kudoprev

論文をたくさん消化したい人。 読むだけではそのまま忘れ去ってしまうので備忘録的にまとめます。

kudoprev

論文をたくさん消化したい人。 読むだけではそのまま忘れ去ってしまうので備忘録的にまとめます。

17日目：FnはH2Sをめちゃ出す

年末にかけて忙しくなってきた。 メタボロする？ TitleGenetic Determinants of Hydrogen Sulfide Biosynthesis in Fusobacterium nucleatum Are Required for Bacterial Fitness, Antibiotic Sensitivity, and VirulenceAuthorYi-Wei Chen, Martha I. Camacho, Yimin Chen, Aadil

kudoprev

    • 16日目：システインを分解してH2Sを産生することは、ヒトの胃の中ではありふれている

      論文自体は読んでいるものの、まとめるのをサボっている。これは今までの人生でよく見られてきたよくない傾向である。 眠い。左隣がうるさい。 TitleThe Capacity to Produce Hydrogen Sulfide (H2S) via Cysteine Degradation Is Ubiquitous in the Human Gut Microbiome AuthorDomenick J. Bracci Xiaofang Jiang2 Mihai Po

      kudoprev

      • 15日目：難培養菌とシデロフォア

        TitleIn Vitro Cultivation of ‘Unculturable’ Oral Bacteria, Facilitated by Community Culture and Media Supplementation with Siderophores AuthorSonia R. Vartoukian, Aleksandra Adamowska, Megan Lawlor, Rebecca Moazzez, Floyd E. Dewhirst,

        kudoprev

        • 14日目：Fnの鉄獲得機構はなんかすごいらしい

          今回は生化学的な話なので難しい。よくわからん。 でもかなり核心に近づいてきているような気がする。 TitleA new member of the flavodoxin superfamily from Fusobacterium nucleatum that functions in heme trafficking and reduction of anaerobilin AuthorAlexandra K. McGregor 1, Anson C.K. Chan 2

          kudoprev

          １３日目：揮発性脂肪酸は細菌培養において、ルーメン液の代替となるか？

          この論文はかなり興味深いと思われる。 TitleMedium Without Rumen Fluid for Nonselective Enumeration and Isolation of Rumen Bacteria AuthorDANIEL R. CALDWELL AND MARVIN P. BRYANT' Motivationどんな課題や問題点を解決しようとしたのか？ ルーメン液の微生物の培養は二種類の培地で行われる。ルーメン入り培地及びルーメン抜き培地であ

          kudoprev

          １３日目：揮発性脂肪酸は細菌培養において、ルーメン液の代替となるか？

          kudoprev

          論文まとめテンプレート

          論文まとめ用のテンプレート TitleAuthorMotivationどんな課題や問題点を解決しようとしたのか？ 既存の研究で足りないところはどこだったのか？ Methodどんな実験をしたか？なぜその実験設計でよいと仮定したか？ Insightどんな結果が得られたのか？どんな条件だと上手くいって，どんな場合は上手くいかなかったのか？ 新しくわかった知見はなにか？他のアプリケーションやシステムでも使えそうな知見は何か？ Contribution summary「[A

          kudoprev

          論文まとめテンプレート

          kudoprev

          １２日目：論文読み雑記

          朝からヘビーな？論文を読む 遺伝子工学の知識に乏しいため、教科書等と見比べながら読む必要あり。 今までずっと同じフォーマットで続けていたが少し物足りない気がするのでTAMMICで論文を要約してみる。 ちなみにTAMMICは Tiele, Author, Motivation, Method, Insight, Contribution summaryの頭文字 TieleGenetic and molecular determinants of polymicrobial i

          kudoprev

          １２日目：論文読み雑記

          kudoprev

          11日目：論文読み雑記

          こんにちは。午後も頑張りましょう。 Association of Fusobacterium nucleatum in human saliva with periodontal status and composition of the salivary microbiome including periodontopathogens研究内容唾液中のFnの存在量に基づいて、歯周病のステイタスや他菌種の存在（red complex）との相関関係を調べた。Fnの存在量に比例し

          kudoprev

          11日目：論文読み雑記

          kudoprev

          10日目：論文読み雑記

          最近はKEGGのパスウェイと睨めっこしている時間が長い。もう少しで繋がってきそうな感じがするが気のせいか？ タイトルLevels of Candidate Periodontal Pathogens in Subgingival Biofilm 研究内容今まで歯周病との関連が明らかにされているのはPg、Tf、Aaの３菌種のみであったが、Abusleme et al. (2013)やGriffen et al. (2012)の研究により培養できない菌の歯周病への関与が示唆さ

          kudoprev

          10日目：論文読み雑記

          kudoprev

          ９日目：論文読み雑記

          しばらくぶりの投稿。 とりあえず今年の検診等は終わったので腰を据えて論文を読み時期かな？ 初めてのレビュー論文だがどうまとめるのが正解か？ レビューだからすでにまとまっているし・・・ とりあえず目次ごとに気になった点をまとめるか。 Microbial production of vitamin B12: a review and future perspectives Background・コバラミン合成経路には好気的な経路と嫌気的な経路の二種類、さらにサルベージする経

          kudoprev

          ９日目：論文読み雑記

          kudoprev

          8日目：論文読み雑記

          随分とサボってしまった。。。 とりあえずデータ報告終わりなので再開 11月末に外注する必要あり？ タイトルDiversity and Morphology of Members of the Phylum “Synergistetes” in Periodontal Health and Disease研究内容口腔病変におけるSynergistetes(現在はSynergistota)の多様性を調べ、健康な部位よりも歯周病の部位により関連していることを確立する。また、非培

          kudoprev

          8日目：論文読み雑記

          kudoprev

          ７日目：論文読み雑記

          検診ばっかりで時間ない。 本当に無駄な時間。 タイトルOral Biofilm Architecture on Natural Teeth研究内容これまでの研究では顕微鏡の発達により、形状から歯肉炎上プラークのコーンコブ構造や歯肉縁下プラークのテストチューブブラシ構造などを見ることができた。しかし、欠点は細菌種がわからないことであった。 今回の研究ではFISHハイブリダイゼーション技術を使用し、in vivoの歯肉縁上及び縁下プラークの口腔内細菌叢で重要なグループを識別し、

          kudoprev

          ７日目：論文読み雑記

          kudoprev

          ６日目：論文読み雑記

          午前中は臨床研究のお手伝いをあまり時間がなかった。 必要な情報が載った論文を読みたいが、なかなか探せない。 何かいい感じのタイトルをつけたい、、、 追記：今日は午後からは何か揉めたらしい。諸兄姉にはお互いにリスペクトを持って接していただきたいものだ。 さらに追記：書いたのはいいが投稿していなかった。 タイトルThe evolution and changing ecology of the African hominid oral microbiome 研究内容アフリカの

          kudoprev

          ６日目：論文読み雑記

          kudoprev

          五日目：論文読み雑記

          最近忙しくて論文を読む時間がない（言い訳だし、そういう人のため論文まとめフォーマットなのでは？） 臨床研究、in vitro、　データ解析と隙がないです😭 貧乏暇なしですな ＊追記：なんか論文のintroとdiscussionをまとめているだけになっている気がする。もっと他人に説明してわかりやすいように書かなければいけない。 タイトルDysbiosis and Alterations in Predicted Functions of the Subgingival Mic

          kudoprev

          五日目：論文読み雑記

          kudoprev

          ４日目

          昨日はダウンロードしたデータのチェックで手こずった。 どうでもいいことですが、パソコン音痴なもので、、、 md5sumでチェックするのは.md5ファイルなのね、、、 ずっとデータ本体をチェックしようとしていて何も進まなかった、、、 気を取り直して今日の論文です。 目新しさはいらない。伝わるように丁寧に書くように。 タイトルSelenomonas sputigena acts as a pathobiont mediating spatial structure and b

          kudoprev

          ４日目

          kudoprev

          三日目

          今日は午前中のうちに義務論文読みを消化。 教科書の通読も並行して行っているため、要点を押さえて早く読み切りたい。 今日の目標は読者にわかりやすく（いないと思うけど） タイトルSMDI: An Index for Measuring Subgingival Microbial Dysbiosis 研究内容歯肉縁下の細菌叢解析は革命的であったが、その結果は多様性の指数で表され、大規模な微生物プロファイルであり、さらに属及び種の長い羅列のリストで出されていたため、臨床的な応用

          kudoprev

          三日目

          kudoprev