原因判明。
Photoshopでpngに書き出し時、カラープロファイルが埋め込み指定になっていた。
BlenderではsRGBに指定してるがUVマップ画像は別ファイル扱いなのでプロファイル埋め込みになってるとglbでも警告が表示される。対策はカラープロファイル関係を埋め込まない。