低温電子顕微鏡による構造生物学と細胞生物学の架け橋
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公開日: 2024年04月03日
低温電子顕微鏡による構造生物学と細胞生物学の架け橋
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07198-2
エヴァ・ノガレス & ジュリア・マハミド
Nature 628巻 47-56ページ (2024)この記事を引用する
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メトリクス詳細
要旨
ほとんどの生命科学者は、細胞内プロセスの仕組みを理解するには、それに関与する高分子に関する構造的知識が必要であることに同意するだろう。例えば、DNAの二重らせん構造を解読することで、遺伝情報がどのように保存され、コピーされ、修復されるのかについての本質的な側面が明らかになった。しかし、構造生物学は還元主義的であるため、大量の高分子を精製する必要がある。低温電子顕微鏡(cryo-EM)の出現は、大規模で機能的な複合体や、一般に発現、精製、結晶化が困難なサンプルの研究を大いに促進した。とはいえ、低温電子顕微鏡は依然として精製を必要とするため、高分子が活動し共存する自然の状況とは異なる場所での可視化が必要となる。逆に、細胞生物学者は、その空間的・時間的な範囲を拡大し続ける多くの急速な進化を遂げる技術を用いて細胞をイメージングしてきたが、化学を理解できる解像度には常にほど遠い。このように、構造生物学と細胞生物学は、細胞の内部構造について、相補的でありながらつながりのないビジョンを提供している。ここでは、クライオ電子顕微鏡とクライオ電子線トモグラフィーの相互作用が、高分子をその場で可視化する架け橋として、高分子が複雑な混合物中で相互作用しているとき、あるいは最終的には細胞内部で相互作用しているときの、高分子の包括的な構造描写を生み出す大きな可能性を秘めていることを論じる。
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参考文献
Berman, H., Henrick, K. & Nakamura, H. 世界規模のProtein Data Bankを発表。Nat. Struct. Biol. 10, 980 (2003).
CAS
PubMed
Google Scholar
ロビンソン, C. V., サリ, A. & バウマイスター, W. 細胞の分子社会学. Nature 450, 973-982 (2007). この画期的な総説は、「分子社会学」という言葉を生み出し、クライオETと統合的モデリングによるプロテオミクスを組み合わせた将来のin situ構造生物学への展望を示した。
ADS
CAS
PubMed
Google Scholar
Span, E. A. et al. 文脈におけるタンパク質構造:血管新生の分子景観。Biochem. Mol. Biochem. 41, 213-223 (2013).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
高分解能での視覚的プロテオミクスを目指して。J. Mol. Biol. 433, 167187 (2021).
PubMed
グーグル奨学生
Berger, C. et al. 集束イオンビームラメラの低温電子線トモグラフィーが構造細胞生物学を変える。Nat. Methods 20, 499-511 (2023).
CAS
PubMed
グーグル奨学生
Chua, E. Y. D. et al. より良く、より速く、より安く:クライオ電子顕微鏡の最近の進歩。Annu. Rev. Biochem. 91, 1-32 (2022).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Wu, M. & Lander, G. C. 低温電子顕微鏡による単一粒子解析の現状と新たな方法論. Biophys. J. 119, 1281-1289 (2020).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Young, L. N. & Villa, E. 低温電子線トモグラフィーによる細胞生物学への構造導入。Annu. Rev. Biophys. 52, 573-595 (2023).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
解像度革命。Science 343, 1443-1444 (2014).
ADS
PubMed
Googleスカラー
Lewis、J. S. et al. CMGヘリカーゼアセンブリーが核となる複製起点融解のメカニズム。Nature 606, 1007-1014 (2022).
ADS
CAS
PubMed
パブメッドセントラル
グーグル奨学生
Chen, S. et al. NHEJにおける長距離から短距離へのシナプス転移の構造基盤。Nature 593, 294-298 (2021).
ADS
CAS
PubMed
パブメッドセントラル
Google Scholar
Chen, X. et al. +1ヌクレオソーム結合PIC-メディエーター複合体の構造. Science 378, 62-68 (2022)。この研究は、低温電子顕微鏡研究に適した再構成系のサイズが大きく複雑であることを示す刺激的な例である。この研究では、クロマチン上に1MDa以上の大きさの8つの転写複合体が集合している様子が可視化されている。
ADS
CAS
PubMed
グーグル奨学生
Tholen, J., Razew, M., Weis, F. & Galej, W. P. ヒトスプライセオソームによる分岐部位認識の構造基盤。Science 375, 50-57 (2022).
ADS
CAS
PubMed
Google Scholar
Fromm, S. A. et al. 低温電子顕微鏡イメージングサービスによる1.55Å分解能の翻訳細菌リボソーム。Nat. Commun. 14, 1095 (2023).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Gestaut, D. et al. ヒトシャペロニンのTRiC/CCTによるチューブリン折りたたみ経路の構造的可視化。Cell 185, 4770-4787.e20 (2022).
CAS
PubMed
PubMedセントラル
Google Scholar
Bashore, C. et al. 26Sプロテアソームの直接リクルートによる標的分解。Nat. Chem. Biol. 19, 55-63 (2023).
CAS
PubMed
グーグル奨学生
TRPV1の構造スナップショットから、ポリモーダル機能のメカニズムが明らかになった。Cell 184, 5138-5150.e12 (2021).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
脂質ナノディスク中のSARS-CoV-2 ORF3aの低温電子顕微鏡構造。Nat. Struct. Mol. Biol. 28, 573-582 (2021)。
CAS
PubMed
パブメッドセントラル
Google Scholar
オーファンGPR21シグナル伝達複合体の低温電子顕微鏡構造。Nat. Commun. 14, 216 (2023).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Domínguez-Martín, M. A. et al. 光捕集状態と光保護状態のフィコビリソームの構造。Nature 609, 835-845 (2022).
ADS
PubMed
グーグル奨学生
Oosterheert, W., Klink, B. U., Belyy, A., Pospich, S. & Raunser, S. アクチンフィラメントの集合と老化の構造基盤。Nature 611, 374-379 (2022).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
曲げ力とヌクレオチドの状態がF-アクチンの構造を共同で制御している。Nature 611, 380-386 (2022).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
グーグル奨学生
原子分解能での単粒子低温電子顕微鏡。Nature 587, 152-156 (2020).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Beck, M. & Baumeister, W. 低温電子トモグラフィー:細胞の分子社会学を原子レベルで明らかにできるか?Trends Cell Biol. サンプルの薄膜化における最近の技術的ブレークスルーと、直接電子検出およびフェーズプレートとの組み合わせが、in situ低温電子顕微鏡によるほぼ原子レベルの再構成の実現にどのような期待を抱かせるかを論じた画期的な総説。
PubMed
グーグル奨学生
Al-Amoudi、A., Studer、D. & Dubochet、J. 低温電子顕微鏡用硝子体切片の切断アーチファクトと切断プロセス。J. Struct. Biol. 150, 109-121 (2005).
CAS
PubMed
Google Scholar
McDowall, A. W. et al. 硝子体氷およびガラス固化生体試料の凍結水和切片の電子顕微鏡観察。J. Microsc. 131, 1-9 (1983).
CAS
PubMed
Google Scholar
Gan, L., Ng, C. T., Chen, C. & Cai, S. A collection of yeast cellular electron cryotomography data. Gigascience 8, giz077 (2019).
PubMed
パブメドセントラル
グーグル・スカラー
Marko, M., Hsieh, C., Schalek, R., Frank, J. & Mannella, C. 低温電子顕微鏡のための凍結水和生物試料の集束イオンビーム薄片化。Nat. Methods 4, 215-217 (2007).
CAS
PubMed
Google Scholar
Rigort, A. et al. 低温電子トモグラフィーのための真核細胞の集束イオンビーム微細加工。Proc. Natl Acad. Sci. USA 109, 4449-4454 (2012).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
膜タンパク質のin situ構造研究を目的とした極低温集束イオンビーム試料調製の最適化。J. Struct. Biol. 197, 73-82 (2017).
CAS
PubMed
Google Scholar
Wagner, F. R. et al. 低温電子線トモグラフィーのための集束イオンビームミリングを用いた全細胞からのサンプルの調製。Nat. Protoc. 15, 2041-2070 (2020).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
低温電子トモグラフィー:in situで構造生物学を行うという挑戦。J. Cell Biol. 202, 407-419 (2013).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Faruqi, A. R. & McMullan, G. 電子顕微鏡用ダイレクトイメージング検出器. Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A 878, 180-190 (2018).
ADS
CAS
Google Scholar
Campbell, M. G. et al. movie of ice-embedded particles enhance resolution in electron cryo-microscopy. Structure 20, 1823-1828 (2012).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
グーグル
Schaffer, M. et al. クライオFIBリフトアウト法により、線虫組織内の分子分解能クライオETが可能になった。Nat. Methods 16, 757-762 (2019).
CAS
PubMed
Google Scholar
Kelley, K. et al. Waffle method: a general and flexible approach for improving throughput in FIB-milling. Nat. Commun. 13, 1857 (2022).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Schiøtz, O. H. et al. シリアルリフトアウト:全生物の分子解剖学的サンプリング。Nat. Methods https://doi.org/10.1038/s41592-023-02113-5(2023)。この論文は、クライオFIBによる微細加工とマイクロマニピュレーターによるリフトアウトの成功率と再現性を大幅に向上させ、小さな多細胞モデル生物からクライオETに適したサンプルを作製するための開発を紹介する。
論文
PubMed
グーグル奨学生
Punjani, A., Rubinstein, J. L., Fleet, D. J. & Brubaker, M. A. cryoSPARC: 高速教師なし低温電子顕微鏡構造決定のためのアルゴリズム。Nat. Methods 14, 290-296 (2017).
CAS
PubMed
Google Scholar
Scheres, S. H. W. RELIONにおける構造的に不均一な低温電子顕微鏡データの処理。Methods Enzymol. 579, 125-157 (2016).
CAS
PubMed
Google Scholar
Zhong, E. D., Bepler, T., Berger, B. & Davis, J. H. CryoDRGN: ニューラルネットワークを用いた異種低温電子顕微鏡構造の再構成。Nat. Methods 18, 176-185 (2021).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Tegunov、D., Xue、L., Dienemann、C., Cramer、P. & Mahamid、J. Mによる多粒子低温電子顕微鏡精密化により、細胞内のリボソーム-抗生物質複合体を3.5Åで可視化した。Nat. Methods 18, 186-193 (2021)。この研究では、低温電子顕微鏡撮影時の試料の変形を補正するアルゴリズムを開発し、細胞内の高分子複合体のほぼ原子に近い再構成を、われわれの知る限り初めて得た。
CAS
PubMed
PubMedセントラル
Google Scholar
Wan, W., Khavnekar, S., Wagner, J., Erdmann, P. & Baumeister, W. STOPGAP: サブトモグラムの平均化と精密化のためのソフトウェアパッケージ。Microsc. Microanal. 26, 2516 (2020).
ADS
Google Scholar
Zivanov, J. et al. A Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0. eLife 11, e83724 (2022).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
電子線低温サブトモグラムから構造的不均一性を学習するtomoDRGN. preprint at bioRxiv https://doi.org/10.1101/2023.05.31.542975 (2023).
細胞内の動的生体分子を可視化するための深層再構成生成ネットワーク。bioRxiv https://doi.org/10.1101/2023.08.18.553799 (2023)にプレプリント。
タコの感覚受容体進化の構造的基盤。Nature 616, 373-377 (2023).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
ヒト苦味受容体TAS2R46のストリキニーネ活性化の構造的基盤。Science 377, 1298-1304 (2022).
ADS
CAS
PubMed
Google Scholar
Yao, X., Fan, X. & Yan, N. リポソームに埋め込まれた膜タンパク質の低温電子顕微鏡解析。Proc. Natl Acad. USA 117, 18497-18503 (2020).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Mühleip, A. et al. I-II-III2-IV2スーパーコンプレックスによるミトコンドリア膜曲げの構造基盤。Nature 615, 934-938 (2023).
ADS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Vallese, F. et al. ヒト赤血球アンキリン-1複合体の構造。Nat. Struct. Mol. Biol. 29, 706-718 (2022)。
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
軸索の構造からメカノレギュレーションと疾患のメカニズムが明らかになった。Nature https://doi.org/10.1038/s41586-023-06140-2(2023)。
アブデラ(Abdella, R)ら、ヒトのメディエーター結合転写開始複合体の構造。Science 372, 52-56 (2021).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Herbst, D. A. et al. ヒトSAGAコアクチベーター複合体の構造。Nat. Struct. Mol. Biol. 28, 989-996 (2021)。
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
葉緑体TOC-TICトランスロコン超複合体の構造。Nature 615, 349-357 (2023).
ADS
CAS
PubMed
Google Scholar
Kelly, D. F., Abeyrathne, P. D., Dukovski, D. & Walz, T. アフィニティーグリッド:単分子膜精製のためのプレハブEMグリッド。J. Mol. Biol. 382, 423-433 (2008).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Han,B.-G.ら. 生体高分子の電子顕微鏡観察に適した長期保存可能なストレプトアビジンサポートフィルム. J. Struct. Biol. 195, 238-244 (2016).
CAS
PubMed
PubMed Central
Google Scholar
Wang, F. et al. 高分解能低温電子顕微鏡のための一般的で強固な共有結合酸化グラフェン親和性グリッド。Proc. Natl Acad. Sci. USA 117, 24269-24273 (2020).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
呼吸器複合体III2、複合体IV、および維管束植物由来超複合体III2-IVの原子構造。
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Peukes、J.ら、A型インフルエンザウイルスの集合体マトリックスタンパク質1のネイティブ構造。Nature 587, 495-498 (2020).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Pacheco-Fiallos, B. et al. ヒト転写-輸送複合体によるmRNAの認識とパッケージング. Nature 616, 828-835 (2023)。この研究は、複雑な生物学的集合体の構造解析において、単粒子低温電子顕微鏡と低温電子顕微鏡を組み合わせた例である。
ADS
CAS
PubMed
パブメッドセントラル
Google Scholar
微小管関連タンパク質MAP7によるキネシン-1の制御に関する構造的および機能的洞察。Science 375, 326-331 (2022).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Hooy、R. M., Iwamoto, Y., Tudorica, D. A., Ren, X. & Hurley, J. H. クラスリン非依存性AP-1:Arf1管状膜コートの自己組織化と構造。Sci. Adv. 8, eadd3914 (2022).
CAS
PubMed
PubMedセントラル
Google Scholar
Verbeke, E. J., Mallam, A. L., Drew, K., Marcotte, E. M. & Taylor, D. W. ヒト細胞抽出液からの単一粒子の分類により、異なる構造が明らかになった。Cell Rep. 24, 259-268.e3 (2018).
CAS
PubMed
PubMedセントラル
Google Scholar
Kastritis, P. L. et al. 好熱性真核生物における構造プロテオミクスによるタンパク質コミュニティの捕捉。Mol. Syst. Biol. 13, 936 (2017).
PubMed
PubMed Central
Google Scholar
Ho,C.-M.ら. マラリア原虫の栄養獲得における重要な決定因子であるRhopH複合体のネイティブ構造。Proc. Natl Acad. Sci. USA 118, e2100514118 (2021).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Su,C.-C.ら. 膜タンパク質の低温電子顕微鏡構造を同時に解くための「構築と検索」手法. Nat. Methods 18, 69-75 (2021).
CAS
PubMed
PubMedセントラル
Google Scholar
Danev, R. & Baumeister, W. フェーズプレートでクライオ電子顕微鏡の境界を広げる。Curr. Opin. Struct. Biol. 46, 87-94 (2017).
CAS
PubMed
Google Scholar
Schwartz, O. et al. Laser phase plate for transmission electron microscopy. Nat. Methods 16, 1016-1020 (2019). この研究は、画像のコントラストを劇的に改善し、大きなデフォーカスの必要性を排除することで、低温電子顕微鏡と低温電子顕微鏡の両方の適用性と解釈可能性に影響を与える、エキサイティングなハードウェアの開発を表している。
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Jijumon, A. S. et al. 微小管関連タンパク質の特性を明らかにするライセートベースのパイプラインにより、ユニークな微小管の挙動が明らかになった。Nat. Cell Biol.
CAS
PubMed
Google Scholar
Yi, X., Verbeke, E. J., Chang, Y., Dickinson, D. J. & Taylor, D. W. 単一細胞からの単一粒子の電子顕微鏡スナップショット。J. Biol. Chem. 294, 1602-1608 (2019).
CAS
PubMed
Google Scholar
Studer, D., Graber, W., Al-Amoudi, A. & Eggli, P. A new approach for cryofixation by high-pressure freezing. J. Microsc. 203, 285-294 (2001).
MathSciNet
CAS
PubMed
Google Scholar
Kuba, J. et al. 先進的クライオトモグラフィーワークフローの開発-相関顕微鏡法、ミリング自動化、クライオリフトアウト。J. Microsc. 281, 112-124 (2021).
CAS
PubMed
グーグル奨学生
細胞間接触の低温電子線トモグラフィ研究のための格子マイクロパターニング。J. Struct. Biol. 213, 107791 (2021).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Toro-Nahuelpan, M. et al.細胞内構造研究のためのフォトマイクロパターニングによる低温電子顕微鏡グリッドの調整。Nat. Methods 17, 50-54 (2020).
CAS
PubMed
Google Scholar
PIE-scope, integrated cryo-correlative light and FIB/SEM microscopy. eLife 8, e45919 (2019).
PubMed
パブメドセントラル
グーグル奨学生
Boltje,D.B.ら. 極低温同時蛍光・電子・イオンビーム顕微鏡. eLife 11, e82891 (2022).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
グーグル奨学生
Smeets,M.ら. 統合型蛍光顕微鏡METEORを用いた相関クライオFIBミリング. Microsc. Microanal. 28, 1310-1310 (2022).
ADS
Google Scholar
Li, W. et al. 正確で効率的なターゲット誘導型クライオラメラ調製のための統合型マルチモダリティ顕微鏡。Nat. Methods 20, 268-275 (2023).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
自動化されたクライオFIBワークフローのためのモジュール型プラットフォーム。
CAS
PubMed
PubMed Central
Google Scholar
Dutka, M. & Prokhodtseva, A. AutoTEM 5-材料科学のための全自動TEM試料作製。Microsc. Microanal. 25, 554-555 (2019).
ADS
グーグル・スカラー
Eisenstein, F., Danev, R. & Pilhofer, M. Improved applicability and robustness of fast cryo-electron tomography data acquisition. J. Struct. Biol. 208, 107-114 (2019).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Eisenstein, F. et al. Parallel cryo electron tomography on in situ lamellae. Nat. Methods 20, 131-138 (2023).
CAS
PubMed
グーグル奨学生
Khavnekar, S. et al. 高分解能in situサブトモグラム平均化のためのマルチショットトモグラフィー。J. Struct. Biol. 215, 107911 (2023).
CAS
PubMed
Google Scholar
Krull, A., Buchholz, T.-O. & Jug, F. Noise2Void-learning denoising from single noisy images. In IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR) https://doi.org/10.1109/CVPR.2019.00223 (2019).
Lehtinen, J. et al. Noise2Noise: learning image restoration without clean data. In Proc. 35th Intl Conf. Machine Learning, PMLR 80, 2965-2974 (2018).
Liu, Y.-T. et al. ディープラーニングによる電子線トモグラフィーの等方性再構成。Nat. Commun. 13, 6482 (2022).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Böhm, J. et al. 細胞内の高分子の検出と同定に向けて:電子断層像に適用したテンプレートマッチング。Proc. Natl Acad. Sci. USA 97, 14245-14250 (2000)。この研究では、クライオETデータ中の既知の構造を持つ高分子複合体の局在化を可能にする計算手法を開発し、「ファントム」細胞でテストした。
ADS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
細胞内の分子パターンの教師付きマイニングのための畳み込みネットワーク。Nat. 20,284-294(2023)。
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Moebel, E. et al. ディープラーニングによる3D細胞低温電子断層像の高分子同定の改善。Nat. Methods 18, 1386-1394 (2021).
CAS
PubMed
Google Scholar
Rice, G. et al. TomoTwin: 構造データマイニングによる低温電子断層像中の高分子の一般化された3次元局在化。Nat. Methods 20, 871-880 (2023).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Arnold, J. et al. 3次元相関顕微鏡による部位特異的低温集束イオンビーム試料調製法. Biophys. J. 110, 860-869 (2016).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Ganeva, I. & Kukulski, W. 相関顕微鏡のスポットライトを浴びた膜構造。Trends Cell Biol.
CAS
PubMed
グーグル奨学生
Kukulski, W. et al. 高感度で空間精度の高い相関蛍光・3D電子顕微鏡法。J. Cell Biol. 192, 111-119 (2011).
CAS
PubMed
PubMedセントラル
Google Scholar
Sartori, A. et al. 相関顕微鏡法:蛍光光顕微鏡と低温電子トモグラフィーのギャップを埋める。J. Struct. Biol. 160, 135-145 (2007).
PubMed
グーグル奨学生
Dahlberg, P. D. & Moerner, W. E. 低温超解像蛍光顕微鏡と電子顕微鏡のナノスケールでの相関。Annu. Phys. Chem. 72, 253-278 (2021).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Dahlberg, P. D. et al. 電子線トモグラフィーのための低温単一分子蛍光アノテーションにより、Caulobacterの主要タンパク質のin situ組織化が明らかになった。Proc. Natl Acad. Sci. USA 117, 13937-13944 (2020).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Tuijtel, M. W., Koster, A. J., Jakobs, S., Faas, F. G. A. & Sharp, T. H. Correlative cryo super-resolution light and electron microscopy on mammalian cells using fluorescent proteins. Sci. Rep. 9, 1369 (2019).
ADS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Wang, Q., Mercogliano, C. P. & Löwe, J. A ferritin-based label for cellular electron cryotomography. Structure 19, 147-154 (2011).
CAS
PubMed
グーグル奨学生
Silvester、E. et al. DNA折り紙標識による電子線クリオトモグラフィーによる細胞膜上のタンパク質の同定。Cell 184, 1110-1121.e16 (2021).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Fung,H.K.H.ら. 低温電子顕微鏡における細胞内タンパク質局在化のための遺伝子コード多量体タグ. Nat. Methods 20, 1900-1908 (2023).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
グーグル
Schorb, M., Haberbosch, I., Hagen, W. J. H., Schwab, Y. & Mastronarde, D. N. 自動透過電子顕微鏡用ソフトウェアツール。Nat. Methods 16, 471-477 (2019).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Lucas, B. A. & Grigorieff, N. 生物学的ラメラにおけるガリウムクライオFIBミリングダメージの定量化。Proc. Natl Acad. Sci. USA 120, e2301852120 (2023).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Berger, C. et al. プラズマFIBミリングによるin situ構造決定。Nat. Commun. 14, 629 (2023).
ADS
CAS
PubMed
パブメッドセントラル
Google Scholar
Laughlin, T. G. et al. ジャンボファージ核殻の構造と自己組織化. Nature 608, 429-435 (2022).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
前向性鞭毛包内輸送系におけるIFT-AとIFT-Bの分子構造。Nat. Struct. Mol. Biol. 30, 584-593 (2023)。
CAS
PubMed
パブメッドセントラル
Google Scholar
Wozny, M. R. et al. 小胞体-ミトコンドリア会合構造のin situ構造. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-023-06050-3(2023)。
Baek,M.ほか. 3トラックニューラルネットワークを用いたタンパク質構造と相互作用の正確な予測. Science 373, 871-876 (2021).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Jumper, J. et al. AlphaFoldによる高精度タンパク質構造予測。Nature 596, 583-589 (2021).
ADS
論文
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Graziadei, A. & Rappsilber, J. 構造生物学および細胞生物学における架橋質量分析の活用。Structure 30, 37-54 (2022).
CAS
PubMed
Google Scholar
細胞内で活発に転写-翻訳を繰り返すエクスプレッソームの構造。Science 369, 554-557 (2020). この研究は、細胞クライオETと細胞内クロスリンクおよび全細胞プロテオミクスを組み合わせたもので、とらえどころのない一過性の複合体を捉える統合的アプローチの威力を示している。
ADS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Lucas, B. A. et al. cisTEMを用いた2Dテンプレートマッチングによる細胞内の高分子集合体の位置決定。
CAS
PubMed
PubMedセントラル
Google Scholar
Rickgauer、J. P.、Grigorieff、N.およびDenk、W. 低温電子顕微鏡像における混雑した分子環境における単一タンパク質の検出 eLife 6, e25648 (2017).
PubMed
PubMed Central
Google Scholar
Lucas,B.A.、Himes,B.A.&Grigorieff,N.による2Dテンプレートマッチングを用いたbaited reconstructionによるin vitroおよびin vivoでのテンプレートバイアスなしの高分解能構造決定 eLife 12, RP90486 (2023).
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
生物学における集束イオンビーム。Nat. Methods 12, 1021-1031 (2015).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Xu, C. S. et al. An open-access volume electron microscopy atlas of whole cells and tissues. Nature 599, 147-151 (2021).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Smith, D. & Starborg, T. Serial block face scanning electron microscopy in cell biology: Applications and technology. Tissue Cell 57, 111-122 (2019).
PubMed
グーグル・スカラー
Harkiolaki, M. et al. 低温軟X線トモグラフィー:軟X線を使って全細胞の超微細構造を探る。Emerg. Top. Life Sci. 2, 81-92 (2018).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Mahamid, J. et al. HeLa細胞核周辺部における分子社会学の可視化。Science 351, 969-972 (2016).
ADS
CAS
PubMed
Google Scholar
JARID2とAEBP2は、H2AK119ub1と他のヒストン修飾の存在下でPRC2を制御する。Science 371, eabc3393 (2021).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Mosalaganti,S.ほか. AIベースの構造予測によりヒト核膜孔の統合的構造解析が可能になった。Science 376, eabm9506 (2022). ヒト核膜孔複合体の構造モデリングにAlphaFold2と低温電子顕微鏡データを活用し、これまでにない精度と完全性を実現した。
CAS
PubMed
グーグル奨学生
Gemmer, M. et al. 小胞体膜における翻訳とタンパク質生合成の可視化。Nature 614, 160-167 (2023).
ADS
CAS
PubMed
PubMedセントラル
Google Scholar
Hoffmann, P. C. et al. トリカルビンは細胞内脂質のフラックスに寄与し、棒状構造によって橋渡しされる湾曲したER-PM接点を形成する。Dev. Cell 51, 488-502.e8 (2019).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
ルーカス、B.A.、チャン、K.、ロエルチ、S.&グリゴリエフ、N. In situ単一粒子分類により、細胞内の異なる60S成熟中間体が明らかになった。
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
De Rosier, D. J. & Klug, A. 電子顕微鏡写真からの3次元構造の再構成。Nature 217, 130-134 (1968).
ADS
PubMed
グーグル奨学生
電子顕微鏡用純水のガラス化. J. Microsc. 124, rp3-rp4 (1981).
Google Scholar
非周期性物体の低露光電子顕微鏡写真の平均化。Ultramicroscopy 1, 159-162 (1975).
CAS
PubMed
Google Scholar
Hart, R. G. 未染色生物試料の電子顕微鏡写真:ポリトロピックモンタージュ。Science 159, 1464-1467 (1968).
ADS
CAS
PubMed
グーグル奨学生
Cheng, Y., Grigorieff, N., Penczek, P. A. & Walz, T. A primer to single-particle cryo-electron microscopy. Cell 161, 438-449 (2015).
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
哺乳類精子軸糸の非対称構造をin situ低温電子線トモグラフィーで明らかにした。Nat. Struct. Mol. 30, 360-369 (2023).
CAS
PubMed
パブメッドセントラル
Google Scholar
Hoffmann, P. C. et al. 真核生物のリボソームとその翻訳状態のin situ構造. Nat. Commun. 13, 7435 (2022).
ADS
CAS
PubMed
パブメドセントラル
Google Scholar
Wan, W. & Briggs, J. A. G. 低温電子トモグラフィーとサブトモグラム平均化. Methods Enzymol. 579, 329-367 (2016).
CAS
PubMed
Google Scholar
Wang, Z. et al. 脊椎動物の骨格筋におけるサルコメア組織の分子基盤。Cell 184, 2135-2150.e13 (2021).
CAS
PubMed
PubMed中央
Google Scholar
Pyle, E. & Zanetti, G. 低温電子トモグラフィーの現在のデータ処理戦略とサブトモグラムの平均化. Biochem. J. 478, 1827-1845 (2021).
CAS
PubMed
Google Scholar
wwPDB Consortium. Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data. Nucleic Acids Res. 47, D520-D528 (2018).
Google Scholar
Lawson、C. L. et al. EMDataBankの3DEM用統一データリソース。Nucleic Acids Res. 44, D396-D403 (2016).
CAS
PubMed
Google Scholar
Iudin, A. et al. EMPIAR: The Electron Microscopy Public Image Archive. Nucleic Acids Res. 51, D1503-D1511 (2023).
PubMed
Google Scholar
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謝辞
本総説に図表を提供してくださった方々に感謝する。本総説に掲載する図表を提供してくださった方々に感謝するとともに、参考文献の数が限られているため引用できなかった優れた業績を持つ方々にお詫び申し上げる。E.N.は、米国国立衛生研究所(R35GM127018)、欧州研究評議会(ERC-2022-SYG 101071583)の支援を受け、Howard Hughes Medical Institute Investigatorである。J.M.は、J. Dobbsの貴重な助力、EMBLからの支援、European Research Council starting grant (3DCellPhase- 760067)、Chan-Zuckerberg Initiative grant for Visual Proteomicsを受けた。
著者情報
著者および所属
分子細胞生物学部門、定量的生物医学研究所、カリフォルニア大学バークレー校、カリフォルニア州、米国
エヴァ・ノガレス
分子生物物理学・統合バイオイメージング、ローレンス・バークレー国立研究所、米国カリフォルニア州バークレー
エヴァ・ノガレス
ハワード・ヒューズ医学研究所、米国カリフォルニア州バークレー
エヴァ・ノガレス
構造・計算生物学ユニット、欧州分子生物学研究所(EMBL)、ドイツ・ハイデルベルク
ジュリア・マハミド
ドイツ、ハイデルベルク、欧州分子生物学研究所(EMBL)、細胞生物学・生物物理学ユニット
ジュリア・マハミド
貢献
E.N.とJ.M.は原稿の構想、執筆、編集に貢献した。
対応著者
Eva NogalesまたはJulia Mahamidにご連絡ください。
倫理申告
競合利益
著者らは競合する利益はないと宣言している。
査読
査読情報
Nature誌は、A. Radu Aricescuおよび本論文の査読に貢献した他の匿名の査読者に感謝する。
追加情報
出版社注:Springer Natureは、出版された地図の管轄権の主張および所属機関に関して中立を保っています。
権利と許可
シュプリンガー・ネイチャーまたはそのライセンサー(学会またはその他のパートナーなど)は、著者またはその他の権利者との出版契約に基づき、本論文の独占的権利を有する。
転載と許可
この記事について
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この記事の引用
Nogales、E., Mahamid、J. 低温電子顕微鏡による構造生物学と細胞生物学の橋渡し. Nature 628, 47-56 (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07198-2
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受領
2023年7月18日
受理
2024年2月13日
掲載
2024年04月03日
発行日
2024年04月04日
DOI
https://doi.org/10.1038/s41586-024-07198-2
テーマ
細胞イメージング
クライオ電子トモグラフィー
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