takuya nakai

酵素,微生物,発酵,代謝,機能性食品成分とその分析,北海の魔獣などに興味があります

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マガジン

  • 酵素反応速度論の覚え書き

    酵素の反応速度について個人的に勉強したことをまとめます

  • ケモメトリックスの覚え書き

    ケモメトリックスを中心に実験データの解析について個人的に勉強したことをまとめます

最近の記事

【宣伝】ファルマシアにトピック書きました.あとその付随情報.

はじめにファルマシアにトピック執筆の機会をいただきました. 掲載にあたりご協力賜りました皆様に感謝申し上げます. 「ザクロポリフェノール由来腸内細菌代謝産物ウロリチンAの抗老化効果」の題で Nature Aging 誌に掲載されたウロリチン A がもたらす造血能の若返り効果について検証した論文 (1) の解説となっております. 私が書いた解説のリンクはこちら. 元論文のリンクはこちら. 天然物の研究は歴史的経緯が複雑なことが多く,導入を書くのにいろいろ調べる必要があり

    • 固定化酵素を用いて繰り返し回分反応を行う時,必要な反応時間はどう変化するの?

      はじめに数学得意な方にお伺いしたいんですが, $${f(x) = \cfrac{Ae^{-Bx}(C-\int^x_0f(x)dx)}{D+(C-\int^x_0f(x)dx)}}$$ ($${A, B, C, D}$$ は定数) って解ける積分方程式ですか? (後ほど出てきます) 概略やりたいこと 固定化酵素を用いた回分反応の所要時間が予想できないのをなんとかしたい.たぶん下記二点が絡み合うことが予想のネックになっている. 酵素が触媒する反応の速度が反応の進行に伴

      • 酵素反応速度論⓪定常状態近似

        はじめに 生化学の講義でみんな (?) 苦しむ Michaelis-Menten 式.あれの導出に「定常状態近似」ってありましたよね.酵素反応だとほぼ自明に思えるけど,酵素反応以外の化学反応でも使用することがあり,条件によっては近似していいのか必ずしも明らかではなかったり.今回は簡単な反応式について定常状態近似を導入できる前提を示したのち,定常状態近似を用いた場合と用いなかった場合の速度式を示し,Excel でそれぞれの反応を描いてみます. 単純な反応における定常状態近似

        • 全手動 Project Euler problem 1

          はじめに Project Euler について,wikipedia では以下のように説明されている.  数値計算技能の向上を目的とした演習用サイトなのでプログラミングで解ける数学の問題がいっぱいある (2024 年 1 月 3 日現在 870 問).  前回の投稿の最後で数値計算の勉強もしてみたいというようなことを書いたが,とりあえず Excel の扱いになれるところからかなぁ Excel VBA とかやってみるべきかなぁと思い,このサイトにとりかかってみた.とりあえず最

        マガジン

        • 酵素反応速度論の覚え書き
          3本
        • ケモメトリックスの覚え書き
          2本

        記事

          peak deconvolution の覚え書き②~Savitzky-Golay filter ごっこ~

          はじめに 本稿では HPLC のクロマトデータ処理として有名な Savitzky-Golay 法について勉強したことをまとめます.本稿は高校の数学定期試験で零点を連発していた人間が書いています.そのつもりでお読みください.間違っているところを見つけたら優しく教えてくださると幸いです. 前回の続き 前回 5 点を通る三次関数の算出法を求め,Excel で計算するところまで実施した (前回).今回はそれを踏まえてクロマトグラムの平滑化に汎用される Savitzky-Golay

          peak deconvolution の覚え書き②~Savitzky-Golay filter ごっこ~

          peak deconvolution の覚え書き①~5 点を通る三次式~

          5 点に三次関数を当てはめる. すなわち,5 点 $${(x_1, y_1), (x_2, y_2), (x_3, y_3), (x_4, y_4), (x_5, y_5)}$$ があるとき,もっともよく当てはまるような $${y=ax^3+bx^2+cx+d}$$ を与える定数 $${a, b, c, d}$$ の組を考える. 理屈単回帰分析と同様に残差平方和を最小とすることを考えると,$${y_k'=ax_k^3+bx_k^2+cx_k+d}$$ として$${S=\di

          peak deconvolution の覚え書き①~5 点を通る三次式~

          231014 つくってあそぼ~GSH (glutathione) 合成に関する酵素反応のモデル~

          はじめに    GSH (glutathione) は活性酸素種の消去や還元力の提供など,細胞内で重要な役割を担うトリペプチドである.トリペプチドである GSH は構成アミノ酸三種が二回重合することで生じる.具体的に生合成経路は下記二段階から成る. Glu + Cys +ATP → γ-EC + ADP + Pi γ-EC + Gly + ATP → GSH + ADP + Pi 第一段階を触媒するのが GCL (g-glutamyl cysteine ligase)

          231014 つくってあそぼ~GSH (glutathione) 合成に関する酵素反応のモデル~