「何で、来ましたか？」「電車で来ました」・・・読み方は「なんで」？「なにで」？

ご質問

いつもお世話になっております。
今日の質問は

Ａ：「なんで　来ましたか。」
Ｂ：「電車で来ました。」

Ｃ：「なにで　来ましたか。」
Ｄ：「電車で来ました。」

Ｃの「なにで　来ましたか。」の方が、確かに　どうやって来ましたか　としてわかりやすいです。

しかし、「なん」と「なに」のシンプルな使い分けを覚える方法として、

「なん」→　た　だ　な　と助数詞
例）なんといいますか
例）なんで食べますか
例）なんの本を読んでいますか
例）何個買いましたか
等

「なに」→　上記以外
例）なにを食べますか
例）なにか質問はありますか
等

と、学生に指導しています。

「乗り物質問」になると、この方法から外れてしまいます。
この場合、上記　ＡとＣの会話の部分は、特別な使い方として指導に付け加えるがいいでしょうか。

よろしくお願いします。

ご返事

Ｃの「なにで　来ましたか。」の方が、確かにどうやって来ましたか　としてわかりやすいです。

この理由は