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新約 とある魔術の禁書目録 各巻まとめ

新約1巻

『アイテム』がフレンダ=セイヴェルンの墓参りに向かう途中で不良5人組に絡まれ、浜面仕上が逃げ出す。
浜面仕上はかつての仲間であると再会し、半蔵が新たな暗部組織『新入生』に追われるフレメア=セイヴェルンを匿っていることを伝えられ、助けに行く。
③浜面達は個室サロンへ避難するが、『新入生』の黒夜海鳥の襲撃を受け、彼女を連れ去られてしまう。
④一方通行は暗部組織「新入生」の情報を手に入れ、浜面仕上と接触し協力体制を築く。
⑤浜面仕上はHsSSV-01『ドラゴンライダー』を利用して『新入生』のシルバークロース部隊を制圧し、フレメア=セイヴェルンを救出する。
絹旗最愛が黒夜海鳥と接触し戦闘になるが、絹旗最愛が吹き飛ばされてしまう。
⑦浜面仕上は半蔵、郭と合流しフレメア=セイヴェルンを金庫の中に隠したのち、ファイブオーバー モデルケース:レールガンと銃撃戦を繰り広げてファイブオーバーを手に入れる。
⑧一方通行は黒夜海鳥を足止めし、浜面仕上がファイブオーバーにて黒夜海鳥を奇襲する。
⑨瀕死の黒夜海鳥がフレメア=セイヴェルンの方向へ窒素爆槍を放とうとすると上条当麻がやってきて幻想殺しで防ぐ。
上条当麻と一方通行と浜面仕上が合流する。

新約2巻

イギリス清教の神裂火織とアニェーゼが、ヨーロッパ上空にラジオゾンデ要塞を発見する。
②上条当麻・一方通行・浜面仕上・レイヴィニア=バードウェイ達は上条宅に向かう。
③上条宅で、バードウェイとインデックスによって魔術の講義が始められる。
④神裂火織は学園都市へ向かうラジオゾンデ要塞に乗り込み、金属製バルーンを破損させることで高度を落とさせる。
⑤バードウェイ達はベランダからラジオゾンデ要塞を発見し、学園都市にある発信機を破壊する必要があることを伝える。
神裂火織はラジオゾンデ要塞にて投擲の槌(ミョルニル)と戦闘になり、術式『ミョルニル』によって要塞の1/3がなくなるが、投擲の槌(ミョルニル)を撃退することに成功する。
⑦一方通行は第7学区にある発信機を特定し、上条当麻と浜面仕上の協力で破壊する
⑧上条当麻・一方通行・浜面仕上は新たな的組織である『グレムリン』の名前をバードウェイから伝えられる。

新約3巻

上条当麻・御坂美琴班一方通行・レイヴィニア=バードウェイ班浜面仕上・黒夜海鳥・番外個体班の三班に分かれてハワイの空港に到着する。
②バードウェイが『グレムリン』のサンドリヨンを倒し、情報を得ようとするが口封じのために自害されてしまう。
③『グレムリン』に操られた人物たちから襲撃を受け、一方通行が相手をしている最中に、アメリカ大統領のロベルト=カッツェと遭遇する。
④バードウェイは黒幕が『グレムリン』のサローニャ=A=イリヴィカであり、キラウェア火山にある起爆剤が狙いであることを調べ、みんなに伝える。
⑤キラウェア火山に到着した浜面仕上・番外個体・黒夜海鳥は起爆剤を発見するが、処理が間に合わず爆発・噴火してしまう。
⑥バードウェイ・一方通行はオーレイ=ブルーシェイクがサローニャと共謀してアメリカを乗っ取ろうとしているという情報を手に入れる。
⑦大統領補佐官のローズラインリンディ=ブルーシェイクを交渉材料として拉致する計画を立てたため、リンディ=ブルーシェイクを保護するためカウアイ島に向かう。
⑧カウアイ島に上陸し、サローニャ指揮下のPMCトライデントとローズライン指揮下の海兵隊を相手にしながらリンディ=ブルーシェイクを救出する。
上条当麻・黒夜海鳥はサローニャと戦闘になり、バードウェイと黒夜海鳥の助力もあって、サローニャの術式を見破ったことで撃破する。

新約4巻

①ハワイ諸島での事件に学園都市の学生が関わっていたことから反学園都市サイエンスガーディアンが形成されて学園都市との内戦が起こり、バゲージシティ全体がマイナス20度の環境になる。
②反学園都市サイエンスガーディアンが学園都市に変わる新たな基準を作るために「ナチュラルセレクター」を開催する。
③反学園都市サイエンスガーディアンに利害の一致から『グレムリン』も協力し、バゲージシティ全体で「全体論の超能力者」を生み出す実験を行う。
④学園都市が『グレムリン』を討伐するために3人の『木原』を派遣する。
木原加群が『木原』を止めるためにバゲージシティに侵入する。
⑥数々の戦闘行為によって、バゲージシティ全体に
『なぜだか知らないけど必要以上に悲劇が起こりやすい法則』が生まれる。

 木原乱数 V.S. 『グレムリン』ウートガルザロキ
 近江手裏所属 甲賀部隊 V.S. 『グレムリン』シギン
 雲川鞠亜・近江手裏 V.S. 『グレムリン』マリアン
 木原病理 V.S. 『グレムリン』マリアン=スリンゲナイヤー
 雲川鞠亜・近江手裏・木原加群 V.S. 木原円周
 木原病理 V.S. 木原円周
 雲川鞠亜・近江手裏・サフリー V.S. 木原円周
 木原病理 V.S. 『グレムリン』木原加群(ベルシ) 
 雲川鞠亜・近江手裏・サフリー V.S. 『グレムリン』マリアン

4人の『木原』が全滅する。

 『木原乱数』・・・ウートガルザロキの幻覚に囚われる。
 『木原円周』・・・雲川鞠亜に倒される
 『木原病理』・・・木原加群に殺される
 『木原加群』・・・木原病理との戦闘直後に死ぬ。

⑧上条当麻がバゲージシティに侵入し、幻想殺しで上記の
『なぜだか知らないけど必要以上に悲劇が起こりやすい法則』を壊す。
⑨マリアン=スリンゲナイヤーが倒れ、
 バゲージシティ内の3人の『グレムリン』が壊滅する。

 『ウートガルザロキ』・・・木原乱数の幻覚に囚われる。
 『シギン』・・・近江手裏の甲賀部隊に殺される。
 『マリアン=スリンゲナイヤー』・・・上条当麻に倒される。

⑩上条当麻が『戦乱の剣』を幻想殺しで破壊しようとするとオティヌスが現れ、上条当麻の右手を破壊する。
⑪『グレムリン』オティヌスがマリアンを回収して、次なる標的を決める。

新約5巻

①一端覧祭の準備の最中にオッレルスに呼び出され、魔神オティヌスと幻想殺しについて話をされる。
②上条当麻は御坂美琴に扮した『グレムリン』のトールと遭遇し、『窓のないビル』にいるフロイライン=クロイトゥーネを助けるための協力を持ちかけられる。
③上条当麻とトールが『窓のないビル』を攻略する途中で、フロイライン=クロイトゥーネが外に出てきてしまう。
④フロイライン=クロイトゥーネを確保するため、『グレムリン』とオッレルス勢力に誤情報を流すことを考える。
⑤トールは『グレムリン』のマリアン=スリンゲナイヤーに誤情報を伝える。
⑥上条当麻はバードウェイと遭遇するが警備員に脇腹を撃たれて倒れることで誤情報を掴ませる。
⑦木原唯一がフロイライン=クロイトゥーネ確保のために未元物質で垣根帝督を創造する。
フロイライン=クロイトゥーネ打ち止めの脳を捕食するための行動を開始する。
麦野沈利は殺したはずのフレンダ=セイヴェルンと遭遇する。

新約6巻

麦野沈利は義眼に誤情報を入れられたためにフレンダ=セイヴェルンに見えたおじさんを倒す。
②一端覧祭に出かけている一方通行・打ち止め・芳川桔梗そして浜面仕上・滝壺理后・フレメア=セイヴェルンのいる場所をフロイライン=クロイトゥーネが襲撃する。
白いカブトムシの垣根帝督がフロイライン=クロイトゥーネを吹き飛ばし、分身を作って一方通行を包囲する。
④一方通行は地面を破壊して地下通路に打ち止め達を逃がし、白いカブトムシの垣根帝督との戦闘を始める。
⑤地下に落ちた浜面達は五機のカブトムシに狙われるが、命令が重複したために同士討ちを始め、そのうちの一体(カブトムシ05)が浜面達を守る動きをし始める。
⑥上条当麻がフロイライン=クロイトゥーネを見つけて、追いかけるうちにレイヴィニア=バードウェイと戦闘になる。
トール御坂美琴を焚きつけ、フロイライン=クロイトゥーネを狙う『聖人』のシルビアとブリュンヒルドと戦闘になる。
一方通行垣根帝督に追い詰められたところを麦野沈利が現れ、第2位 VS 第1位&第4位の構図になる。
カブトムシ05が垣根帝督のネットワークから独立し、学園都市第2位 垣根帝督として確立する。
⑩上条当麻がバードウェイを、一方通行が垣根帝督を倒し、サンドリヨンの一部をフロイライン=クロイトゥーネに食べさせる。
⑪学園都市の外で上条当麻と雷神トールが戦闘になり、上条当麻が敗北する。

新約7巻

①上条当麻は土御門元春の命令で「学舎の園」に連れてこられ、「学舎の園」に置かれたとされる霊装の破壊をさせられることになる。
②上条当麻は女学生や警備員に追われながら食蜂操祈と共に霊装を探している最中、土御門舞夏の訃報ニュースを発見し、土御門元春が何かを隠していることを勘づく。
土御門元春は『人的資源』プロジェクトの情報を得て、ある病院を襲撃し、そこにいた統括理事会の薬味久子から貝積継敏と雲川芹亜が土御門舞夏の死の黒幕であるという情報を手に入れる。
土御門元春雲川芹亜と戦闘になり、土御門は銃弾によって負傷するが、戦闘中に繰り抜いた雲川の眼を媒介とした魔術によって撃退する。
⑤土御門元春と貝積継敏が邂逅し、土御門舞夏の死は土御門元春が偽装したものであると看破されたうえ、『人的資源』プロジェクトの黒幕が別にいることを知らされる。
⑥雲川芹亜の連絡を受けてやってきた上条当麻は土御門元春を倒し、『人的資源』プロジェクト、薬味久子フレメア=セイヴェルンを狙っているという情報を知る。
⑦フレメア=セイヴェルンを警固していたカブトムシ05(垣根帝督)恋査の未元物質からの干渉を受け、フレメア=セイヴェルンの誘導を始める。
⑧フレメアの元に恋査が現れ、薬味久子に利用されていたと気づいた黒夜海鳥が戦闘になるが、第一位の能力に苦しめられる。
⑨フレメアの学生寮で浜面仕上と絹旗最愛が薬味久子と戦闘になり、浜面仕上がフレメアのところへ向かう。
恋査との戦闘に浜面仕上・上条当麻が次々と到着するも完全敗北寸前まで追い込まれるが、黒夜海鳥決死の攻撃に対して恋査が幻想殺しをコピーしたことによって自爆する。
⑪逃げるフレメア=セイヴェルンの助けを呼ぶ声につられて7500人の『ヒーロー』が集結するが、その場に来た超能力者たちが制圧する。
上条当麻がフレメア=セイヴェルンを発見すると恋査が現れ、街ごと爆破しようとするが、制御を取り戻したカブトムシ05(垣根帝督)がこれを防ぎ、戦闘になる。
⑬上条当麻と垣根帝督が協力して恋査に一撃食らわせるものの黒い翼を発動させられたことで垣根帝督が戦闘不能になる。
フレメア=セイヴェルンが垣根帝督の言葉で庇護対象から『ヒーロー』に変わり、AIM思考体と化していた薬味久子と接触することで恋査の中に薬味久子の意識が移されて恋査の体が崩壊を始める。
⑮恋査は薬味久子を守るという想いから白い翼を発現させるが、上条当麻は恋査を救うという想いで恋査ごと薬味久子を幻想殺しで殴り飛ばした。

新約8巻

①『グレムリン』が本拠地の「船の墓場」でオティヌスの魔神化に必要な「主神の槍」の製造に取り掛かる。
②アメリカ・イギリス・バチカン・フランス・ロシアが『グレムリン』そして北海に登場した「船の墓場」の対策会議を開く。
③上条宅に押しかけたバードウェイ・レッサーは『グレムリン』の本拠地「船の墓場」について、上条当麻・インデックスに伝える。
④イギリス勢力のキャーリサ・シルビア・ブリュンヒルデは北海の「船の墓場」で『グレムリン』のロキと戦闘になるが、北海の「船の墓場」が偽装だったことに気づく。
⑤上条当麻・インデックス・レッサー・バードウェイと途中で遭遇した御坂美琴と雲川鞠亜は東京湾に『グレムリン』の「船の墓場」が登場したという報せを受ける。
⑥上条たちが超音速旅客機で向かう道中に『グレムリン』のフレイヤの生み出したフレースヴェルグのの襲撃を受け、上条当麻、インデックス・御坂美琴、レッサー・バードウェイ・雲川鞠亜の3つに分かれてしまう。
⑦各地で『グレムリン』が「船の墓場」を目指す部隊を迎撃する。
 ステイル VS ヨルムンガンド (日本海上空の爆撃機)
 オリアナ=トムソン VS フェンリル (アラスカ)
 シルビア・ブリュンヒルド VS ヘル (太平洋上の輸送艦)
⑧フレイヤは上条当麻、インデックス・御坂美琴、レッサー・バードウェイ・雲川鞠亜を術式『ムスペル』で遠距離攻撃し、ムスペルの撃破報告が多い上条当麻に接触する。
⑨地下鉄のトンネルから「船の墓場」を目指す上条当麻は電車の上でフレイヤと戦闘になる。
⑩フレイヤの攻撃手段を封じようと上条当麻は懐に入るが、そこで母親ではなくお腹の中の胎児がフレイヤであることに気づく。
⑪御坂美琴とインデックスが上条当麻に合流し、御坂美琴は超電磁砲でフレイヤの生み出したニーズヘッグを対処、インデックスはフレイヤ母子を救うための魔術を行使する。
⑫合流した雲川鞠亜にフレイヤ母子を預け、上条当麻・インデックス・御坂美琴・レッサー・バードウェイは「船の墓場」を目指して進む。
⑬上条たちが「船の墓場」に到着するとトールに扮していたオッレルスと右方のフィアンマはオティヌスに「妖精化」の術式を打ち込んでいた。
⑭「妖精化」の術式を受けて100%失敗する状態になったが、それを利用することで魔神の力を手に入れたオティヌスは世界を滅ぼした。

新約9巻

何もない世界にオティヌスと上条当麻は2人残されている。
②オティヌスはただの幻想殺しの器にすべく上条当麻の精神を破壊する行動に出た。
『上条当麻の見方を変えた世界』を作り出し、上条当麻が世界の敵、全ての黒幕として追われる世界を作りだすが、上条当麻の精神は折れなかった。
『上条当麻の事績を別の誰かが肩代わりしている世界』を作りアイデンティティを否定する方法をとったがこれでも上条当麻の精神は折れなかった。
⑤その後も数千億にも上る数の世界が作られ、殺されたり、食われたり、放り出されたりしたがそれでも折れなかった。
⑥そして『上条当麻以外のすべての人が救われた平和な世界』が作られ、上条当麻が世界に認識された瞬間幸せな世界が壊れる、世界を守りたければ上条当麻は死ぬしかないとオティヌスに諭される。
⑦自分の意思ひとつでみんなの幸せを奪えないと考えた上条当麻は自害を選ぼうとするが、生死が混在するミサカネットワークの総体が上条当麻を止める。
⑧総体はそっと寄り添い上条当麻の本心である「元の世界に帰りたい」を引き出し、上条当麻ははじめて自分のために戦うことを決意させる。
⑨上条当麻は元の世界に帰るために魔神オティヌスに拳を向けるが、一万回以上殺されてしまう。
⑩オティヌスが上条当麻殺害に飽きる中で上条当麻は攻略法を見出しオティヌスの懐に入ることに成功するが、オティヌスの自分を巻き込んだ形での術式『弩』によって死亡する。
⑪オティヌスは長い時間を過ごした上条当麻が自分の「理解者」であると悟り、幻想殺しを利用して上条当麻の世界を作りなおす。
⑫上条当麻はオティヌスを救って罪を償わせるために、世界を敵に回すことを選択する。

新約10巻

①上条当麻とオティヌスはオティヌスを人間に戻すために目を回収するべくデンマークにワープする。
②全世界にオティヌス及び上条当麻の追討令が発される。
学園都市第一位の超能力者 一方通行が上条当麻達を襲撃するが、一方通行は手加減することでわざと敗北する。
アニェーゼが指揮するローマ正教が上条当麻達を襲撃するが、本体のアニェーゼを説得することで切り抜ける。
ロシア成教のワシリーサとサーシャ=クロイツェフが上条当麻達を襲撃するが、術式『七つの大罪』を攻略したことで戦意喪失させて切り抜ける。
イギリス清教の神裂火織・後方のアックア・騎士団長・キャーリサの襲撃を受けるが、神裂火織を説得して3人の足止めをしてもらう。
マリアン=スリンゲナイヤーと投擲の槌(ミョルニル)の襲撃を受けて『戦乱の剣』に苦しめられるが、マリアンの自爆覚悟の攻撃からマリアンを救うことでこの場を切り抜ける。
⑧上条当麻達は米軍に捕まってしまったため、アメリカ大統領のロベルト=カッツェと交渉することになり、必ずしもオティヌスを殺す必要がないことを説得出来たことで解放される。
⑨上条当麻達は学園都市製のファイブオーバーに追われるが、途中でファイブオーバーを乗っ取った御坂美琴に遭遇する。
御坂美琴に『幸せな世界』を否定されて初めて敗北した上条当麻はファイブオーバーを御坂美琴に任せて先に進む。
⑪上条当麻達はバードウェイとインデックスの襲撃を受けて、バードウェイが魔神の力を発動しようとしたが、上条当麻がインデックスに触れることでそれを阻止する。
⑫上条当麻達は『聖人』のシルビアとブリュンヒルドの襲撃を受け、実力差に追い詰められるが、オッレルスの助けを受ける。
⑬『グレムリン』を一掃したトールと戦闘になり、全能神の力に苦しめられるが、術式に関係ない周囲の環境を利用することで勝利する。
⑭救われることを拒絶したオティヌスに前回敗北した原因の術式『弩』を放たれるがすべて攻略してオティヌスの懐に入るが、『妖精化』の影響でオティヌスの体が崩壊する。
⑮アレイスター=クロウリーは『隠世』に潜む魔神達の元へ行き、戦闘行為になる。
⑯病院で目覚めるとオティヌスは15cmに縮んでおり、各国首脳人の間で上条当麻・オティヌスの殺害令は解かれ、オティヌスには上条当麻の世界を近くで眺めることを罰とする結論が出された。

新約11巻

①学園都市に7人しかいない超能力者の第5位で常盤台中学所属の食蜂操祈は1年前、上条当麻と出会った時のことを思い出す。
②食蜂操祈は街中で急いでいた上条当麻とぶつかり、彼が落とした携帯電話を手に入れたのが始まりだった。
③それから食蜂操祈はことあるごとに上条当麻と遭遇しており、その際に、何かあった時用の防災用ホイッスルを渡されていた。
④ある日、超能力者を狙うデッドロックから上条当麻は食蜂操祈を連れて逃げていた。
⑤デッドロックに囲まれると無能力者の上条当麻は食蜂操祈を守るため一人で立ち向かった。
⑥食蜂操祈は思い出しながら思い出の地を歩いていると、違和感を感じたことで上条当麻との思い出が改竄されていることに気づく。
⑦食蜂操祈は黒幕と考えた統括理事会の雲川芹亜と接触する。
⑧雲川芹亜は人の心を操る機械が原因と推測して、食蜂操祈の首筋に埋め込まれていたストロビラを取り出して上条当麻との思い出が偽物だった可能性を話す。
⑨食蜂操祈は雲川芹亜と別れた後、食蜂操祈を連れ出そうとした人からストロビラに何も情報がないことを知り、上条当麻との思い出が本物だったことを知る。
⑩食蜂操祈は黒幕を探すため、食蜂派閥を利用し始める。
⑪食蜂操祈は食蜂派閥を周辺に配置しつつ上条当麻と初めて出会った場所に到着すると、食蜂操祈に扮した何者かが現れ、『心理掌握』が効かない虫で襲い掛かる。
⑫食蜂操祈がリモコンをなげつけて、能力で自白を強要させると蜜蟻愛愉が姿を現し、『素養格付』による存在価値と助けられるはずだった上条当麻を奪われた食蜂操祈に恨みを持っていることを明かす。
⑬蜜蟻愛愉はファイブオーバーOS モデルケース:メンタルアウトを使って食蜂操祈を追い詰めるが、食蜂派閥の介入によって制御できなくなる。
⑭食蜂操祈は肉弾戦に切り替えた蜜蟻愛愉の攻撃を食らってしまい、『心理穿孔』を直撃してしまい首を絞められる。
⑮追い詰められた食蜂操祈が希望に縋って防災用ホイッスルを吹くと、『何も知らない』上条当麻が来る。
⑯過去のデッドロックとの戦いの後遺症で上条当麻は食蜂操祈のことを思い出せなくなってしまっていた
⑰喋るゴールデンレトリバー木原脳幹はA.A.A.を使って全ての魔術を殲滅することをアレイスター=クロウリーにお願いする。

新約12巻

①アレイスターによって隠世が壊されたため、学園都市に魔神である僧正・娘々・ネフテュスが降り立った。
②浜面仕上はステファニ=ゴージャスパレスの命令で「ドラゴンライダー」の試作機を量産型にした運搬着(パワーリフター)のテストパイロットをしている。
③上条当麻・インデックス・オティヌスは買い物のため、浜面仕上・ステファニーは『アイテム』と合流するためにダイヤノイドに向かう。
④上条当麻はインデックス・オティヌスとはぐれ、超能力者第6位の藍花悦と遭遇し、魔神を自称するサンジェルマンに襲われ、藍花悦と別れる。
⑤運搬着を装着する浜面仕上は『アイテム』に近づくサンジェルマンに気づき、助けに向かおうとすると上条当麻に遮られ戦闘になる。
⑥浜面仕上に敗北した上条当麻はオティヌスにサンジェルマンの名前を告げるがサンジェルマン達に包囲襲撃されてしまう。
⑦上条当麻は藍花悦にダイヤノイド上層にあるフレンダ=セイヴェルンの部屋に行ってほしいと伝えられる。
⑧運搬着に付属されたAIであるアネリのサポートでサンジェルマンに襲われた『アイテム』が無事であることを確認した浜面仕上は上条当麻と合流し、フレンダ=セイヴェルンの情報を交換して協力体制を築く。
⑨サンジェルマンは藍花悦にフレンダ=セイヴェルンは既に死亡していること、その死の原因に上条当麻がいなかったことを伝え、藍花悦に『アンの盾』を利用して上条当麻の殺害へ誘導する。
⑫フレンダ=セイヴェルンの部屋に到着した上条当麻と浜面仕上は、藍花悦と思しき人物の名前が刻まれた『遺産』を手に入れる。
⑬上条当麻と浜面仕上は部屋のモニターで藍花悦を確認し、上条当麻はサンジェルマンの目的が魔神にあることを看破する。
⑭上条当麻と浜面仕上はインデックス・オティヌス・『アイテム』・ステファニーにダイヤノイドの最下層を目印とした情報を送った。
⑮ダイヤノイド最下層で浜面仕上は藍花悦に対してフレンダの死に関わっているのは自分だと告白する。
⑯上条当麻は藍花悦と浜面仕上のもとにフレンダの『遺産』を投げ入れ、フレンダの力で藍花悦に”加納神華”という名前を思い出させることで、敵はサンジェルマンであることに気づかせる。
⑰その場にインデックス・オティヌス・『アイテム』・ステファニーも合流し、複数のサンジェルマンとの全面戦闘が始まる。
⑱インデックスの力でサンジェルマンの無限増殖を止め、加納神華の拳によってサンジェルマンが撃破される。
⑲アレイスターは僧正と接触し、「魔神」ゾンビを倒して罠を貼ったことですべての魔神の弱体化に成功していることを伝える。

新約13巻

上条当麻アクロバイクでの補習中に僧正から屋上に呼び出され、『魔神』の採点者になることを提案されるが拒否する。
②上条当麻は僧正をこの場から引き離すためアクロバイクに乗り、近くにいた御坂美琴を拾って全力で逃走を始める。
③僧正は警備員を蹴散らし、御坂美琴の超電磁砲フィアンマの加勢も何ら気にせず、ビルを振り回しながら上条当麻達を追いかけ続ける。
上条当麻御坂美琴の力を借りて空中に飛び、僧正の索敵から逃れて作業船に乗り込むがそこで娘々ネフテュスに遭遇し、魔神の力を借りるよう説かされるが御坂美琴が阻止する。
⑦上条当麻は御坂美琴を通じて白井黒子たち風紀委員を利用して民間人を避難させ、開けた場所で索敵されることで僧正を呼び出し、被害を抑える。
僧正は上条当麻に落胆し、御坂美琴がいるから上条当麻がこうなってしまったと嘆くが上条当麻がそれを否定する。
⑨御坂美琴は僧正に大量のがれきを浴びせ、暴走する僧正を宇宙に吹き飛ばした。
⑩僧正は地球に接近していたアローヘッド彗星に乗って学園都市に襲来しようとしていたが、木原脳幹A.A.A.で僧正ごと破壊する。
⑪A.A.A.を見て学園都市の破壊を決意した娘々とネフテュスを『理想送り』が襲撃していた。

新約14巻

ネフテュスが上条宅に来訪し、上条当麻とオティヌスに『理想送り』と上里翔流について伝える。
②上条当麻は買い物の帰りに上里翔流と遭遇し、更に赤と黒の謎の生物の襲撃を受ける。
③上条当麻は『赤』を回収すると正体がレイヴィニア=バードウェイであり、『黒』は妹のパトリシア=バードウェイであることを知る。
④上里翔流は『黒』を回収しており、理想送りでパトリシアを解放する。
パトリシアは南極調査活動の際にサンプル=ショゴスに寄生されてしまったことを上里勢力に告げる。
⑥上条当麻・レイヴィニア・インデックス・オティヌス・ネフテュスの元へ上里勢力が襲撃してくる。
レイヴィニアとパトリシア両方を救おうとする上条当麻パトリシアのみを救おうとする上里翔流で言い争いになる傍ら、『黒』のパトリシアと『赤』のレイヴィニアが争いを始める。
上条当麻と上里翔流は協力して『赤』と『黒』を除去し、田妻暮亜の能力でパトリシアの失った体の部分を穴埋めしようとするがうまくいかない。
⑪インデックスと逃げていたネフテュスがパトリシアの体の一部分を肩代わりしたことで解決する。
⑫一件落着後、上里翔流の興味で『幻想殺し』と『理想送り』が衝突する。
⑬『幻想殺し』の奥にある『何か』にやられた上里翔流は上里翔流排除のためにやってきたA.A.A.を背負った木原脳幹をボコボコにする。
木原唯一は師匠の木原脳幹をボコボコにした元凶である上里翔流に照準を合わせる。

新約15巻

①僧正との争いで壊れた上条当麻の高校の代わりに他の高校を間借りすることになり、そこで上里翔流と再会する。
②上里勢力は上里翔流の義妹、「絶滅犯」去鳴が学園都市に侵入したことを探知する。
③「絶滅犯」去鳴が上条当麻と関わりのある浜面仕上と接触する。
④僧正の戦いで上条当麻との差を感じて焦燥している御坂美琴を去鳴が襲撃し、戦闘になる。
⑤上条当麻は上里勢力に裏切られて殺されそうになるが、そこに去鳴と一方通行が乱入し、上里勢力を全滅させようとする。
上条当麻と去鳴は高校に戻り、去鳴が準備をしている間に様子が変わっている人物がいないかの調査を始める。
⑦青髪ピアスたちの様子がおかしくなっていることに気づき、やってきた上里翔流を問いただすが知らないと言われる。
⑧背後から近づいていた木原唯一が上里翔流の右手を切り離し、サンプル=ショゴスで自分に装着し『理想送り』を手に入れる。
⑨去鳴は上里勢力を捧げた術式で木原唯一を攻撃し、右手を切り離すことに成功するが、木原唯一は右手から娘々を召喚する
⑩通りかかった御坂美琴は木原唯一に追い詰められている上条当麻と去鳴を連れ出して逃げる。
⑪娘々を召喚している木原唯一に追い着かれ、上条当麻はサンジェルマンの丸薬を口移しさせられそうになる。
御坂美琴は吹き飛ばされた先にあったA.A.A.を起動して木原唯一を攻撃し、上条当麻を助ける。
⑬ボロボロになった木原唯一はアレイスターとコンタクトを取り、お互いに上里翔流と御坂美琴の2人を排除することを決める。

新約16巻

①学園都市は摂氏55度の猛暑に見舞われ、地上はエレメントと呼ばれる謎の生き物が闊歩している。
②上条当麻がエレメントと戦っているとA.A.A.を装備した御坂美琴に助けられ常盤台中学に運ばれる。
③上条当麻と御坂美琴は常盤台中学の防御を食蜂操祈に任せ、エレメントの発生地点と予想される『水晶の塔』に向かう。
④水晶の塔で100mのエレメントを撃退し、常盤台中学に帰還すると既にエレメントの襲撃を受けており、上条当麻達も不意打ちを受ける。
⑤上条当麻は気が付くと上里翔流たちに助けられており、エレメントの犯人が木原唯一であり、エレメントの活動を抑制するために烏丸府蘭が大熱波を引き起こしていることを伝えられる。
⑥上条当麻と上里勢力は『窓のないビル』の地下に木原唯一がいることを突き止め、襲撃する。
木原唯一がエレメントでA.A.A.模した兵器で攻撃してくるため、田妻暮亜が能力で作った疑似A.A.A.で対抗する。
⑧木原唯一から「理想送り」の右手を取り返すと木原唯一は、自滅上等のロケットブースターを発動させる。
⑨上里翔流は「理想送り」でブースターを消去させるが、魔神の全滅と右手の消滅で願いが重複しており、上里翔流も消滅してしまう。
⑩木原唯一は「理想送り」を再度装着し、上里勢力に上条当麻の殺害を命じる。

新約17巻

①上里勢力が木原唯一の命令で上条当麻の殺害のために行動し始める。
上条当麻は烏丸府蘭と共に上里勢力から逃げる。
③避難所にある通信機器を手に入れて情報を確認し、魔術の専門家であるインデックスたちに合流場所のメッセージを送る。
④インデックスとの合流地点で待機している上里勢力から、烏丸府蘭の指示で魔術に秀でた豊山琉華を引き抜く
⑤琉華の提案で2つの世界を繋ぐ鍵になるA.A.A.を扱っている御坂美琴を探す。
⑥A.A.A.に仕掛けられていた罠で御坂美琴が行動不能になる。
『営巣部隊』によるA.A.A.回収を防ぐため本拠地に向かう。
『営巣部隊』の本拠地が上里勢力と烏丸府蘭によって壊滅する。
⑨上里勢力から逃げつつA.A.A.のもとに向かう。
⑩A.A.A.を使って2つの世界を繋ぐ魔術を発動するが上里勢力に邪魔される。
⑪『営巣部隊』と協力して上里勢力をやり過ごす。
パトリシア=バードウェイの中にあるネフテュスを利用して上里翔流を「こっちの世界」に戻す。
⑬烏丸府蘭と接触しているアレイスター=クロウリーを土御門元春が銃撃し、上条当麻の元へ逃げようとする。

新約18巻

土御門元春は上条当麻に一緒に学園都市から出ることを提案する。
②学園都市から出ようとすると土御門舞夏に術式『呪詛の魔術剣』が発動されたため、『窓のないビル』に乗り込んでアレイスター=クロウリーを倒すことに決める。
③フロイライン=クロイトゥーネが『窓のないビル』から出てきた時の穴から『窓のないビル』に侵入すると上条当麻は落下する。
④上条当麻の目の前にミナ=メイザースが現れ、『人間』アレイスター=クロウリーの過去を見せられる。
御坂美琴と食蜂操祈がA.A.A.について調べていると「神浄の討魔」という文字を見つける。
⑥アレイスター=クロウリーが自身の娘リリスの死に目に立ち会えず、娘の死因には魔術によって生じた火花であることを教えられたという過去も見せられる。
⑦アレイスター=クロウリーは先代の幻想殺しを持ち出し、復讐のため「黄金」サミュエル=リデル=マグレガー=メイザースと戦争をはじめる。
⑧アレイスター=クロウリーは先代の幻想殺しの消滅と引き換えにメイザースを討伐し、全ての魔術を絶滅させることを誓う。
⑨上条当麻は階段を進むとアレイスターから学園都市は幻想殺しを宿す上条当麻を活躍させるためだけに作ったことを告げられる。
⑩アレイスター本体と遭遇し戦闘になり、エイワスも召喚されひたすらに劣勢が続く。
⑪A.A.A.の制作者の居場所を特定した御坂美琴と食蜂操祈は『窓のないビル』に向かって液状被覆超電磁砲を放ち貫通させる。
⑫上条当麻の前に『問答型思考補助式人工知能』のミナ=メイザースが現出すると同時に液状被覆超電磁砲が『窓のないビル』を貫通する。
⑬『窓のないビル』にあった魔導書を解読し土御門元春・烏丸府蘭が土御門舞夏の解呪に成功する
⑭エイワスとミナ=メイザースが消滅したのち、上条当麻はアレイスター=クロウリーに一撃食らわせて勝利する。
⑮突如現れたローラ=スチュアートがアレイスターにとどめを刺し、自身が大悪魔コロンゾンであると明かす。
⑯上条当麻達は『窓のないビル』の外に飛ばされ、少女と化したアレイスター=クロウリーに助けられる。

新約19巻

アレイスターコロンゾンのいる『窓のないビル』をロケットのように宇宙に飛ばす。
浜面仕上は目を覚ますとアネリ搭載型プロセッサスーツを全身に装着しており、警備員に追われる羽目になる。
浜面仕上が公衆電話で滝壺理后と連絡を取っているとA・Oフランキスカと認識した一方通行が襲撃する。
浜面仕上は逃走中に車の中に置き去りにされていた赤子のリリスを保護する。
⑤アレイスター本体を探すミナ=メイザースが浜面仕上を見つけると一方通行と戦闘になる。
⑥浜面仕上は逃亡先で警備員に囲まれたため、リリスを離し、警備員に捕まる。
⑦浜面仕上が警備員の詰め所で取り調べを受けているとそこへA・Oフランキスカが襲撃する。
浜面仕上は滝壺理后と合流するとリリスの容態が急変したため病院に向かおうとするとA・Oフランキスカの襲撃を受ける。
上条当麻はアレイスターからコロンゾンの話を聞き、今起きている事件の中心に浜面仕上がいることを伝えられる。
⑩ぼろぼろのプロセッサースーツを纏った浜面仕上は病院で滝壺理后・麦野沈利・絹旗最愛と合流し、プロセッサースーツの正体が書庫(バンク)であることを知る。
浜面仕上はリリスの防衛を3人に任せてA・Oフランキスカとの戦闘を始める。
上条当麻達が合流しA・Oフランキスカの正体がローラ=スチュアート直属の烏丸府蘭だと気づくと、コロンゾンによって操られているインデックス「自動書記」で上条当麻を襲撃する。
アレイスターミナ=メイザースを魔導書としてインデックスに取り込ませることで「自動書記」を止めつつA・Oフランキスカを破壊する。
⑭『窓のないビル』ごとコロンゾンが「新たな天地」に移動する。
アレイスターはローラ=スチュアート(コロンゾン)擁するイギリスに宣戦布告する。

新約20巻

コロンゾン娘々とネフテュスを引き連れて「新たな天地」から現実世界へ帰ってくる。
②アレイスターはコロンゾンを閉じ込めて時間稼ぎをするため学園都市の全機能を凍結させる。
アレイスター・上条当麻・インデックス・オティヌス・一方通行・浜面仕上・滝壺理后・烏丸府蘭はクルーザーでイギリスに向かう。
イギリスとクロウリーズ・ハザードの先頭に巻き込まれて上条当麻は一人になる。
⑤上条当麻は浜辺で女性騎士に遭遇してしまうが、アレイスターと一方通行に助けられ、インデックス・オティヌス・烏丸府蘭とも合流する。
浜面仕上と滝壺理后がアレイスターを探して盗難車で移動しているとネフテュス・娘々と遭遇する。
⑦アレイスターの作戦で上条当麻が気絶させられ、イギリス勢力に捕らえられる。
アレイスターと一方通行はコロンゾンを倒すためにウェストミンスター寺院に眠る『秘密』を目指す。
⑨オティヌスが上条当麻と合流し、処刑塔から脱出を始める。
⑩浜面達がクロウリーズ・ハザードに巻き込まれているシスターを拾ってロンドンに近づいていると、同時期にロンドンを守る結界が幻想殺しで解かれる。
アレイスターがロンドンに入ると神裂火織・騎士団長と戦闘になる。
オルソラ=アクィナスは戦時下のイギリスでアニェーゼ達に食事を提供する傍ら、自身の力不足を感じていた。
⑬浜面仕上達はシスターを引き連れ、大英博物館までやってくる。
アレイスターは騎士団長と神裂火織を撃破すると神裂火織に憑いていたクリファパズル545を引きずりだして撃破する。
⑮上条当麻は脱出すると女性騎士・レイヴィニア=バードウェイ・レッサーと再会し、インデックス・烏丸府蘭とも合流して『神威混淆』がイギリスに運ばれているという情報を得る。
⑯オリアナ=トムソンによってイシス=デメーテルが運ばれ、説明を聞いていたオルソラ=アクィナスが融合してしまう。
⑰上条当麻はイシス=デメーテルと融合したオルソラ=アクィナスと遭遇し、アレイスターの助けも得て戦闘になる。
⑱上条当麻はイシス=デメーテルに苦しめられアレイスターもダメージを受けるが、イシス=デメーテルの仕組みを看破する。
⑲上条当麻はオルソラに自身の考えを伝えたうえでオルソラの役割を提示し、「わがまま」が武器であると説得するとイシス=デメーテルが解除される。
一方通行は回復したクリファパズル545と契約する。
㉑上条当麻とアレイスターがウェストミンスター寺院に到着すると死んでいるはずのサミュエル=リデル=マグレガー=メイザースが現れ戦闘になる。
㉒メイザースが『黄金』の魔術師を蘇らせ、上条当麻と合流した一方通行はアレイスターを守るために立ち向かう。

新約21巻

①上条当麻・一方通行・アレイスターはクロウリーズ・ハザードを目くらましに使ってその場から離れる。
②上条当麻達はショッピングセンターに隠れ、アレイスターが用意した『科学』の兵器でダイアン=フォーチュンを迎撃する。
③アレイスター達はイシス=ウラニア別館にたどり着き、一方通行はクリファパズル545に浜面仕上の捜索をお願いする。
④インデックスと烏丸府蘭は上条当麻のために大英博物館で情報を集める。
浜面仕上は重傷を負ったダイアン=フォーチュンを見つける。
⑥A.A.A.を装備した御坂美琴は食蜂操祈を連れて移動していると、クリファパズル545と激突する。
⑦ネフテュス達の介護でダイアン=フォーチュンが目覚める。
⑧一方通行の能力で、接近していたフォルナリオとリガルディを迎撃するが、逃げた先にいたメイザースと戦闘になる。
⑨アレイスターが学園都市の機能を復活させ、一方通行の力で強化した科学兵器で復活した『黄金』の正体がタロットカードであると確認する。
⑩『王室派』のエディンバラ城への移動によって墓所の結界が解かれて、遺体の所在が暴かれることを察知したメイザースが撤退する。
⑪る浜面仕上たちをアニーとウェストコットが襲撃し、外に出た浜面仕上が行動不能になる。
⑫追い込まれた浜面仕上をダイアン=フォーチュンが助け、2人の魔術師が撤退する。
アレイスターはマイクロジェットエンジンを使って、メイザースを追いかけ、一方通行は逆方向へ飛んで行く。
⑭橋の下で待機する浜面仕上達は携帯に映ったアネリ(ミナ=メイザース)を介してダイアン=フォーチュンと心を通わせる。
⑮ひとりになった上条当麻は移動手段を探していると馬に乗った女性騎士と再会する。
浜面仕上はスコットランド方面に向かうために寄ったガソリンスタンドでレイヴィニア=バードウェイ・レッサーと遭遇する。
⑰メイザース達がリメイア達『王室派』や『清教派』と戦闘を始めようとすると上条当麻が乱入し戦闘になる。
⑱メイザースの魔術を幻想殺しで攻略していくが、メイザースの2段攻撃で上条当麻は馬車から落とされる。
⑲バイクと化したA.A.A.で移動していた御坂美琴と食蜂操祈が戦闘で吹っ飛ばされた上条当麻を回収し、再度メイザースと戦闘になる。
⑳メイザースは上空のアレイスターに気づくと撃ち落とすが、アレイスターもA.A.A.を用いてメイザースを吹き飛ばす。
㉑小さな教会にてアレイスターはオルソラの御言葉と一度否定した聖書を受け取り、メイザースとの決戦を始める。
㉒メイザースは四大天使を召喚し四肢を潰すなどでアレイスターを追い詰める。
アレイスターは受けた傷を聖痕として利用することで『黄金』現出させる源である地脈・龍脈からのエネルギーを断ち、『黄金』をタロットカードに戻す。
㉔エディンバラ城で上条当麻・アレイスター・御坂美琴・食蜂操祈が合流する。
㉕アレイスターがメイザースの遺体でコロンゾンを封じようとするとコロンゾンが現れ、アレイスターが奇襲される。
クリファパズル545はコロンゾンによって契約が上書きされそうになるが一方通行が阻止し、更に自由な契約を上書きする。
㉗浜面仕上は目の前で消えたダイアン=フォーチュンを取り戻すために行動を始める。

新約22巻

上条当麻は幻想殺しでコロンゾンの魔術を受け止めきれず肉塊と化す。
浜面仕上は『魔神』達と別れ、「魔術師」との接触のために地上絵を書いたところ神裂火織に捕まる。
アレイスターがA.A.A.を使って上条当麻の右手を切断し、回復魔術で復活させる。
一方通行がコロンゾンを襲撃するが返り討ちに遭い、コロンゾンモ・アサイアの儀を行うためその場からいなくなる。
コロンゾンは『モ・アサイアの儀』の前段階として『スコットランド式』を発動しようとするが、必要な『国家の剣』が浜面仕上に持ち出されていた。
⑥浜面仕上はコロンゾンと、ダイアン=フォーチュンを助ける代わりに協力するという契約を結ぶ。
右手がないまま上条当麻が目覚める。
⑦浜面仕上は『国家の剣』を狙うレッサーから逃げると一方通行と遭遇する。
⑧浜面仕上が一方通行の攻撃をかわしているとネフテュスがやってきて、ネフテュスがクリファパズル545を暴走させることで一方通行を退ける。
⑨コロンゾンが浜面仕上を抱えながら海を目指していると娘々が現れ戦闘になる。
⑩滝壺理后が目覚めると『薔薇十字』アンナ=シュプレンゲルと遭遇する。
⑪上条当麻・御坂美琴・食蜂操祈・アレイスターは増援のインデックス・烏丸府蘭と合流する。
⑫娘々から逃れたコロンゾンと浜面仕上はイギリスから掠めたクイーンブリアニタ号に移る。
⑬上条当麻達はインデックスからコロンゾンの目的が世界の自然分解だと伝えられる。
⑭エディンバラ城にミナ=メイザースとリリスと木原脳幹とカエル顔の医者とリリスが合流する。
⑮アレイスターはコロンゾンに対する唯一の対抗因子がリリスしかいないことに絶望する。
上条当麻はリリスを使わずコロンゾンを倒すとアレイスターに言って立ち上がらせる。
⑰コロンゾンのアエティール・アバターがエディンバラ城を襲撃する。
⑱上条当麻の右腕を持って逃げていた食蜂操祈がアエティール・アバターが襲うが、右手の無い上条当麻が守る。
⑲食蜂操祈は上条当麻のもとに幻想殺しを戻し、幻想殺しでアエティール・アバターを撃退する。
クイーンブリアニタ号周辺の海を凍らせ、『王室派』『騎士派』アレイスターなどイギリス勢力が反抗作戦に出る。
㉑上条当麻は御坂美琴のA.A.A.でクイーンブリアニタ号に向かいつつアエティール・アバターと戦闘になる。
一方通行は船に乗り込み、魔力の副作用でボロボロの浜面仕上と対峙するとネフテュスが割り込み戦闘になる。
浜面仕上のもとにアンナ=シュプレンゲルの魔術の影響を受けた滝壺理后が迫り戦闘になる。
㉔船に乗り込んだアレイスター・ミナ・リリスは娘々と遭遇し戦闘になる。
㉕浜面仕上げが滝壺理后を纏う水晶玉の魔術に追い詰められるとダイアン=フォーチュンが復活し浜面仕上と滝壺理后を守る。
一方通行ネフテュスに苦しめられ、クリファパズル545を操られるが、その影響でクリファパズル545とミサカネットワークが一方通行を介して繋がる。
クリファパズル545はミサカネットワークを利用して一方通行に力を与え、見えない力によってできた槍でネフテュスを攻撃する。
アレイスターは娘々を退け先に進むとコロンゾン本体と遭遇し戦闘になる。
㉙クリファパズル545は一方通行・ミサカネットワークを軸に人造の樹を作り上げ、一方通行はプラチナの翼を作り出しネフテュスを倒す。
人造の樹の確立によってコロンゾンは悪魔と肉体に分離し幻想殺しの適用範囲内になる。
㉛上条当麻・A.A.A.を持った御坂美琴が合流するとコロンゾンは『モ・アサイアの儀』を発動しようとするがダイアン=フォーチュンの手によって失敗に終わる。
㉜上条当麻がコロンゾンに寄り添おうとするとコロンゾンの不意打ちをうけ右腕が外される
㉝上条当麻の右肩から飛び出した『何か』が船を両断する。
㉞死に瀕するアレイスターのもとに一方通行が現れ、統括理事長の権限を譲渡され、魔術師アレイスター=クロウリーが死亡する。
㉟コロンゾンの魂が入っているローラ=スチュアートの肉体にアレイスターの魂が割り込む。
上条当麻は右肩から『何か』を吹き出しながら船を離れ氷の大地を走る。

新約22巻リバース

①ウィンザー城にて祝勝会のためインデックス・御坂美琴・食蜂操祈はドレスに着替える。
タキシード姿の上条当麻と合流するが、食蜂操祈は自分の名前を思い出せていることに奇跡を感じる。
③祝勝会の傍ら、見回りのアニェーゼ達は奇妙な足跡を見つける。
④上条当麻はインデックスと今後の話をしているとスカイブルーとレモンイエローのドラゴンの襲撃を受ける。
⑤ドラゴンに幻想殺しが触れると中からもう一人、パーカー姿の上条当麻が現れる。
⑨パーカー姿の上条当麻が右手が壊れたことを説明しようとするとタキシード姿の上条当麻(神浄の討魔)がそれを阻止する。
神浄の討魔は食蜂操祈の能力を暴走させてウィンザー城にいるすべての人物を操ろうとする。
⑪御坂美琴は操られる寸前にA.A.A.で上条当麻を吹き飛ばす。
上条当麻は一方通行・クリファパズル545・浜面仕上・滝壺理后・ダイアン=フォーチュン・第一王女リメエアと合流し対策を練る。
⑬神浄の討魔は操り切れなかった女王エリザードを起き上がらせ、幻想殺しを使って脅すことで戦力に加える。
食蜂操祈は、記憶の有無だけで上条当麻ではなく、神浄の討魔を選んでしまった自分の選択を悔やむ。
上条当麻・オティヌス・ダイアン=フォーチュン、一方通行がウィンザー城を襲撃する。
⑯上条当麻がステイル=マグヌス・神裂火織と戦闘になる。
⑰上条当麻はステイルを撃退するとダイアン=フォーチュンに神裂火織を任せて先に進む。
⑱神浄の討魔の指示で食蜂操祈が御坂美琴を操るとA.A.A.が神浄の討魔を狙って攻撃し始めたため、対抗しようとインデックスの『自動書記』を発動する
⑲ホイッスルを聞いた上条当麻は戦場にたどり着き、神浄の討魔と戦闘になる。
浜面仕上たちは外で見回りのシスターとの逃避行を続ける。
㉑プラチナの翼を使う一方通行がカーテナ=セカンドを使うエリザードと戦闘になる。
㉒ダイアン=フォーチュンが神裂火織を倒す。
㉓一方通行がエリザードを倒す。
㉔上条当麻が神浄の討魔を倒し、右腕と幻想殺しが戻る。
㉕上条当麻が『自動書記』を幻想殺しで停止させる。

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