コアラさばお

米国系IT企業でDirectorやってます。 自己学習の発表や、考え事、あるいは私の経験から読者の方のお役に立ちそうな情報の発信にnoteを活用します。 更新頻度は少ないけど。。。

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  • [演習] Rを使った被験者割付と薬剤割付

    臨床試験、特に二重盲検化試験において必須となる被験者割付と薬剤割付について、フリーの統計ソフトウェアであるRを用いて実際にリストを作成する方法や、注意すべき点について紹介しています。

Ubuntuのネットワーク追加

ちょっとした案件でUbuntuを使う必要があり、M3 MBAでVMWare上にUbuntu Server for ARMをインストールしたのですが、Ubuntu Desktop上でWebブラウザからサイト閲覧はできるのに、ネットワークはなぜが「管理対象外」となっていて、Ubuntu自身がネットワークデバイスを認識できていない状態。 元々そういう仕様なのか、VM上でセットアップしたが故のエラーなのか、理由は全くわかりませんが、このまま「管理対象外」で放っておくのも気持ちが悪い

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    • 憧れのキャリア

      さてさて、随分と久しぶりの投稿になります。今回はキャリアについてちょうどNoteに投稿できるいいトピックがあったので、早速書いている次第です。 ただ、どのように話を組み立てようかを全く整理できていなくて、かなりの乱文になりそうな気がしているのですが、そこはご容赦ください。 （だったら、整理できてから書けってコメントが来そうですが、自分の性格上、それだとおそらく書く機会を逸して投稿しないと思うので。。。） こりゃ大変だ！ 自分のキャリアが意図せず誰かの目標になってしまった！

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      • Clubman JCWが納車されました。

        初のJCW、そして初の4WD今日、新しいMINIが納車されました。 今まで乗っていたのはR56のCooper 3ドアのBond Streetって言う特別仕様車でしたが、今度のはClubman JCWです。 R56には9年間乗っていたのですが、先月、車検1ヶ月前と言う、何とも微妙なタイミングでオートマが壊れてしまい、その他にも、元々車検のタイミングで交換しようとしていたひび割れのあるフロントガラスとか、ブレーキパッドの交換とか色々重なってしまって、金額が嵩むという事で、残念

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        • Mac

          割付に特化した生物統計の話もだいぶ書いて有料記事＆マガジンとして公開し、新型コロナ感染からも復活したので、ちょっと違う話でも投稿しようかと思い立ったのは良いのですが、特に書きたいテーマがあるわけでもないので、取り急ぎ今使っているPCのことでも書いてみようかと。。。 Macが手元にない人生はなかった・・・。私が現在使用しているPCは、ビジネス、プライベートともにMacです。スマホはiPhoneでデュアルSIMを活用して、1台でビジネスとプライベートの電話番号の両方に対応させ、

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        マガジン

        • [演習] Rを使った被験者割付と薬剤割付
          9本
          ¥700

        記事

          新型コロナ感染からようやく復活。でも・・・

          今月始めに家庭内感染で新型コロナウィルスに感染しました。一番最初に長女が感染し、その後、隔離と最低限の接触、接触時のマスク・手袋、接触後のうがいと手洗い・・・と対策を徹底しましたが、やはりダメでした。 感染症専門病棟でもない限り、家庭内での感染を防ぐのはとても困難ですね。 実際のところ、感染したらどうなの？妻は3日ほどで回復したので、私もそれくらいで回復するもんだと思っていたのですが、実際には1週間かかりました。 症状自体は40度前後の高熱がダラダラ続くだけで、インフルエ

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          新型コロナ感染からようやく復活。でも・・・

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          Rで無作為化: 可変ブロックサイズの適用

          前回の2つの薬剤リストの関する記事までで、被験者割付および薬剤割付に関する基本的な内容を踏襲しました。 ランダム化比較試験の中で二重盲検試験については、被験者の投与群が類推されないように予め無作為化された被験者割付リストを作成し、そのリストに従って各投与群へ割り付け、また薬剤番号からも投与群が類推されないよう、予め無作為化された薬剤割付リストを作成し、そのリストに従って治験薬を投与する流れを理解できたかと思います。

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          Rで無作為化: 可変ブロックサイズの適用

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          やりたいことがない人は転職してはダメなのか？

          noteを初めて3週間近く。まだまだビギナーなので、色々と試してみたくイベント投稿にチャレンジ。 現在公開中のイベントで自分が書けそうなテーマが「私の転職体験」しかなかったので、あまり読者の皆さんの参考にはならないとは思いますが、自分の体験を書いてみます。 今流行の「Want」で生きてきた訳ではない近頃、ビジネスニュースでよく目にするのが、これからは「Want」、つまり「自分が何をしたいか？」を軸にして働いていく時代だっていう話ですが、私は今まで1mmたりとも「これがしたい

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          やりたいことがない人は転職してはダメなのか？

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          Rで無作為化: 2つの薬剤リスト

          さて、先の記事で無作為化した薬剤リストを作成したのに、2つの薬剤リストって何を言ってるんですか？って話ですが、至って真面目な話です。 と言う訳で、なぜ2つの薬剤リストがあった方が良いのかが、今回のテーマです。

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          Rで無作為化: 2つの薬剤リスト

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          Rで無作為化: 薬剤リストの作成

          ここまで数回にわたって置換ブロック法による被験者の割付リスト作成について説明をしてきました。シード値を使って再現可能な疑似乱数を生成し、その結果から各ブロック内で予め決められた比率で各投与群に被験者が割り付けられるよう、群の並びを決定しました。

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          Rで無作為化: 薬剤リストの作成

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          Rで無作為化: 演習問題（被験者割付）

          ここまで、長々と被験者割付のことを書いてきたので、読者の皆さんも実際に手を動かして、置換ブロック法による被験者割付リストを作ってみて下さい。

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          Rで無作為化: 演習問題（被験者割付）

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          Rで無作為化: RNGのメソッドとシードのランダム化

          sample関数あるいはrandomizeRパッケージを用いて、置換ブロック法による無作為化と割付リストの作成を説明してきましたが、シード値の設定について更に深く見ていきます。

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          Rで無作為化: RNGのメソッドとシードのランダム化

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          Rで無作為化: シードの設定

          ここまで、3回にわたって無作為化、特に被験者の割付で置換ブロック法を行うケースについて書いてきましたが、これまでの記事に書いているコードを、もう一度実行してみてください。 とある事に気づきませんか？

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          Rで無作為化: シードの設定

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          Rで無作為化: 層別割付とIRT用割付リストの作成

          ここまで2回にわたってRを使った置換ブロック法による無作為化を行ってきました。 ランダム化比較試験においてはよく使われる無作為化ですが、実際には単純な無作為化ではなく層別割付因子による層別化が行われます。 例えば、結果に著しく影響を与えるような要素を層別割付因子として指定し、要素ごとによる偏りが発生しないことを期待します。

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          Rで無作為化: 層別割付とIRT用割付リストの作成

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          Rで無作為化: randomizeRパッケージを使った置換ブロック

          さて、先日はR言語のsample関数を使ったブロック法による無作為化について記事を公開しましたが、同じことを別のパッケージを使って実現してみたいと思います。

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          Rで無作為化: randomizeRパッケージを使った置換ブロック

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          Rで無作為化: sample関数を使った置換ブロック法の実行

          臨床試験でよくあるランダム化比較対象試験。複数の投与群を比較し、統計的な観点から有意性の有無と仮説に対する判定を導き出しますが、この試験では、被験者を各群にランダムに割り付ける必要があり、この割付のことを「無作為化」または「ランダム化」と呼び、色々なメソッドが存在します。

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          Rで無作為化: sample関数を使った置換ブロック法の実行

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          Home vs Office

          お決まりのテーマだよね、それ。昨日、社長から「どう思う？」って聞かれた話があってね。 社長の知り合いの会社が、テレワークからオフィス勤務に戻したそうなんですが、その理由の一つにチームの監視があると。 監視することなどに生産性はなく全く意味がないと社長は思ったものの、相手には理解されなかったようで、私にどう思うかの質問が。。。 ふむふむ、ネットで一時期よく騒がれたトピックですね。 会社の存在理由や目的を正しく理解してますか？この手の話を聞くとき、いつもおもうんですよ。

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          Home vs Office

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