#ジャルジンスキー等式
クルックスの揺動定理からのベネット受容比法の導出
本記事では参考文献１を参考にして，クルックスの揺動定理（Crooks fluctuation theorem）と最尤法を用いてベネット受容比法（Bennett acceptance ratio method）を導出する手順を記します。
クルックスの揺動定理とは
クルックスの揺動定理は熱力学状態を変化させるために必要な仕事量と状態間の自由エネルギー差に関する関係式を与えます。
今，２つの熱力学状態
軌道アンサンブル平均からのクルックスの揺動定理の導出
生体分子シミュレーションの主題の１つとして高精度な自由エネルギー計算が挙げられます。分子シミュレーションによる自由エネルギー計算は，２つの要素「サンプリング手法」及び「サンプリングデータからの自由エネルギー値の予測」から構成されます。この「サンプリングデータからの自由エネルギー値の予測」する手法の１つであるベネット受容比法（Bennett acceptance ratio method）は多くの市
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自由エネルギー計算のslow-growth法とfast-growth法
平衡系の分子シミュレーションでは，状態間の自由エネルギー差を計算することが主なトピックの一つになります。様々な自由エネルギー計算手法が今日に至るまでに提案されていますが，論文を読んでいると良くお目にかかる「slow-growth法」と「fast-growth法」の内容や違いを説明したいと思います。
ジャルジンスキー等式
「slow-growth法」と「fast-growth法」の説明の前に，導入