することに気づきました。 昨年からこの分野に取り組むようになったので知りませんでしたが、2021年に「phylum」というランクを正式に、国際原核生物命名規約（International Code of Nomenc

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      • 自己紹介

        こんにちは。環境系の研究室に所属している学生です。 植物と微生物を使った環境浄化に関するテーマに取り組んでいます。 同研究室の方向けに、プログラミングを用いた解析手法などを記録していこうと思います。

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