腸内微生物群集代謝研究のための新たなツールとベストプラクティス

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  • 公開日： 2024年07月03日

腸内微生物群集代謝研究のための新たなツールとベストプラクティス



ネイチャー・メタボリズム(2024)この記事を引用する

概要

ヒトの腸内細菌叢は、ヒト自身の細胞で触媒される代謝反応の種類を大幅に増やし、宿主の健康と疾病に多大な影響を及ぼす。しかしながら、腸内微生物の代謝に関する我々の知識は、一握りのモデル生物に依存しており、複雑な微生物群集の代謝を解釈し予測する我々の能力を制限している。このPerspectiveでは、腸内微生物の代謝を分析・モデル化し、微生物、パスウェイ、代謝物を生態系レベルで結びつけるための新たなツールについて議論し、研究者にとって有望なベストプラクティスを紹介する。この分野における継続的な進歩には、科学的知見の分野横断的な統合を促進するためのインフラ整備も必要である。このような努力の積み重ねが、腸内生態系の働きをより広く深く理解し、マイクロバイオーム操作と治療の新たな可能性を切り開くのである。

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謝辞

図1-4は BioRender.comで作成した。図2dの化学構造については、C. Zhang（UCSF、P.J.T.の研究室）にご協力いただいた。資金は米国国立衛生研究所から提供された（R01HL122593、F32GM140808、C.N.へ）。P.J.T.はChan Zuckerberg Biohub-San Francisco Investigatorである。

著者情報

著者および所属

  1. 米国ミネソタ州マンケート、ミネソタ州立大学生物科学部
    セシリア・ノエッカー

  2. カリフォルニア大学サンフランシスコ校微生物学・免疫学教室（米国カリフォルニア州サンフランシスコ市
    セシリア・ノエッカー＆ピーター・J・ターンボー

  3. チャン・ザッカーバーグ・バイオハブ・サンフランシスコ（米国カリフォルニア州サンフランシスコ
    ピーター・J・ターンボー

貢献

コンセプト立案、資金獲得： C.N.およびP.J.T.、監修：P.J.T： 監修：P.J.T.、可視化、原案執筆：C.N.、査読：P.J.T： 原案執筆：C.N.、査読・編集：C.N.、P.J.T： 執筆・査読・編集：C.N.、P.J.T.

共著者

ピーター・J・ターンボー宛。

倫理申告

競合利益

P.J.T.はPendulum、Seed、SNIPRbiomeの科学諮問委員会のメンバーであり、本研究とこれらの諮問業務との間に直接的な重複はない。C.N.は、競合する利益はないと宣言している。

査読

査読情報

Nature Metabolism誌は、本研究の査読に貢献したMarco Jost氏と他の匿名の査読者に感謝する。主担当編集者：Yanina-Yasmin Pesch、協力：Nature Metabolismチーム。

その他の情報

出版社注：Springer Natureは、出版された地図および所属機関の管轄権の主張に関して中立を保っています。

権利と許可

シュプリンガー・ネイチャーまたはそのライセンサー（学会やその他のパートナーなど）は、著者またはその他の権利者との出版契約に基づき、本論文の独占的権利を保有しています。

転載と許可

この記事について

この記事の引用

Noecker, C., Turnbaugh, P.J. Emerging tools and best practices for studying gut microbial community metabolism. Nat Metab(2024). https://doi.org/10.1038/s42255-024-01074-z

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  • 2023年12月21日受領

  • 2024年5月30日受理

  • 2024年7月3日発行

  • DOIhttps://doi.org/10.1038/s42255-024-01074-z

主題

Nature Metabolism (Nat Metab)ISSN 2522-5812 (オンライン)

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