座標参照系は「エリア」で決定すべし

正しい地図ってなんだろう？

まず座標参照系って、なんだか難しくて種類が多くて分かりにくくないですか？
QGISのCRS(座標参照系)ってところ開いても、いっぱい種類が有ってどれを選んでいいか、私も最初はちんぷんかんぷんでした。
でもQGISって全世界の座標参照系を表示させているだけで、実際は使う「エリア」で考えると世界測地系か日本測地系、平面直角か非平面直角かに絞られるんですよ、使うの。色々意見はありそうですが、地図オタクではないので大体で大丈夫です。
下記画像は自分がよく使うやつです（住んでいるのが東北なんで10系です。皆さんは国土地理院：https://www.gsi.go.jp/sokuchikijun/jpc.html）から、読み替えて選択してくださいね）

まずは地図の話からすると、地図には「正しい方角（正角）」「正しい距離（正距）」「正しい面積（正積）」で表す方法があって、全部入りさせたくなると思うのですが上記３つの条件を一つの地図に表すことができないんです。
そこで何を除外していくかなんですが、皆さんがまず選ばないのは「正しい方角」。
で残り二つですが、とりあえず「正しい面積」を優先すれば、自ずと「正しい距離」もセットで担保されます。例えば、四角形の土地の面積を計算する時って、「縦✕横」で計算しますよね。ということは距離も分かっていることになりますよね？
ってことで、「正しい面積（正積）」＝ 「平面直角座標系（Rectangular ）」を選べば、OKなんです。ただし、エリアが狭い場合のみに有効です。

日本を１９区分に分けている平面直角座標系

いきなりですが、地球って丸いですよね？
ってことはエリアが広ければ広いほど、上か下か間延びしていますよね？
それを防ぐため日本を、１９区分に区切って「正しい面積（距離）」を表現したんですよ。

じゃあ、日本を都道府県別の４７区分に区切ったら？と思うかもしれませんが、隣の県が違う投影法だとしたら、管理面倒臭くないですか？せっかくのGIS、県を越えて分析することなんて、ザラですからね😅

話は戻ります。その１９区分の表が国土地理院さんのHPにありましたので、掲載しますね。引用：国土地理院（https://www.gsi.go.jp/sokuchikijun/jpc.html）

で、実際にQGISにはどのようにはどのように表示されるか。例えば東北（福島県除く）は「１０」って書いてますよね。QGISではローマ数字「X」と記載されています。平面直角は「Rectangular」と表示されます。

日本測地系と世界測地系

簡単に言えば、国際基準に合わたのが世界測地系です。日本測地系と世界測地系のズレはおよそ400m。でも島国であるにも関わらず、その程度のズレで収めたなと感心します（賢人は偉大なり）。もしそういった相対的な位置ズレがある場合は測地系を疑ってくださいね。
ちなみに日本測地系は「Tokyo」という文言が入り、世界測地系は「Japan」という文言が入ります。

日本全体（広い範囲）を分析したい時はどうするの？

そのときは大人しく、JGD2011 なりWGS84なり使用してください（日本測地系の場合はTokyo）。日本全体（広い範囲）を扱っているので、正しい距離は出ませんので、、、
利用用途としてはポイントデータ、都道府県の色分けぐらいですかね。

ただし

座標参照系を新規で設定することはそれほど多くないかも、、、。もらう（ダウンロードする）データは設定済みだし、、、。
また空間分析は同じ座標参照系にするのがお作法であるため、変換する時にはどの座標参照系をベースとするか考えてから統一すると良いでしょう。