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アメリカのニューヨーク大学でポスドク研究者をしています。研究はまったりゆっくりマイペース。

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アメリカ留学体験記#3「コネチカットのアサリピザ🍕」

みなさん、こんにちは。 先日、めちゃくちゃ美味しいピザを食べたので、情報をシェアさせてください！！ 場所は米国コネチカット州のニューヘブン市！ ピザで有名なこの街のModern Pizzaとういレストランの「アサリピザ」が激うまでした！！ コネチカットのピザの特徴は「平たく薄いカリッカリに焼き上げたピザ」です。 写真では分かりにくいのですが、ピザ生地が薄く広げられてるので、見た目はかなり大きい！！けど生地が薄いので、ペロリと食べられちゃいました。 特にこのアサリのピザは手

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    • アメリカ留学体験記#2「健診を受けよう」

      皆さま、ご無沙汰しております。 久しぶりに心にグッとくる体験をしたので、日記がてら報告させてください。 先日、健康診断を受けました。 アメリカでは年に一回、健康保険を利用して無料で健診を受けられます。 特にニューヨークでは日本人の医師も在籍していて、日本さながら日本語で健診を受けられるんです。 ※日本人医師で有名なのは下記の「NY東京海上記念診療所」です。ここのDr. Kuwamaが優しく、日本語で健診を行なってくれます。 で、です。 なんと…「糖尿病予備軍」「脂質異常症

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      • ニューヨークで母子手帳をもらう【アメリカで出産】

        2024年9月25日に記載。 本日、無事にニューヨーク総領事館で母子手帳を頂くことができました。 必要な手続きと書類をメモしておきます。 事前準備①（在留届の提出） 在留届を提出していない場合、母子手帳を受け取ることができないようです。家族で在留届を出しているか確認をしてください。 事前準備②（総領事館訪問の予約） 突然訪問することはできず、事前に訪問の予約を取る必要があります。 下記サイトから予約可能です。 https://www.ny.us.emb-japan.

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        • アメリカ留学体験記＃１

          アメリカに留学してから約1年が経過しました。 タイムズスクエア、セントラルパーク、自由の女神など、ニューヨークの観光地は全て行き尽くし、もはや新鮮味を感じなくなっています（笑）。 日本での生活に比べて「ヒマ」な時間は本当にたくさんあるので、せっかくなら何か新しいことを始めたい…ということで、このヒマな時間を活かして生活記録を書いていこうと思います（気の向くままにです）。 アメリカでの引っ越し さて、いきなりですが引っ越しをしました。 これまではマンハッタン島のアッパーウエ

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          Ensemble ID→Gene IDへの変換方法【RNAseq】

          ＊「ENSMUST」で始まるマウスのEnsemble ID用です。 biomaRtを用いて、Ensenble ID→Gene Symbolへの変更方法をまとめます。 必要なパッケージのインストールとロード まず、biomaRt パッケージをインストールし、Rセッションにロードします。 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocMa

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          Ensemble ID→Gene IDへの変換方法【RNAseq】

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          【超絶初心者】SRAデータベースからRNAseq解析を初体験したメモ

          超絶初心者ですが、自分のノートPCを使ってRNAseq解析の完遂を目指しました。このnoteは、解析を再現して行うためのメモnoteです。 自分の基礎実験に並行して解析を行ったため、結構時間がかかりました（慣れれば早くなると信じています…） 以下、解析にかかった時間 ・１日目：SRA toolkitの用意からsalmonを用いたマッピングまで（1サンプルのみ） ・２日目：１日目と同じ工程を全サンプルで実施 ⓪PCスペックVAIO Z CPU 11th Gen Intel

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          【超絶初心者】SRAデータベースからRNAseq解析を初体験したメモ

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          【ATAC-seq】超絶初心者が公共データベースからATAC-seq解析にトライする

          今回はATAC-seqにトライしましたので、そのメモです。 主に参考にしたサイトは下記です。 ①公共データベースからデータを探す今回は野生型のPGP1細胞のATAC-seqデータが欲しかったので、ChIP-Atlasや NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)からデータを探します。 NCBI-GEOでよさげなデータを見つけます。 下図のように検索欄があるので、キーワードを入れて検索します。今回は「PGP1, ATAC」と入力。 検索すると、い

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          【ATAC-seq】超絶初心者が公共データベースからATAC-seq解析にトライする

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          【imageJ】指定範囲内の蛍光面積を測定したい

          こんにちは。 本日は指定した範囲内の蛍光面積を測定する方法を試行錯誤しました（科学的に合っている方法か自信がないため、間違っていたらコメント頂けますと嬉しいです。） CRISPR/Cas9による遺伝子編集を用いて「RFPレポーターつき遺伝子回路」を導入したiPS細胞を作成しました。 このRFPレポーターを用いて、コロニーごとに蛍光面積/コロニー面積を計算して、導入効率を評価したいと思っています。 ＊フローサイトメーターなどあれば、細胞単位で導入効率を測定することが可能です

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          【imageJ】指定範囲内の蛍光面積を測定したい

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