Pythonではじめるバイオインフォマティクス ~環境構築~

背景

仕事でPythonを使う機会が増えた．以下の書籍を勉強して実力と給料を上げたい．

Pythonではじめるバイオインフォマティクス ―可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために

Python3.8.6もしくは3.9.1で動作確認済みらしい．手持ちのWindowsのWSL2上でconda createしたがなぜかKilledされたりgit cloneできなかったりで、いろいろめんどくさくなった．なのでDockerで環境構築してみる．

方法

WSL2を開いて以下を実行する．WSL2上にDockerを入れる方法は補足を参照．

# 適当に-vでホストマシンのdesktopなどをマウントしておく  でないと作業したものが消えてしまう
docker run -it --rm　-v  /mnt/c/Users/hoge/desktop:/desktop python:3.8.6-buster bash

# マウントしたディレクトリに移動
cd desktop

本書の通りにgit clone してみる．

git clone https://github.com/kyclark/biofx_python
ls biofx_python

ちゃんと必要なフォルダが入ったっぽい．
ただ、本書の通りにやるとpipをアップグレードしろと怒られたので、まずそっちをやる．
ついでに、仮想環境を作ってのちのちWarningがでるflake8とpytestも入れなおす．

/usr/local/bin/python -m pip install --upgrade pip
python -m venv myenv
source myenv/bin/activate
pip install pytest flake8

cd biofx_python
python3 -m pip install -r requirements.txt

あとは本書にそってコマンド打てばOK．

cp pylintrc ~/.pylintrc
cp mypy.ini ~/.mypy.ini
python3 -m pip install new-py

以上で環境構築おしまい．

補足

Docker環境の準備は以下のサイトを参考にした．

Windows＋WSL2でDocker環境を用意しよう - カゴヤのサーバー研究室