Using the Reactome Database

https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cpz1.722

パスウェイデータベースは、タンパク質、核酸、脂質、炭水化物、およびその他の分子実体の、生物学的な細胞内における役割を説明するものである。これらの役割をパスウェイ中心で捉えることで、腫瘍細胞の遺伝子発現プロファイルや体細胞変異カタログなどのデータから、予想外の機能関係を発見することができるかもしれない。このため、高品質のパスウェイデータベースとその関連ツールに対する需要が高まっている。Reactomeプロジェクト（オンタリオがん研究所、ニューヨーク大学ランゴンヘルス校、欧州バイオインフォマティクス研究所、オレゴン健康科学大学による共同研究）は、そのようなパスウェイデータベースの一つです。Reactomeは、ヒトの生物学的経路とプロセスに関する詳細な情報を一次文献から収集しています。Reactomeのコンテンツは、手作業でキュレーションされ、専門家が執筆し、査読を受けており、単純な中間代謝からシグナル伝達経路や複雑な細胞イベントまで幅広い範囲に及んでいます。この情報は、マウス、ラット、ゼブラフィッシュ、ワーム、その他のモデル生物におけるオルソログの可能性が高い分子反応によって補完されています。© 2023 The Authors. Current ProtocolsはWiley Periodicals LLCから出版されています。

基本プロトコル1：Reactomeパスウェイのブラウズ

基本プロトコル2：疾患・薬剤のReactomeアノテーションの探索

基本プロトコル3：遺伝子やタンパク質が関与するパスウェイを検索する

代替プロトコル1：UniProtKB（SwissProt）、Ensembl、Entrez遺伝子識別子を用いて、遺伝子やタンパク質が関わるパスウェイを検索する。

代替プロトコル2：アドバンスドサーチを使う

基本プロトコル4：Reactomeパスウェイ解析ツールを使って、統計的に過剰発現しているパスウェイを特定する。

基本プロトコル5：Reactomeパスウェイ解析ツールを使って、Reactomeパスウェイ図に発現データを重ね合わせる

基本プロトコル6：Species Comparisonツールを用いて推論されたモデル生物とヒトのパスウェイの比較

基本プロトコル7：Tissue Distributionツールによる組織特異的発現の比較