五日目：論文読み雑記
最近忙しくて論文を読む時間がない（言い訳だし、そういう人のため論文まとめフォーマットなのでは？）
臨床研究、in vitro、 データ解析と隙がないです😭
貧乏暇なしですな
＊追記：なんか論文のintroとdiscussionをまとめているだけになっている気がする。もっと他人に説明してわかりやすいように書かなければいけない。
タイトル
研究内容
16s rRNAのメタゲノム解析により慢性歯周炎患者と健康な患者の歯肉縁下プラークの組成が異なるかを検証し、さらにこれまで行われていなかった、それぞれの歯肉縁下のマイクロバイオータの組成データの相違が研究間にまたがっているのか比較した。（自前のデータ, the HMP, Griffen et al. , and Abusleme et al. ）
また、PICRUSt (phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states)を使用し、16s rRNAデータより機能推定を行った。
新規性・進捗性
健康な人ひとと深いポケットの人でマイクロバイオータの多様性に大きな変化は見られなかったが、浅いポケットでは菌種が多様になった。これは元ある細菌叢に新たな菌が侵入し、その後置き換わることを示していると思われる。
それぞれの研究間でテクニカルな影響によるマイクロバイオータの違いが見られた。（この現象は以前にも報告があるらしい）
Notably, functions related to bacterial motility, energy metabolism, lipopolysaccharide (LPS) biosynthesis, flagellar assembly, methane metabolism, bacterial chemotaxis, and peptidases
慢性歯周炎の場合の細菌の運動性、エネルギー代謝、LPS合成、鞭毛構築、メタン代謝、細菌のケモタキシス、ペプチダーゼの発現が豊富に見られた。
気になったこと
・この著者は腸管でいう「エンテロタイプ」を歯肉縁下でも見出したかったらしい。それが一応、歯周病：Fusobacterium, Porphyromonas と健康：Streptococcus, Rothiaという2分類
（HMPでは歯周病の人のサンプルは含まれていない、そしてこの研究では3-6mmポケットからサンプルを採取していない。つまりグラディエントを見ることができていない）
・deep pocketで多様性が減少するという報告は現在指示されている知見と矛盾するのでは？
・結局この研究では何人中何人からFretibacteriumが検出されたかがわからない。（何歳から感染しているかも）
・というかそもそも子供の歯周病のメタゲノムデータはあるのか？