腸内細菌叢と根部細菌叢の共通性

哉百名


Appl Environ Microbiol. 2013 Jan; 79(1)： 2-9. doi: 10.1128/AEM.02553-12
PMCID: PMC3536091PMID: 23104406
腸内細菌叢と根部細菌叢の共通性

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3536091/


Shamayim T. Ramírez-Puebla、Luis E. Servín-Garcidueñas、Berenice Jiménez-Marín、Luis M. Bolaños、Mónica Rosenblueth、Julio Martínez、Marco Antonio Rogel、Ernesto Ormeño-Orrillo、Esperanza Martínez-Romer責任著者
著者情報 著作権およびライセンス情報 PMC免責事項
移動する
ABSTRACT
動物の腸と植物の根は、栄養素の吸収に役割を持ち、栄養素やその他の物質の分解や修飾に関与する、大規模で複雑かつダイナミックな微生物群を保有することで収束する。腸内細菌と根細菌は宿主の遺伝子発現を制御し、代謝能力、必須栄養素、病原体からの防御を提供し、進化の傾向を共有しているようである。

次へ
はじめに
腸や根には、真核生物（17-20）だけでなく、多種多様な細菌（1-5）、古細菌（6-12）、ウイルス（13-16）が生息しており、その中には独自の細菌を含むものもある（21-24）。腸内細菌叢の変化は、年齢（25-28）、食餌（29-31）、または種（32）に対応している。ほとんどの昆虫の腸内には数十種の微生物が存在するが、哺乳類の腸内には数千種の微生物が存在することもある。草食動物が最も多様性を示す(32, 33)。その中には、おそらく植物に関連した細菌、特にエンドファイト(34)が含まれ、植物組織の内部に存在することで、胃の消化に耐えられる可能性がある。食餌を介した移行性細菌は、腸の代謝能力に寄与している可能性がある。土壌の種類、水分（35）、植物の遺伝子型（36）、年齢（37）、根の溶解物、分泌物、または滲出物（38）の違いは、根の微生物相を決定する要因である。無機栄養塩の利用可能性、温度、光強度、O2/CO2 レベル、または根の損傷など、根の滲出物を決定する因子は、間接的に根の微生物相に影響を与える可能性がある(39)。病原菌が存在すると、根や腸の微生物叢組成が変化する(40, 41)。

腸と根は表面積が広く、一部に微絨毛やひだや根毛がある。根も腸も構造化された非均質な生息環境で、pH、栄養、水、酸素の濃度差や勾配がある。勾配は、根や腸の一部の領域でより成功する、明確なバクテリアによるコロニー形成に有利であろう。その結果、根や腸に存在する複数のマイクロハビタットが、種の豊富さを高めている (42, 43)。ヒトの盲腸と遠位結腸では異なる条件が見られ、盲腸と結腸の微生物叢には通性嫌気性菌の割合が多い(44)。大腸粘膜のひだは、大腸の条件に適応した特殊な細菌を示し、ムチンの分解に適応しているのかもしれない(45)。昆虫の中には、中腸嚢やケカやクリプトと呼ばれる管状の出っ張りなど、腸内に特殊な構造を持ち、そこに特定の細菌が生息しているものもいる(46)。また、あまり複雑でない腸を持つ昆虫も、腸内にpHや酸素勾配を持っている(47)。水が飽和した根の嫌気性環境を含む急峻な酸素勾配は、腸の酸素勾配と嫌気性腸システムと類似している。クロストリジウム、特にルミノコッカス科の微生物は、他の嫌気性菌やメタン菌よりも多く、この傾向は異なる腸内系でも同様である(48)。これらの群集は、根の外層にある複雑な有機物の分解を担っている。腸内細菌や根の耐酸性細菌の中には、多様な酸を産生する際にpHを低下させて環境を改変するものもある（49, 50）。根に沿って、生理学的な違いがあり、それらの滲出液は頂端分裂組織、根冠、または根毛で異なって分泌され(42)、異なるマイクロハビタットを形成する。単一のバークホルデリア菌株が、バラバラの根の領域にのみコロニーを形成し(51)、異なるバークホルデリアが異なる土壌深度で発見された(37)。

「シロイヌナズナの根のマイクロバイオームは、哺乳類のマイクロバイオームを形成しているものと同様の、中核的な生態学的原理によって組み立てられている可能性がある。この原理では、中核的な門レベルの腸内細菌型が、宿主の遺伝子型に依存した適度なレベルの会合と組み合わさって、幅広い代謝能力を発揮する。メタコミュニティ理論は、腸内細菌群集の形成を説明するために使用されているように、根の微生物叢に適用することができる(52)。メタコミュニティ理論は、不連続なパッチと相互作用の概念に基づいており、根の細菌パッチ状コロニー形成を十分に説明することができる。今後、これらの概念が応用されれば、その有用性が明らかになるだろう。

驚くべきことに、腸内細菌組成(2, 53)や根の細菌組成(54)には個体差がある。個体差は遺伝的な違いや確率的なコロニー形成過程によるものかもしれない(52)。ヒトと昆虫の腸内細菌叢では、層別変動に関連した限定的なパターン（腸型）が区別されている（2, 55）が、ヒトの腸型が少数なのか、多様性の勾配があるのかは議論の余地がある（28）。植物では、根圏（植物の影響を受けた根を囲む土壌）や根から、同様の細菌属が繰り返し分離される(34, 56)。根では、機能分化を伴う根粒菌株の多様性が高い(57)。腸内ビフィズス菌の間でも、ビタミン産生における菌株の多様性が検出されている（文献58に総説あり）。同様に、乳酸菌（参考文献59に総説あり）は、部分的にプロバイオティックな性質を持つ不均一な細菌群であり、分子的特性や好適な自然生息地の点でかなりの変異がある。

いくつかの例外（下記参照）を除いて、腸内細菌叢は他の宿主器官のものとは異なっており、同様に、根の細菌叢も他の植物器官のものとは一部の細菌しか共有していない。

次へ
環境および母体からの獲得
根と腸の微生物は通常、環境から獲得される。根は、走化性によって引き寄せられ、根から根圏に分泌される栄養分によって濃縮されたバルク土壌微生物によってコロニー形成される。動物もまた、生まれた後に腸内細菌叢を環境から獲得する(60)。微生物が母から子へと垂直に移行する場合もある。植物の種子に含まれるエンドファイトは、その後根や根圏に定着することがある。トウモロコシの穀粒から発見されたEnterobacter asburiaeは、植物が定着した後、根から出て根圏に定着することができる(61)。他の種子細菌も同様である（54, 62）。動物もまた、生まれた後に母親から腸内細菌叢を獲得することができるが、マラリア媒介動物のように、共生細菌の父方伝播の例もある（63）。母性感染は出生前に起こることもある(64-66)。哺乳類が母乳で育つと、母乳中や母親の皮膚に存在する微生物を獲得する(67-69)。カメムシの幼虫の中には、汚染された卵から、あるいは共食いによって、あるいは孵化直後のカプセル媒介感染によって、母親の腸内細菌を獲得するものもいる（46）。根や腸内細菌の垂直伝播や環境伝播を考慮すると、選択された菌株の宿主への影響を明確に評価するためには、gnotobioticな動物や植物が必要である。

次へ
マイノリティの機能的冗長性と役割
微生物叢の構成が異なっていても、同じように安定した機能を発揮することがあるようだ。これは腸内細菌や根の細菌に当てはまる可能性があり、メタン生成リアクターにおいても同様であることが判明している(70)。様々な腸内細菌に同様の分解能力が見られる（文献71に総説あり）。根では、多くの異なる細菌属や種がホルモン、オーキシン、サイトカイニン、ジベレリンを産生する（文献56と72に総説あり）。我々の研究グループは、イネおよびアルファルファの根の滲出液中および最小培地での純粋培養の両方で、リボフラビンがMethylobacterium、Rhizobium、Sinorhizobium、Bacillusの数種類の異なる菌株によって産生され、排泄されることを見出した（未発表データ）。クロモバクテリウム・ヴィオラセウム（Chromobacterium violaceum）やパントエア・アグロメランス（Pantoea agglomerans）など、多種多様な細菌によるリボフラビンの試験管内排泄が先に報告されており（73）、リボフラビンとルミクローム（リボフラビン由来）の両方が根の呼吸を刺激する（74）。さらに、多くの異なる植物関連細菌が病原性真菌や細菌を抑制する（参考文献56を参照）。

微生物叢に存在する少数種は、宿主特有のニーズの一部をカバーするのに役立つ可能性がある。メタン生成菌、メチロトロフ菌、窒素固定菌は、根や根圏ではマイナーな構成要素である（11, 75-78）が、これらは生態学的に重要な役割を担っている。一部の根や内蔵では、窒素固定によって植物（79）や昆虫（80-82）に窒素を供給している。

次へ
腸内細菌と根細菌は宿主の代謝能力を高める
腸内細菌が糖加水分解酵素(83)や、タンニン(84)、コレステロール(85)、ムチン（腸内糖鎖タンパク質）(86)などの異化遺伝子を豊富に持つことは注目に値する。同様に、ポリフェノール、多糖類、プロトカテキレート、タンパク質を分解する能力、リン酸塩や風化岩を可溶化する能力(50, 54, 87, 88)は、さまざまな根圏細菌に共通している。ミモシン分解菌は、ミモシンを産生するミモザ科植物に見られ（89）、ルーメンにそのような細菌を持つ牛は、ミモシンを分解する能力がある（90）。アルギン酸分解菌は、日本ではアワビや藻類消費者のヒトの内蔵から見つかっている(91)。根粒菌の卓越した分解能力は、汚染物質のリゾレメディエーションの基礎となっており（92, 93）、ヒトの腸内での医療用医薬品の形質転換や分解においても証明されている（94-96）。興味深いことに、バイオレメディエーションにおいて、土壌汚染物質を分解するバクテリアの能力は、フラボノイドによって引き起こされる可能性がある(97)。

腸内細菌と根圏細菌は、前述のようにリボフラビンとしてビタミンを産生する。ビタミンB12は原核生物の排他的産物であり(98)、植物の根や腸内細菌によって生産される(99-102)。必須アミノ酸とビタミンBとKは腸内細菌によって生産される（文献58に総説あり）。常在細菌Acetobacter pomorum由来のアルコール脱水素酵素は、インスリンシグナルを介してショウジョウバエの発生と代謝の恒常性を調節する(103)。根の細菌は植物ホルモンを産生し、植物の成長に影響を及ぼすが（参考文献56に総説あり）、腸内細菌は動物の行動を制御しているようである（104, 105）。

こちらへ
腸内細菌と根部細菌は病原体と競合する
腸内細菌と根の微生物叢は病原菌を抑制する（参考文献56と106に総説あり）。根の細菌を人為的に制御することは、植物の成長と健康を促進し、農業に利益をもたらす方法として想定されている（93, 107）。農林業における細菌接種剤は、動物の健康にとってプロバイオティクス（サプリメントとして提供される有益な微生物）に相当すると考えられている。プロバイオティクスは、植物成長促進根粒菌がそうであるように、宿主の防御システムを刺激し、病原体の競争的排除を促す(108)。種子は、苗のためにプロバイオティクスの貯蔵庫を保有している可能性がある（54, 109）。プレバイオティクスは、ヒトに望ましい細菌を刺激するために使用される添加栄養素である（110）。プレバイオティクスは根によって発明されたとさえ推測できる。根の滲出液に含まれるいくつかの物質が、細菌の増殖を選択的に刺激するからである（89, 111, 112）。

100年以上もの間、接種剤は農耕地の植物に投与されてきたが、その成功はさまざまであった。最近では、植物の成長を促進するために、必ずしも好ましいとは言えない効果を持つ市販品が数多く登場している。同様に、プロバイオティクスやプレバイオティクスも、その効果がヒトのさまざまな集団で完全には評価されていないものが増えている。プロバイオティクスに対する腸内遺伝子の発現には個人差がある(113)。多くの場合、特定のプロバイオティクス菌株を用いた患者に臨床的効果が得られている(114)。

植物に関する経験から、プロバイオティクス（接種剤）の適切な使用と規制は難しいことがわかっている。脱窒能力などの好ましくない遺伝的特性が、接種菌株の間で確認されている(115)。プロバイオティクスとして使用される菌株は、腸内で有毒物質を産生する役割を持つと思われるグルコサミニダーゼ遺伝子やグルクロニダーゼ遺伝子を含んでいないことが望ましいが（参考文献116に総説あり）、これらの推奨事項は簡単には守られないかもしれない。

次へ
腸と根における同様の細菌-宿主相互作用
宿主における細菌の遺伝子発現の違い 細菌と植物の相互作用は長年研究されており、昆虫やヒトの腸内共生を解析するモデルとなりうる根粒菌と植物の分子ピンポンが知られている（参考文献1および117に総説あり）。根粒菌と植物の分子対話では、根からの滲出液分子と結合する根粒菌NodDレセプターが、nod遺伝子や分泌系を含むいくつかの遺伝子の発現を誘導する転写制御因子として機能する（総説は参考文献117および118）。分泌ポンプは、根からの滲出液に含まれるフラボノイドによって誘導されるが、NodD遺伝子を必要としない(119)。多くのABCトランスポーター系は、根からのそれぞれの基質または他の分子によって誘導される(111, 120)。
根では、細菌は根の環境に適応するための遺伝子発現の差を持っていると考えられている。根に定着する細菌では、根からの滲出液の利用、根への付着、生存に関与する遺伝子が誘導される(120, 121)。In vitro 発現技術（IVET）(122)、プロテオミクス解析、マイクロアレイおよびRNA Seqトランスクリプトミクス、遺伝子解析により、根粒菌（120, 121, 123）、シュードモナス（124, 125）、ストレプトマイセス（126）、およびその他の細菌遺伝子が根や根圏で発現していることが明らかになった。同様に、腸内細菌でも遺伝子の発現が異なる可能性がある。腸内細菌は、食事の脂肪を可溶化し、抗菌活性を持つ胆汁酸塩にさらされ(127)、細菌の遺伝子発現を制御する。多剤耐性型（MDR）の排出トランスポーターは、胆汁によってビフィズス菌で誘導された(128)。ビフィズス菌の遺伝子発現を制御する様々な胆汁物質が同定されている(129)。その他、ラクトバチルス・プランタラム（Lactobacillus plantarum）でも胆汁誘導性遺伝子が見つかっている（130）。最後に、ヒトの腸内細菌は胆汁酸塩を変化させる(131)。腸内細菌はまた、動物の生理学に重要な影響を及ぼす食事性フラボノイド(132)を変化させることができる。同様に、根においては、植物が産生するフラボノイドは細菌のシグナル分子であり(133)、in vitroでも細菌によって変換されるが、これはin vivoでは示されていない。植物フィトアレキシンは抗菌剤であり、根から滲出したフラボノイドによって誘導されるMDR排出ポンプによって、Rhizobium etli、Bradyrhizobium japonicum、Agrobacteriumから排出される(20, 119, 134)。

興味深いことに、腸内細菌や根の細菌は宿主の概日周期に従っている可能性がある。これは、イネの根で日中に多くの窒素を固定する窒素固定細菌で観察された(135)。上皮細胞の増殖、消化管運動、その他の腸内プロセスは生物学的リズムに従っている。消化管内には、時計の生体調節における重要なホルモンであるメラトニンが大量に存在する(136)。ビルマニシキヘビの微生物叢は、宿主の摂食と絶食のサイクルに反応する(137)。

微生物叢によって制御される宿主遺伝子発現。特に、腸内細菌と根の細菌は、それぞれ動物（138, 139）と植物（140）の宿主の遺伝子発現を変化させる。腸内遺伝子発現はまた、同様に腸内細菌遺伝子発現を修飾するプロバイオティクス(113)によっても修飾される(141)。腸内細菌バクテロイデス・テタイオタミクロンの存在下で発現する腸内遺伝子は、異種物質の異化、血管新生、腸管バリア上皮の維持、免疫の発達に関与しており(139)、宿主の分子応答が非常に複雑である(142)。
植物やヒトは、細菌が産生するアシルホモセリンラクトン（AHL）、様々な揮発性物質、微生物関連分子パターン（MAMPS）（72、143）、および現在知られていないその他の細菌分子を感知することができる。根の遺伝子発現は、病原性細菌または共生細菌のアシルホモセリンラクトンによって異なる修飾を受ける(144)。その結果、植物産物は細菌におけるクオラムセンシングシグナルのように作用する可能性がある(145)。近年、N-アシルホモセリンラクトンの特異的な制御役割が明らかになりつつある。根の表面にAHLを産生する細菌がコロニーを形成していると、植物は全身的な抵抗性応答やホルモン制御による成長応答を示すからである。また、動物／ヒトの系においても、グラム陰性で主に病原性細菌によって産生されるAHL化合物の特異的な認識が、腸系を含む多くの組織で見出され、免疫調節作用につながった(146)。植物では、根圏細菌によって誘導される根の遺伝子は、酸化応答や防御応答、植物の二次代謝、あるいはシグナル伝達に関与している(140)。植物は、オーキシン感知経路を通じて細菌のシクロペプチドを検出する可能性がある(147)。より特殊な共生では、根粒菌またはNod因子の存在下で、根細胞内でシグナル伝達プロセスのカスケードが起こる(148)。

微生物群の制御。抗菌ペプチドのレベルが上昇したショウジョウバエ変異体では、腸内細菌集団のバランスが制御されなくなり(149)、Commensalibacter intestini（正常な腸内に存在する酢酸菌）の数が減少し(150)、グルコノバクター・モルビファーの細胞数が増加して、腸細胞のアポトーシスと昆虫の早期死を引き起こした(149)。興味深いことに、C. intestiniは、正常な腸内細菌であるG. morbiferと拮抗するが、大量に存在すると有害な影響を及ぼす；したがって、C. intestiniは腸のホメオスタシスと宿主のフィットネスに貢献している(151)。同様に、根の微生物群の中には、他の植物群株や植物の抗菌剤によって低数に保たれていれば、通常は植物に影響を与えない植物病原性細菌が存在する。トウモロコシの抗菌剤ベンゾオキサジノンに対してより感受性が高いリポ多糖リゾビウム変異体は、根圏コロニー形成が減少していた(152)。抗菌ペプチドは自然免疫のエフェクターとして植物の防衛線を構成し、腸内細菌だけでなくメタン生成古細菌も制御している(153)。腸管免疫は細菌の組成を決定し、逆に細菌は腸管内の宿主免疫を調節する(154, 155)。腸や根の炭水化物結合タンパク質（レクチン）は細菌と結合し、凝集体を形成し、抗菌作用を持つ可能性がある(156, 157)。
細菌-宿主間の相互作用に加えて、細菌-細菌間の相互作用も、群集の構成とその機能を決定する可能性がある(158)。口の中で起こるもの（159）は、腸と根の共生の研究の指針となるかもしれない。根粒菌では、クォーラムセンシングの変異体が根圏コロニー形成に影響を与える(160)。アシルホモセリンラクトンは根圏細菌によって分解され、他の細菌の遺伝子発現を制御するクオラムシグナルに干渉を引き起こす可能性がある(161)。このことは、植物を病原体から守る役割を持つかもしれないが、相互作用にも影響を与える可能性がある。

次へ
進化経路
腸と根における横方向の遺伝子転移。根、根粒、および腸では、異なる細菌間での遺伝物質の側方移動が証明されており(2, 162, 163)、高密度集団での密接な接触によって促進されるようである。様々な腸内細菌属に類似の異化遺伝子や抗生物質耐性遺伝子が存在することは、側方遺伝子移入による獲得と説明されている(91)。デンプン異化遺伝子が腸から細菌に移されたことが示唆されている(164)。
腸内には細菌よりも多くのファージが存在し(13)、その一部は腸内細菌間の側方遺伝子転移に関与している可能性がある(165)。根粒菌やその他の根粒圏細菌では、プラスミドやゲノムアイランドの動員によって遺伝物質の側方移動が媒介されるが（54, 166）、ファージもその役割を担っている可能性がある。

根と腸内細菌からの特殊な共生細菌の進化。腸内細菌と昆虫の共生細菌の類似性から、腸内細菌が昆虫の共生細菌を生み出したと考えられている(167)。これと同様に、植物では根圏細菌が結節菌や内生菌に先行していた可能性がある(169)。昆虫内共生菌と根粒内共生菌は、細胞内の宿主特異的な構造を占め、決まった機能的役割を果たしながら数を増やす、選択された共生生物である。しかし、植物と昆虫に特化した共生体の伝達様式（参考文献46に総説あり）とそのゲノムサイズ（根粒菌のゲノムサイズは参考文献121と170に総説あり）は異なっている。
次へ
結論
植物と腸内微生物の生態系を比較することは、このような複雑な共生を理解するための研究の指針になるかもしれない。このテーマに関する文献は非常に膨大であるため、腸内細菌叢と根の微生物叢の共通性を説明するために用いた文献はわずかである。興味のある読者は最近の文献を参照されたい（171-175）。植物は "腸"（根）を外側に使っているため、動物の腸の研究に比べて研究が単純化される。腸内細菌叢と根の微生物叢は、それぞれの宿主の健康、発育、体力に大きな影響を与える。

次へ
謝辞
PAPIIT IN205412およびCONACyT 2249-5の助成に感謝する。

マイケル・ダン（Michael Dunn）氏には、本論文の批評的読解をお願いした。

謝辞
脚注
2012年10月26日発行

本文へ
参考文献

  1. Badri DV, Weir TL, van der Lelie D, Vivanco JM. 2009. 根圏の化学的対話：植物と微生物の相互作用。Curr. Opin. Biotechnol. 20:642-650 [PubMed] [Google Scholar].

  2. Dillon RJ, Dillon VM. 2004. 昆虫の腸内細菌：非病原性相互作用。Annu. 昆虫学（Entomol. 49:71-92 [PubMed] [Google Scholar] 3.

  3. 黒川和彦、伊藤寿晃、桑原利彦、大島和彦、陶弘毅、豊田章浩、高見秀樹、森田浩之、Sharma VK、Srivastava TP、Taylor TD、野口博之、森秀樹、小倉由美子、Ehrlich DS、伊藤寿晃、高木孝明、榊由美子、林哲也、服部正樹 2007. 比較メタゲノム解析により、ヒト腸内細菌叢に共通に濃縮される遺伝子セットが明らかになった。DNA Res. 14:169-181 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  4. Marchesi JR. 2010. ヒト腸内の原核生物と真核生物の多様性。(注1)この論文では、ヒトの腸内細菌の多様性を明らかにすることを目的としている。Appl. Microbiol. 72:43-62 [PubMed] [Google Scholar] 5.

  5. Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI. 2007. ヒトマイクロバイオームプロジェクト。Nature 449:804-810 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  6. Donovan SE, Purdy KJ, Kane MD, Eggleton P. 2004. 土壌を食害するシロアリ Cubitermes fungifaber の腸内および食土中の Euryarchaea 菌株を異なる土壌タイプで比較した。Appl. Environ. Microbiol. 70:3884-3892 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  7. Fricke WF, Seedorf H, Henne A, Krüer M, Liesegang H, Hedderich R, Gottschalk G, Thauer RK. 2006. Methanosphaera stadtmanaeのゲノム配列から、このヒト腸内古細菌がメタン生成とATP合成をメタノールとH2に限定している理由が明らかになった。J. Bacteriol. 188:642-658 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar] 8.

  8. Friedrich MW, Scmitt-Wagner D, Leuders T, Brune A. 2001. このような環境下でのシロアリの生態系は、シロアリの生態系に大きな影響を与える可能性がある。Appl. Environ. Microbiol. 67:4880-4890 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  9. 原邦彦、新里直樹、瀬尾正明、大島俊彦、山岸明彦、2002. ゴキブリ腸内共生古細菌の系統解析. Microbes Environ. 17:185-190 [Google Scholar].

  10. Horz HP, Conrads G. 2010. The discussion goes on: What is the role of Euryarchaeota in humans? Archaea 2010:967271. [PMCフリー記事] [PubMed] [Google Scholar].

  11. Jarrell KF, Walters AD, Bochiwal C, Borgia JM, Dickinson T, Chong JP. 2011. 微生物ステージの主役たち：古細菌が重要な理由。Microbiology 157:919-936 [PubMed] [Google Scholar].

  12. Simon HM, Dodsworth JA, Goodman RM. 2000. Crenarchaeota colonize terrestrial plant roots. Environ. Microbiol. 2:495-505 [PubMed] [Google Scholar].

  13. (1)植物の根を形成するクレナルカエオータ。2012. ヒト腸内ビロームの超可変遺伝子座。Proc. Natl. Acad. ヒトの腸内ウイルソームにおける超可変遺伝子座を明らかにした。

  14. また、このような研究により、腸内細菌が腸内細菌叢の中でどのような役割を果たしているのかを明らかにすることができた。2011. ヒトの腸内ビローム：個体間変動と食事に対する動的反応。ヒトの腸内ビローム：個体間変動と食事への動的応答.

  15. レイズ A、ヘインズ M、ハンソン N、アングリー FE、ヒース AC、ローワー F、ゴードン JI。2010. 一卵性双生児とその母親の糞便微生物叢に含まれるウイルス。ネイチャー 466:334-338 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  16. Swanson MM, Fraser G, Daniell TJ, Torrance L, Gregory PJ, Taliansky M. 2009. 土壌中のウイルス：根圏における形態学的多様性と存在量。Ann. 155:51-60 [Google Scholar].

  17. Nam YD, Chang HW, Kim KH, Roh SW, Kim MS, Jung MJ, Lee SW, Kim JY, Yoon JH, Bae JW. 2008. 韓国人の腸内における細菌、古細菌、真核生物の多様性。J. Microbiol. 46:491-501 [PubMed] [Google Scholar].

  18. また、腸内細菌は、腸内細菌が増殖することにより、腸内細菌が増殖することにより、腸内細菌が増殖することにより、腸内細菌が増殖することにより、腸内細菌が増殖することにより、腸内細菌が増殖することにより、腸内細菌が増殖する。2012. ヒト乳幼児とその母親の糞便真核微生物叢の分子タイピング。J. Biosci. 37:221-226 [PubMed] [Google Scholar].

  19. Parfrey LW, Walters WA, Knight R. 2011. ヒトマイクロバイオームにおける微生物真核生物：生態学、進化、および将来の方向性。Front. Microbiol. 2:153. [PMCフリー記事] [PubMed] [Google Scholar].

  20. Parniske M. 2008. アーバスキュラー菌根：植物根内共生の母。Nat. Rev. Microbiol. 6:763-775 [PubMed] [Google Scholar].

  21. Bertaux J, Schmid M, Chemidlin Prevost-Boure N, Churin JL, Hartmann A, Garbaye J, Frey-Klett P. 2003. 外生菌根菌Laccaria bicolor S238Nの菌糸体内におけるPaenibacillus属に関連する細胞内細菌のin situ同定。Appl. Environ. Microbiol. 69:4243-4248 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  22. Bianciotto V, Lumini E, Bonfante P, Vandamme P. 2003. 麹菌の菌根菌内共生細菌であるグロメリバクター・ギガスポララム（Candidatus Glomeribacter gigasporarum）属の新種。Int. J. Syst. を発見した。53:121-124 [PubMed] [Google Scholar].

  23. Scheublin TR, Sanders IR, Keel C, van der Meer JR. 2010. 胞子根菌の菌糸表面にコロニーを形成する微生物群集の特性。ISME J. 4:752-763 [PubMed] [Google Scholar].

  24. Stingl U, Radek R, Yang H, Brune A. 2005. 「Endomicrobia": Cytoplasmic symbionts of termite gut protozoa form a separate phylum of prokaryotes. Appl. Environ. Microbiol. 71:1473-1479 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  25. Biagi E, Candela M, Fairweather-Tait S, Franceschi C, Brigidi P. 2012. ヒトのメタオーガニズムの老化：微生物の対応。年齢34:247-267 [PMCフリー記事] [PubMed] [Google Scholar] 。

  26. Mihajlovski A, Doré J, Levenez F, Alric M, Brugère JF. 2010. ヒト腸内メタン生成古細菌叢の分子評価から、加齢に伴う多様性の増加が明らかになった。Environ. Microbiol. 2:272-280 [PubMed] [Google Scholar].

  27. Tiihonen K, Ouwehand AC, Rautonen N. 2010. ヒトの腸内細菌叢と健康的な加齢。Ageing Res. Rev. 9:107-116 [PubMed] [Google Scholar].

  28. Yatsunenko T, Rey FE, Manary MJ, Trehan I, Dominguez-Bello MG, Contreras M, Magris M, Hidalgo G, Baldassano RN, Anokhin AP, Heath AC, Warner B, Reeder J, Kuczynski J, Caporaso JG, Lozupone CA, Lauber C, Clemente JC, Knights D, Knight R, Gordon JI. 2012. ヒトの腸内細菌叢は、年齢や地理的条件によって異なる。Nature 486:222-227 [PMCフリーペーパー] [PubMed] [Google Scholar].

  29. Muegge BD, Kuczynski J, Knights D, Clemente JC, González A, Fontana L, Henrissat B, Knight R, Gordon JI. 2011. 腸内細菌叢の機能は、哺乳類の系統間およびヒト内において、食事によって収束する。科学332:970-974 [PMCフリーペーパー] [PubMed] [Google Scholar].

  30. ターンボーPJ、リダウラVK、フェイスJJ、レイFE、ナイトR、ゴードンJI。2009. ヒト腸内細菌叢に対する食事の影響：ヒト化グノトビオティックマウスにおけるメタゲノム解析。Sci. Transl. Med. 1:6ra14 doi:10.1126/scitranslmed.3000322 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  31. Hooper LV, Midtvedt T, Gordon JI. 2002. 宿主と微生物の相互作用はどのように哺乳類の腸の栄養環境を形成するか。Annu. Nutr.22:283-307[PubMed][Googleスカラー] 32。

  32. レイRE、ハマディM、Lozupone C、ターンボーPJ、レイミーRR、バーチャーJS、シュレーゲルML、タッカーTA、シュレンツェルMD、ナイトR、ゴードンJI。2008. 哺乳類とその腸内微生物の進化。科学320:1647-1651 [PMCフリー記事] [PubMed] [Google Scholar] 。

  33. ホン・パイ（Hong PY）、ウィーラー・イー（Wheeler E）、キャン・イーコー（Cann IKO）、マッキー・リー（Mackie RI）。2011. ガラパゴス諸島の草食性陸生および海生イグアナにおける糞便微生物群集の系統解析（16S rRNAベースのパイロシーケンスを用いて）。(1)ガラパゴス諸島の草食性陸棲および海生イグアナの糞便微生物群集を16S rRNAベースのパイシーケンサーを用いて系統解析した。

  34. Rosenblueth M, Martínez-Romero E. 2006. 細菌エンドファイトと宿主との相互作用。Mol. Plant Microbe Interact. 19:827-837 [PubMed] [Google Scholar].

  35. Lundberg DS, Lebeis SL, Paredes SH, Yourstone S, Gehring J, Malfatti S, Tremblay J, Engelbrektson A, Kunin V, del Rio TG, Edgar RC, Eickhorst T, Ley RE, Hugenholtz P, Tringe SG, Dangl JL. 2012. シロイヌナズナの根のマイクロバイオームの中核を定義。Nature 488:86-90 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  36. Hartmann A, Schmid M, van Tuinen D, Berg G. 2009. Plant-driven selection of microbes. Plant Soil 321:235-257 [Google Scholar].

  37. Chiarini L, Giovannelli V, Bevivino A, Dalmastri C, Tabacchioni S. 2000. トウモロコシの根系の異なる部分が、異なる遺伝的多型度を持つバークホルデリア・セパシアの集団を宿主とする。Environ. Microbiol. 2:111-118 [PubMed] [Google Scholar].

  38. Doornbos RF, van Loon LC, Bakker PAHM. 根の滲出液と植物防御シグナルが根圏の細菌群集に与える影響。A review. Agron. Sustain. Dev. 32:227-243 [Google Scholar].

  39. Rovira AD. 1969. 植物の根からの滲出液。Bot. Rev. 35:35-57 [Google Scholar].

  40. Chow J, Lee SM, Shen Y, Khosravi A, Mazmanian SK. 2010. 健康と病気における宿主-細菌共生。Adv. Immunol. 107:243-274 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  41. Raaijmakers JM, Paulitz TC, Steinberg C, Alabouvette C, Moenne-Loccoz Y. 2009. Rhizosphere: a playground and battlefield for soilborne pathogens and beneficial microorganisms. Plant Soil 321:341-361 [Google Scholar].

  42. Bertin C, Yang X, Weston LA. 2003. 根圏における根面滲出物とアレロケミカルの役割。Plant Soil 256:67-83 [Google Scholar].

  43. Turroni F, Marchesi JR, Foroni E, Gueimonde M, Shanahan F, Margolles A, van Sinderen D, Ventura M. 2009. ヒト遠位腸フリーにおけるビフィズス菌集団の微生物学的解析。ISME J. 3:745-751 [PubMed] [Google Scholar].

  44. Marteau P, Pochart P, Doré J, Béra-Maillet C, Bernalier A, Corthier G. 2001. ヒトの糞便微生物叢内の細菌群の比較研究。Appl. Microbiol. 67:4939-4942 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  45. Nava GM, Friedrichsen HJ, Stappenbeck TS. 2011. マウス上行結腸における腸内細菌叢の空間的組織化。ISME J. 5:627-638 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  46. 菊池靖彦、細川哲也、深津武彦 2008. カメムシ類における細菌共生の多様性, p 39-63 In Dijk TV. (ed), Microbial Ecology Research Trends. Nova Science Publishers Inc., New York, NY [Google Scholar].

  47. Brune A, Emerson D, Breznak JA. 1995. The termite gut microflora as an oxygen sink-microelectrode determination of oxygen and pH gradients in guts of lower and higher termites. Appl. Environ. Microbiol. 61:2681-2687 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  48. Timmers RA, Rothballer M, Strik DP, Engel M, Schulz S, Schloter M, Hartmann A, Hamelers B, Buisman C. 2012. Glyceria maxima植物微生物燃料電池の性能を解明する微生物群集構造。Appl. Microbiol. Biotechnol. 94:537-548 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  49. 浅原利彦、清水和彦、野本和彦、濱端哲也、小沢明彦、武田雄一 2004. プロバイオティック・ビフィズス菌は志賀毒素産生性大腸菌O157:H7による致死的感染からマウスを守る。Infect. Immun. 72:2240-2247 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  50. Rodriguez H, Gonzalez T, Goire I, Bashan Y. 2004. Naturwissenschaften 91:552-555 [PubMed] [Google Scholar] 植物成長促進細菌Azospirillum属によるグルコン酸生産とリン酸可溶化。

  51. Sharma S, Sharma S, Singh RK, Vaishampayan A. 2008. 緑色蛍光タンパク質レポーターを用いて可視化したオリザ・サティバの根内部におけるバークホルデリア・セパシア細菌のコロニー化挙動。World J. Microbiol. Biotechnol. 24:1169-1175 [Google Scholar].

  52. Costello EK, Stagaman K, Dethlefsen L, Bohannan BJM, Relman DA. 2012. ヒトマイクロバイオームの理解に向けた生態学的理論の応用。科学336:1255-1262 [PMCフリー記事] [PubMed] [Google Scholar].

  53. Eckburg PB, Bik EM, Bernstein CN, Purdom E, Dethlefsen L, Sargent M, Gill SR, Nelson KE, Relman DA. 2005. ヒト腸内細菌叢の多様性。Science 308:1635-1638 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  54. López-López A, Rogel MA, Ormeño-Orrillo E, Martínez-Romero J, Martínez-Romero E. 2010. Rhizobium endophyticum sp.nov.などの新規細菌種を含むPhaseolus vulgaris種子内生植物群。Syst. Appl. 33:322-327 [PubMed] [Google Scholar].

  55. Levenez F, Manichanh C, Nielsen HB, Nielsen T, Pons N, Poulain J, Qin J, Sicheritz-Ponten T, Tims S, Torrents D, Ugarte E, Zoetendal EG, Wang J, Guarner F, Pedersen O, de Vos WM, Brunak S, Doré J, Weissenbach J, Ehrlich SD, Bork P. 2011. ヒト腸内細菌叢の腸型。Nature 473:174-180 [PMCフリーペーパー] [PubMed] [Google Scholar].

  56. Friesen ML, Porter SS, Stark SC, von Wettberg EJ, Sachs JL, Martinez-Romero E. 2011. Microbially mediated plant functional traits. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst. 42:23-46 [Google Scholar].

  57. Rosenblueth M, Martínez-Romero E. 2004. Rhizobium etli endophytic population and their competitiveness for root maize colonization. Arch. Microbiol. 181:337-344 [PubMed] [Google Scholar].

  58. Macfarlane S, Macfarlane GT. 2003. 食品と大腸、p 24-51でフラーR、Perdigon G.（編）、腸内細菌叢、栄養、免疫と健康、ブラックウェル出版、オックスフォード、イギリス[Google Scholar] [Google Scholar] 。

  59. Kleerebezem M, Hols P, Bernard E, Rolain T, Zhou M, Siezen RJ, Bron PA. 2010. 乳酸菌の細胞外生物学。FEMS Microbiol. 34:199-230【PubMed】【Google Scholar】。

  60. 菊池靖彦、細川哲也、深津智彦 2011. (1)哺乳類と昆虫の共生機構,(2)哺乳類と昆虫の共生機構,(3)昆虫と昆虫の共生機構,(4)昆虫と昆虫の共生機構. (1)哺乳類と哺乳動物との共生機構,(2)哺乳類と哺乳動物との共生機構,(3)哺乳類と哺乳動物との共生機構.

  61. Johnston-Monje D, Raizada MN. 2011. (1)植物に含まれる種子内生菌の多様性と保全(2)植物に含まれる種子内生菌の多様性と保全(3)植物に含まれる種子内生菌の多様性と保全. PLoS One 6:e20396 doi:10.1371/journal.pone.0020396 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  62. Pereira P, Ibánez F, Rosenblueth M, Etcheverry M, Martínez-Romero E. 2011. トウモロコシ（Zea mays L.）の根に関連する細菌多様性の培養依存および培養非依存法による解析。ISRN Ecol. 2011:938546 doi:10.5402/2011/938546 [Google Scholar].

  63. Damiani C, Ricci I, Crotti E, Rossi P, Rizzi A, Scuppa P, Esposito F, Bandi C, Daffonchio D, Favia G. 2008. マラリア媒介動物における共生細菌の父方伝播。Curr. 生物18:R1087-R1088 [PubMed] [Google Scholar].

  64. Jiménez E, Fernández L, Marín ML, Martín R, Odriozola JM, Nueno-Palop C, Narbad A, Olivares M, Xaus J, Rodríguez JM. 2005. 帝王切開で生まれた健康な新生児の臍帯血からの常在菌の分離。Curr. Microbiol. 51:270-274 [PubMed] [Google Scholar].

  65. Jiménez E, Marín ML, Martín R, Odriozola JM, Olivares M, Xaus J, Fernández L, Rodríguez JM. 2008. 健康な新生児の糞便は実は無菌なのか？Res. Microbiol. 159:187-193 [PubMed] [Google Scholar].

  66. Mshvildadze M, Neu J, Shuster J, Theriaque D, Li N, Mai V. 2010. 未熟児の腸内微生物生態を非培養ベースの手法で評価。J. Pediatr. 156:20-25 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  67. Hunt KM, Foster JA, Forney LJ, Schütte UM, Beck DL, Abdo Z, Fox LK, Williams JE, McGuire MK, McGuire MA. 2011. ヒト乳汁中の細菌群集の多様性と時間的安定性の特性化。PLoS One 6:e21313 doi:10.1371/journal.pone.0021313 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  68. Martin R, Jiménez E, Heilig H, Fernandez L, Marín ML, Zoetendal EG, Rodriguez JM. 2009. 母乳からのビフィズス菌の分離と、PCR変性勾配ゲル電気泳動および定量的リアルタイムPCRによるビフィズス菌集団の評価。Appl. Environ. Microbiol. 75:965-969 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  69. マルティンR、ランガS、レビリエゴC、ヒメネスE、マリーンML、ザウスJ、フェルナンデスL、ロドリゲスJM。2003. 母乳は乳児の腸内乳酸菌の供給源である。J.小児科143:754-758 [PubMed] [Google Scholar] 。

  70. Fernández A, Huang S, Seston S, Xing J, Hickey R, Criddle C, Tiedje J. 1999. 安定とは何か？機能対群集構成。Appl. Environ. Microbiol. 65:3697-3704 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  71. Pérez-Chaia AP, Oliver G. 2003. Intestinal microflora and metabolic activity, p 77-98 In Fuller R, Perdiǵ G. (ed), Gut flora, nutrition, immunity and health. Blackwell Publishing, Oxford, United Kingdom [Google Scholar].

  72. Ortíz-Castro R, Contreras-Cornejo HA, Macías-Rodríguez L, López-Bucio J. 2009. 植物の成長と発達における微生物シグナルの役割。Plant Signal Behav. 4:701-712 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  73. Phillips DA, Martínez-Romero E, Yang GP, Joseph JM. 2000. 窒素の放出：農学的に有用な窒素固定を行う細菌内生物を選択する際の重要な形質, p 205-217 In Ladha JK, Reddy PM. (ed), The quest for nitrogen fixation in rice. IRRI, Manila, Philippines [Google Scholar].

  74. Phillips DA, Joseph CM, Yang GP, Martinez-Romero E, Sanborn JR, Volpin H. 1999. アルファルファの根の呼吸とシュートの成長を促進するシノリゾビウムとしてのルミクロームの同定。Proc. Natl. Acad. (注)本論文は、本論文の一部であり、本論文の一部ではありません。

  75. Gibson GR, Cummings JH, Macfarlane GT. 1988. ヒト腸内細菌の混合集団による異化性硫酸還元およびメタン生成に対するムチンの影響を研究するための3段階連続培養システムの使用。Appl. Environ. Microbiol. 54:2750-2755 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  76. 1983年。窒素固定細菌Enterobacter cloacaeとKlebsiella planticolaの分離と同定。Can. J. Microbiol. 29:1301-1308 [Google Scholar].

  77. Madhaiyan M, Poonguzhali S, Kwon SW, Sa TM. 2009. Methylophilus rhizosphaerae sp. nov., a restricted facultative methylotroph from rice rhizosphere soil. Int. J. Syst. 微生物進化学（Int. 59:2904-2908 [PubMed] [Google Scholar].

  78. St-Pierre B, Wright AD. 27 April 2012, posting date 草食動物における腸内メタン生成菌の多様性. Animal. http://dx.doi.org/10.1017/S1751731112000912 [PubMed］

  79. 哺乳動物における腸内メタン生成菌の多様性。原核生物、第1巻、共生生物、バイオテクノロジー。共生生物、バイオテクノロジー、応用微生物学、第4版、出版中 Springer, New York, NY [Google Scholar].

  80. Behar A, Yuval B, Jurkevitch E. 2005. ミバエCeratitis capitataの自然個体群における腸内細菌を介した窒素固定。Mol. Ecol. 14:2637-2643 [PubMed] [Google Scholar].

  81. 2012年。(1)シロアリ類における窒素固定群集を形成する腸内鞭毛虫のバクテロイデス外共生生物. また、そのような生態系を維持するために、シロアリの生態系を研究することも重要である。

  82. 大熊雅之 2008. シロアリ腸内における鞭毛虫と原核生物の共生. トレンド微生物学. 16:345-352 [PubMed] [Google Scholar].

  83. 鞭毛虫と原核生物の共生。2008. 腸内細菌による多糖類利用：ゲノム解析による新たな知見の可能性。Nat. 微生物学（Rev. Microbiol. 6:121-131 [PubMed] [Google Scholar].

  84. 大澤玲子、黒磯和彦、後藤慎一郎、清水彰一郎、2000. ヒトおよび発酵食品からのタンニン分解乳酸菌の分離. Appl. Environ. Microbiol. 66:3093-3097 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  85. Gérard P, Lepercq P, Leclerc M, Gavini F, Raibaud P, Juste C. 2007. ヒトの糞便から初めて分離されたコレステロール還元菌Bacteroides sp. Appl. Microbiol. 73:5742-5749 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  86. Derrien M, Collado MC, Ben-Amor K, Salminen S, de Vos WM. 2008. ムチン分解菌Akkermansia muciniphilaはヒト腸管に多く生息する。Appl. Microbiol. 74:1646-1648 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  87. Calvaruso C, Turpault MP, Frey-Klett P. 2006. 根関連細菌は樹木のミネラル風化とミネラル栄養に寄与する：予算分析。Appl. Environ. Microbiol. 72:1258-1266 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  88. Puente ME, Bashan Y, Li CY, Lebsky VK. 2004. 岩石耐候性砂漠植物の根面における微生物集団と活動。I. Root colonization and weathering of igneous rocks. Plant Biol. 6:629-642 [PubMed] [Google Scholar].

  89. ソエダージョ M, ヘムシャイト TK, ボルタカー D. 1994. マメ科樹木（Leucaena spp.）に存在する毒素であるミモシンは、いくつかの Rhizobium 株にミモシン分解酵素活性を誘導する。環境微生物学（Appl. Microbiol. 60:4268-4272 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  90. アリソン MJ、ハモンド AC、ジョーンズ RJ. 1990. ミモシンから生成される有毒なジヒドロキシピリジン化合物を分解するルーミナル細菌の検出。Appl. Environ. Microbiol. 56:590-594 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  91. Thomas F, Barbeyron T, Tonon T, Génicot S, Czjzek M, Michel G. 2012. 海洋細菌における最初のアルギン酸分解オペロンの特性：海洋フラボバクテリアにおける出現から、海洋プロテオバクテリアおよびヒト腸内バクテロイデスへの独立した移行まで。Environ. Microbiol. 14:2379-2394 [PubMed] [Google Scholar].

  92. Kuiper I, Lagendijk EL, Bloemberg GV, Lugtenberg BJ. 2004. Rhizoremediation：有益な植物と微生物の相互作用。Mol. Plant Microbe Interact. 17:6-15 [PubMed] [Google Scholar].

  93. Lugtenberg BJ, Kravchenko LV, Simons M. 1999. トマトの種子および根の滲出糖：組成、シュードモナス生物防除菌株による利用および根圏コロニー形成における役割。Environ. Microbiol. 1:439-446 [PubMed] [Google Scholar].

  94. Haiser HJ, Turnbaugh PJ. 2012. メタゲノムに基づく治療法の時代が来たか？Science 336:1253-1255 [PubMed] [Google Scholar].

  95. Mikov M. 1994. 腸内細菌叢による薬物の代謝。Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinet. 19:201-207 [PubMed] [Google Scholar].

  96. Sousa T, Paterson R, Moore V, Carlsson A, Abrahamsson B, Basit AW. 2008. 薬剤の生体内変換の場としての消化管微生物叢。Int. J. Pharm. 363:1-25 [PubMed] [Google Scholar].

  97. Pham TT, Tu Y, Sylvestre M. 2012. Pandoraea pnomenusa B356 biphenyl dixygenase の単純なフラボノイドを代謝する驚くべき能力。Appl. Environ. Microbiol. 78:3560-3570 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  98. (1)フラボノイドの代謝に関与するジオキシゲナーゼ。2003. 原核生物におけるビタミンB12の代謝と制御の比較ゲノム科学。J. Biol. Chem. 278:41148-41159 [PubMed] [Google Scholar].

  99. Albert MJ, Mathan VI, Baker SJ. 1980. ヒト小腸細菌によるビタミンB12の合成。Nature 283:781-782 [PubMed] [Google Scholar].

  100. Campbell GR, Taga ME, Mistry K, Lloret J, Anderson PJ, Roth JR, Walker GC. 2006. B12の下位リガンドである5,6-ジメチルベンズイミダゾールの生産にはSinorhizobium melilotiのbluBが必要である。Proc. Natl. Acad. 麹菌の培養に必要なB12リガンドを明らかにした。

  101. 森田浩之、藤浩志、福田修一、堀川博之、大島和彦、鈴木俊彦、村上雅彦、久松修一、加藤祐一、滝沢俊彦、福岡裕之、吉村俊一、伊藤和彦、O'Sullivan D、McKay L、大野裕之、菊池淳、正岡達男、服部正明、2008. ラクトバチルス・ロイテリ（Lactobacillus reuteri）とラクトバチルス・ファーメンタム（Lactobacillus fermentum）の比較ゲノム解析から、ロイテリンとコバラミン産生のためのゲノムアイランドが明らかになった。DNA Res. 15:151-161 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  102. Ramotar K, Conly JM, Chubb H, Louie TJ. 1984. 腸内嫌気性菌によるメナキノンの産生。J. Infect. Infect. 150:213-218 [PubMed] [Google Scholar].

  103. (1)腸内嫌気性菌によるメナキノンの産生,(2)腸内嫌気性菌によるメナキノンの産生,(3)腸内嫌気性菌によるメナキノンの産生. 2011. Drosophila microbiome modulates hostal developmental and metabolic homeostasis via insulin signaling. 科学334:670-674 [PubMed] [Google Scholar].

  104. Bercik P, Denou E, Collins J, Jackson W, Lu J, Jury J, Deng Y, Blennerhasset P, Macri J, McCoy K, Verdu EF, Collins SM. 2011. 腸内細菌叢は脳由来神経刺激因子の中枢レベルとマウスの行動に影響する。Gastroenterology 141:599-609 [PubMed] [Google Scholar].

  105. Díaz Heijtz RD, Wang S, Anuar F, Qiuan Y, Björkholm B, Samuelsson A, Hibberd ML, Frossberg H, Pettersson S. 2011. 正常な腸内細菌叢は、脳の発達と行動を調節する。Proc. Natl. Acad. PMCフリー記事] [PubMed] [Google Scholar].

  106. Kane M, Case LK, Kopaskie K, Kozlova A, MacDearmid C, Chervonsky AV, Golovkina TV. 2011. レトロウイルスの伝播が成功するかどうかは、常在細菌叢に依存する。科学 334:245-249 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  107. Jung SC, Martínez-Medina A, López-Raez JA, Pozo MJ. 2012. Mycorrhiza-induced resistance and priming of plant defenses. J. Chem. Ecol. 38:651-664 [PubMed] [Google Scholar].

  108. Saxelin M, Tynkkynen S, Mattila-Sandholm T, de Vos WM. 2005. プロバイオティクスと他の機能性微生物：市場からメカニズムへ。Curr. 意見。Biotechnol. 16:204-211 [PubMed] [Google Scholar].

  109. Puente ME, Li CY, Bashan Y. 2009. サボテンにおける岩石分解内生菌。Environ. Exp. Bot. 66:389-401 [Google Scholar].

  110. Gibson GR, Rastall RA, Fuller R. 2003. The health benefits of probiotics and prebiotics, p 52-76 In Fuller R, Perdiǵ G. (ed), Gut flora, nutrition, immunity and health. Blackwell Publishing, Oxford, United Kingdom [Google Scholar].

  111. Rosenblueth M, Hynes MF, Martínez-Romero E. 1998. Rhizobium tropici teu遺伝子がPhaseolus vulgaris豆滲出物の特異的取り込みに関与。Mol. Gen. Genet. 258:587-598 [PubMed] [Google Scholar].

  112. このような研究は、"萌芽 "と "生育 "という2つの側面から、"萌芽 "と "生育 "という2つの側面から行われている。Rhizobium meliloti 41のプラスミドがCalystegium sepiumの根滲出液から2つの化合物を異化することをコードする。J. Bacteriol. 170:1153-1161 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  113. van Baarlen P, Troost F, van der Meer C, Hooiveld G, Boekschoten M, Brummer RJM, Kleerebezem M. 2011. 3種類の乳酸菌に対するヒト粘膜のin vivoトランスクリプトーム応答から、プロバイオティクスがヒトの細胞経路をどのように調節する可能性があるかが示された。Proc. Natl. Acad. PMCフリー論文] [PubMed] [Google Scholar].

  114. Floch MH, Walker WA. 2008. プロバイオティクスの臨床使用の進歩。J. Clin. Gastroenterol. 42:S45. [PubMed] [Google Scholar].

  115. Zimmer W, Stephan MP, Bothe H. 1984. Azospirillum brasilense Sp 7 による脱窒。Arch. Microbiol. 138:206-211 [Google Scholar].

  116. Delgado S, O'Sullivan E, Fitzgerald G, Mayo B. 2008. ヒト腸内ビフィズス菌種のプロバイオティクス特性のin vitro評価と新規プロバイオティクス候補の選択。J. Appl. 104:1119-1127 [PubMed] [Google Scholar].

  117. Peix A, Velázquez E, Silva LR, Mateos PF. 2010. 根粒菌-マメ科植物共生における有益な感染プロセスに関与する主要分子, p 55-80 In Khan MH, Zaidi A, Musarrat J. (ed), Microbes for Legume Improvement. Springer, Vienna, Austria [Google Scholar].

  118. Downie JA. 2010. 根粒菌とマメ科植物の根との相互作用における細胞外タンパク質、多糖類およびシグナルの役割。FEMS Microbiol. 34:150-170 [PubMed] [Google Scholar].

  119. González-Pasayo R, Martínez-Romero E. 2000. 麹菌CFN42の多耐性遺伝子。Mol. Plant Microbe Interact. 13:572-577 [PubMed] [Google Scholar].

  120. (1)麹菌の麹菌に対する耐性遺伝子。2011. (1)エンドウ、アルファルファ、テンサイの根圏に対するRhizobium leguminosarumの適応を比較トランスクリプトミクスで調べた。ゲノム生物学12:R106. (注)本論文は、本論文の一部である。

  121. 根粒菌の染色体外レプリコンの可変性、安定性、自然ニッチにおける発現。Plasmid 68:149-158 [PubMed] [Google Scholar].

  122. Ramos-González MI, Campos MJ, Ramos JL. 2005. トウモロコシ根圏における Pseudomonas putida KT2440 遺伝子発現の解析：in vitro 発現技術による捕捉と根活性化プロモーターの同定。J. Bacteriol. 187:4033-4041 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  123. 根粒菌のトランスクリプトーム解析。また、このような研究成果をもとに、植物と共生している根粒菌のトランスクリプトーム解析も行っている。J. Bacteriol. 191:4002-4014 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  124. Espinosa-Urgel M, Ramos JL. 2001. リジン異化に関与するPseudomonas putidaアミノ基転移酵素の発現は根圏で誘導される。Appl. Environ. Microbiol. 67:5219-5224 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  125. キム・YC、ミラー CD、アンダーソン AJ. 2000. Pseudomonas putidaのスーパーオキシドジスムターゼ活性は、糖の利用と根の表面での生育に影響する。Appl. Environ. Microbiol. 66:1460-1467 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  126. Langlois P, Bourassa S, Poirier GG, Beaulieu C. 2003. Streptomyces coelicolor（ストレプトマイセス・コエリカラー）植物資材の存在下で発現が異なるタンパク質の同定。Appl. Environ. Microbiol. 69:1884-1889 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  127. Begley M, Gahan CGM, Hill C. 2005. 細菌と胆汁の相互作用。FEMS Microbiol. 29:625-651【PubMed】【Google Scholar】。

  128. Gueimonde M, Garrigues C, van Sinderen D, de los Reyes-Gavilán CG, Margolles A. 2009. 胆汁耐性を付与するビフィズス菌NCC2705由来の胆汁誘導性排出トランスポーター。Appl. Environ. Microbiol. 75:3153-3160 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  129. Ruiz L, Alvarez-Martín P, Mayo B, de los Reyes-Gavilán CG, Gueimonde M, Margolles A. 2012. 胆汁応答性エレメントの利用によるビフィズス菌の遺伝子発現制御。Appl. Microbiol. 78:581-585 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  130. Bron PA, Marco M, Hoffer SM, Van Mullekom E, de Vos MW, Kleerebezem M. 2004. Lactobacillus plantarumにおける胆汁酸塩応答の遺伝学的特徴づけと、in vitroおよびin situでの消化管における応答性プロモーターの解析。J. Bacteriol. 186:7829-7835 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  131. Ridlon JM, Kang DJ, Hylemon PB. 2006. ヒト腸内細菌による胆汁酸塩の生体内変換。J. Lipid Res. 47:241-259 [PubMed] [Google Scholar].

  132. Blaut M, Schoefer L, Braune A. 2003. 腸内細菌によるフラボノイドの変換。Int. J.ビタミン。Nutr. 73:79-87 [PubMed] [Google Scholar].

  133. Cooper J. 2004. マメ科植物の根の感染におけるフラボノイドに対する根粒菌の多重応答。Adv. Bot. Research. 41:1-62 [Google Scholar].

  134. Palumbo JD, Kado CI, Phillips DA. 1998. アグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）のイソフラボノイド誘導性排出ポンプは、根の競争的コロニー形成に関与する。J. Bacteriol. 180:3107-3113 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  135. Sims GK, Dunigan EP. 1984. イネ根のニトロゲナーゼ活性（C2H2還元）の日内変動と季節変動。Soil Biol. Biochem. 16:15-18 [Google Scholar].

  136. Hoogerwerf WA. 2006. 生物時計と腸。Curr. Gastroenterol. 8:353-359 [PubMed] [Google Scholar].

  137. コステロEK、ゴードンJI、セコールSM、ナイトR. 2010年。(1)腸内細菌叢の食後リモデリング(2)腸内細菌叢の食後リモデリング. また、そのような腸内細菌叢は、腸内細菌叢の増殖に重要な役割を果たすと考えられている。

  138. Comelli EM, Simmering R, Faure M, Donnicola D, Mansourian R, Rochat F, Corthesy-Theulaz I, Cherbut C. 2008. 内因性微生物叢によるマウス腸管粘液層の多面的転写制御。Genomics 91:70-77 [PubMed] [Google Scholar].

  139. 腸内細菌叢によるマウス腸管粘膜層の転写制御。2001. 腸内常在菌の宿主-微生物関係の分子生物学的解析。科学 291:881-884 [PubMed] [Google Scholar].

  140. Rudrappa T, Czymmek KJ, Paré PW, Bais HP. 2008. Rudrappa T. Czymmek KJ, Paré PW, Bais HP. 2008. 根から分泌されたリンゴ酸は有益な土壌細菌を集める。このような研究は、植物生理学的に重要である。

  141. McNulty NP, Yatsunenko T, Hsiao A, Faith JJ, Muegge BD, Goodman AL, Henrissat B, Oozeer R, Cools-Portier S, Gobert G, Chervaux C, Knights D, Lozupone CA, Knight R, Duncan AE, Bain JR, Muehlbauer MJ, Newgard CB, Heath AC, Gordon JI. 2011. 発酵乳菌株のコンソーシアムが異食性マウスおよび一卵性双生児の腸内細菌叢に及ぼす影響。Sci. Transl. Med. 3:106 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  142. Macpherson AJ, Harris NL. 2004. 腸内常在菌と免疫系の相互作用。Nat. Immunol. 4:478-485 [PubMed] [Google Scholar].

  143. ファラグMA、リュウCM、サムナーLW、パレPW. 2006. 根粒菌揮発性物質のGC-MS SPMEプロファイリングにより、植物の生長促進および全身抵抗性誘導の潜在的誘導物質が明らかになった。Phytochemistry 67:2262-2268 [PubMed] [Google Scholar].

  144. 揮発性有機化合物から、植物に生長促進や全身抵抗性を誘導する可能性のある物質が明らかになった。2003. バクテリアのクオラムセンシングシグナルに対する真核生物の広範かつ特異的な応答。Proc. Natl. Acad. (1)生物学的性質、(2)生物学的性質、(3)生物学的性質、(4)生物学的性質、(5)生物学的性質

  145. (1)細胞内シグナルを感知する細胞内シグナルを感知する細胞内シグナルを感知する細胞内シグナルを感知する。2003. 細菌クオラムセンシングに影響を与えるメディカゴ・トランカチュラによる物質の生産。Mol. Plant Microbe Interact. 16:827-834 [PubMed] [Google Scholar].

  146. Teplitski M, Mathesius U, Rumbaugh KP. 2011. N-acyl homoserine lactone quorum sensing signal by mammalian and plant cells. Chem. Rev. 111:100-116 [PubMed] [Google Scholar].

  147. ディアス-ペレス C、マルティネス-トルヒーヨ M、デル-リオ RE、カンポス-ガルシア J、ロペス-ブシオ J. 2011. 植物におけるオーキシン活性を有する細菌性シクロジペプチドに基づくトランスキングダムシグナル伝達。Proc. Natl. Acad. PMCフリー論文] [PubMed] [Google Scholar] [PMCフリー論文] [PubMed] [Google Scholar] [PubMed] [PubMed] [Google Scholar].

  148. 植物がどのように生育しているのか？2011. (1)マメ科植物-根粒菌共生における交戦規定。Annu. Genet. 45:119-144 [PubMed] [Google Scholar].

  149. (1)マメ科植物と根粒菌の共生に関する研究(2)マメ科植物と根粒菌の共生に関する研究(3)マメ科植物と根粒菌の共生に関する研究(4)マメ科植物と根粒菌の共生に関する研究(5). 2008. ショウジョウバエのホメオボックス遺伝子caudalと腸内共生による自然免疫恒常性。科学319:777-782 [PubMed] [Google Scholar].

  150. また、このような遺伝子は、ヒトの腸内環境におけるホメオスタシス（恒常性）の維持に重要な役割を果たすと考えられている。2012b. Drosophila melanogaster腸から分離した共生細菌Commensalibacter intestini A911Tのゲノム配列（ドラフト）。J. Bacteriol. 194:1246. [PMC無料論文] [PubMed] [Google Scholar].

  151. 盧 SW、南 YD、張 HW、金 KH、金 MS、柳 JH、金 SH、李 WJ、裵 JW。2008. Drosophila melanogasterの自然免疫恒常性に関与する2つの新規常在細菌の系統学的特徴づけ。Appl. Environ. Microbiol. 74:6171-6177 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  152. オルミーニョ-オリリオE、ローゼンブルースM、Luyten E、Vanderleyden J、Martínez-Romero E. 2008年。リポ多糖生合成遺伝子の変異は、トウモロコシの根圏および根のRhizobium tropici CIAT899のコロニー形成を阻害する。Environ. Microbiol. 10:1271-1284 [PubMed] [Google Scholar].

  153. (1)麹菌の根粒形成と根粒菌の根への定着。2012. メタン生成古細菌に対する抗菌ペプチドの効果。Antimicrob. Agents Chemother. 56:4123-4130 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  154. Lee WJ. 2009. 腸のホメオスタシスのための細菌調節宿主免疫と幹細胞活性化。Genes Dev. 23:2260-2265 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  155. ラウンドJL、マズマニアンSK。2009. 腸内細菌叢は健康時と疾患時の腸管免疫応答を形成する。Nat. Rev. Immunol. 9:313-323 [PMCフリー記事] [PubMed] [Google Scholar].

  156. Peumans WJ, Van Damme EJ. 1995. 植物防御タンパク質としてのレクチン。Plant Physiol. 109:347-352 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  157. Vaishnava S, Yamamoto M, Severson KM, Ruhn KA, Yu X, Koren O, Ley R, Wakeland EK, Hooper LV. 2011. 抗菌レクチンRegIIIΓは、腸内で微生物叢と宿主の空間的分離を促進する。この論文では、腸内細菌叢と宿主の空間的棲み分けを促進する抗菌レクチンRegIIIΓの作用について報告されている。

  158. Gibson GR, Wang X. 1994. ビフィズス菌の他の大腸内細菌の増殖に対する制御効果。J. Appl. 77:412-420 [PubMed] [Google Scholar].

  159. Kreth J, Merritt J, Qi F. 2009. 口腔連鎖球菌の細菌と宿主の相互作用。DNA Cell Biol. 28:397-403 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  160. エドワーズA、フレデリックスM、ウィスニエフスキー-ディエF、ジョーンズJ、ゾレギエタA、ダウニーJA。2009. Rhizobium leguminosarumのcinとraiのクオラムセンシング制御系は、ExpRとCinIと共発現する小型制御タンパク質CinSによって調整されている。J. Bacteriol. 191:3059-3067 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  161. Jafra S, Przysowa J, Czajkowski R, Michta A, Garbeva P, Van der Wolf JM. 2006. N-アシル-ホモセリンラクトンを分解するジャガイモ根圏細菌の検出と特性評価。Can. J. Microbiol. 52:1006-1015 [PubMed] [Google Scholar].

  162. Kroer N, Barkay T, Sorensen S, Weber D. 1998. 湿地植物の根圏における接合遺伝子導入に及ぼす根滲出物と細菌代謝活性の影響。FEMS Microbiol. Ecol. 25:375-384 [Google Scholar].

  163. Shoemaker NB, Vlamakis H, Hayes K, Salyers AA. 2001. ヒト大腸内におけるバクテロイデス属間およびバクテロイデス属と他属間における広範な耐性遺伝子転移の証拠。Appl. Environ. Microbiol. 67:561-568 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  164. Arias MC, Danchin EGJ, Coutinho PM, Henrissat B, Ball S. 2012. 植物のデンプン分解に必須なグリコシドヒドロラーゼ遺伝子の真核生物から腸内細菌への転移。Mob. Genet. Elements 2:81-87 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  165. Stern A, Mick E, Tirosh I, Sagy O, Sorek R. 2012. CRISPRターゲティングにより、ヒト腸内細菌叢に関連する一般的なファージのリザーバーが明らかになった。ゲノム研究 22:1985-1994 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  166. Sullivan JT, Ronson CW. 1998. 根粒菌の進化はphe-tRNA遺伝子に組み込まれた500kbの共生島の獲得によるもの。Proc. Natl. Acad. このような遺伝子発現は、根粒菌の進化に重要な役割を果たすと考えられている。

  167. Husník F, Chrudimský T, Hypša V. 2011. 腸内細菌科（γ-プロテオバクテリア）における内共生の複数の起源：複雑な系統学的アプローチの収束。BMCバイオ9:87。[PMCフリー記事] [PubMed] [Google Scholar].

  168. 深津哲也、細川哲也: 2002. 日本産カメムシ類（Megacopta punctatissima）の腸内共生細菌（Capsule-transmitted gut symbiotic bacteria）。Appl. Environ. Microbiol. 68:389-396 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar].

  169. López-López A, Rosenblueth R, Martínez J, Martínez-Romero E. 2010. 熱帯のマメ科植物と非マメ科植物における根粒菌共生。Soil Biol.

  170. McCutcheon JP, Moran NA. 2012. 共生細菌における極端なゲノム減少。Nat. Rev. Microbiol. 10:13-26 [PubMed] [Google Scholar].

  171. de Bruijn FJ. 2013. Molecular microbial ecology of the rhizosphere, vol I and II Wiley-Blackwell, Hoboken, New Jersey [Google Scholar].

  172. Dessaux Y, Hinsinger P, Lemanceau P. 2007. Dessaux Y, Hinsinger P, Lemanceau P. 2007. Springer Science Press, Berlin, Germany [Google Scholar].

  173. フラーR、ペルディゴンG. 2003年。腸内細菌叢、栄養、免疫、健康。Blackwell Publishing, Oxford, United Kingdom [Google Scholar].

  174. Pinto R, Varanini Z, Nannipieri P. 2007. The rhizosphere: biochemistry and organic substances at the soil-plant interface. Taylor and Francis Group/CRC Press, Boca Raton, FL [Google Scholar].

  175. Sadowsky MJ, Whitman RL. 2011. The fecal bacteria. ASM Press, Washington, DC [Google Scholar] 175.
    Applied and Environmental Microbiologyの記事は、米国微生物学会（ASM）の好意によりここに提供される。
    NCBIをフォローする
    NLMとつながる

国立医学図書館
8600 Rockville Pike
ベセスダ、メリーランド州20894

ウェブポリシー
情報公開
HHS脆弱性情報公開

ヘルプ
アクセシビリティ
採用情報

NLM
NIH
保健省
USA.gov
ご意見をお聞かせください！

いいなと思ったら応援しよう！