【pythonanywhere】pa_autoconfigure_djangoで失敗する

PythonAnywhere上にあげているWEBページを更新しようとした時、失敗して手間取ってしまったためメモに残します。
こちらではGithub上のレポジトリを使用しています。

実行したコマンド

pa_autoconfigure_django.py https://github.com/[ユーザー名]/[レポジトリ名].git

エラーログ

No such file or directory

デプロイする際のおまじない程度の理解だったのでエラーに困惑しました。
エラー的に必要なファイルやフォルダの場所に行けていないのはわかったのですが、こちらがカレントフォルダになっている状態では何もできない様子。
おそらく、pa_autoconfigure_djangoを実行した際に必要なフォルダが初期化されたか？

結論

Bashを立ち上げ直してもう一度pa_autoconfigure_djangoを実行することでデプロイできました。
もう少し仕組みを理解したいのですが。。。。