NGSデータ解析用にubuntu20.04バージョンをベースに環境をセットアップしました。
備忘録として書いたものですが、同じような環境をセットアップする方の参考になれば幸いです。
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#ubuntu
bowtie2のインストール
bowtie2
リファレンスゲノム配列にリードをマッピングするためのソフトウェア
アップデートして、パッケージマネージャーでインストール
sudo apt update
sudo apt install bowtie2
bowtie2 --help
このコマンドでヘルプが表示されたらＯＫ
インストール完了。
Rのインストール
ubuntuのバージョン確認コマンド
cat /etc/lsb-release
下記を参考にインストールします。
UBUNTU PACKAGES FOR R
https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html#secure-apt
vi が苦手なので、 geditで/etc/apt/sources.listを編集します。
sud
FastQC インストール
次世代シーケンサーが出力するリードのクオリティチェックするプログラム。
下記のサイトからダウンロードしてインストールします。
Babraham Instituite
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
Javaで書かれているので、Javaランタイム環境（JRE）がインストールされているか確認します。
java -
Samtoolsのインストール
下記のページからソースをダウンロード
Samtools Current releases
http://www.htslib.org/download/
ダウンロードしたファイルを適当な場所に置いて、解凍します。
tar xfv samtools-1.11.tar.bz2
解凍したフォルダに移動
cd samtools-1.11
./configureを実行します。
（インストールするマ