RapidCopy(Pro)のコピー結果のサイズとFinder表示のサイズが一致しないので不安です。問題ありませんか？

問題ありません。
Finderで表示されるサイズは.DS_Storeや.Spotlight-V100などのシステム用隠しファイルなどを含む値なので、
RapidCopy(Pro)での表示とはズレが発生します。

以下にどうしてそうなるのか？とMacのデータサイズの問題について解説しますので、
Macにおけるデータ管理の一般論として参考にしてください。
OS Xでは各種ファイルやフォルダに、常に大量のメタデータや隠しフォルダのデータがついて回ります。
　・Finderで作成したファイルのラベル情報などの、いわゆるExtend Attribute(EA)
　・Finderでアクセスした際に勝手に作成してしまう、各種隠しフォルダ(.Spotlight-V100などなど。。)

これらの情報はFinderでクリックしただけで作成されたり、されなかったりします。
(作成される条件は不明な上、EAにつくか隠しファイルになるかはファイルシステムの都合で異なったりするため、非常に複雑です)

しかし、困った事にこれらのよく分からないファイル達はFinderの表示上は総データ容量に含んだ値で表示されます。
上記のような困った仕様により、ご質問のような「コピーしたはずなのにファイルサイズが増えた(減った)」現象が発生します。

従って、よく聞く「コピー直後なのにFinder上でのファイルサイズが違う！」という話は上記の問題からして、確認方法としては不適切です。
(もう少し言えば、ファイルサイズが同一であることを確認してもファイルの安全を確認したことにはなりません)
RapidCopyでは上記の問題に対して、ベリファイコピーによりファイル実体の内容が正しいことを担保します。

RapidCopy(Pro)におけるEAや隠しフォルダの扱いのデフォルトは以下の通りです。

・EAに関しては、付けるがデフォルトです。(FinderはEAをコピーするため)
・隠しフォルダに関してはデフォルトで「コピー対象としない」ようにしています。
　「設定」「コピー・移動設定」「"."から始まるファイルやフォルダを無視する」で変更可能です。