PROSO Toolbox: a unified protein-constrained genome-scale modelling framework for strain designing and optimization
1. 本研究の学術的背景と核心的な問い：
遺伝子規模の代謝モデルにおける蛋白質制約（PCモデル）は、微生物の代謝シミュレーションに非常に便利で人気があります。しかし、その構築は高品質な遺伝子規模の代謝再構築を必要とされており、その作り方についての疑問が本研究の中心となっています。
2. 研究の目的と学術的独自性：
本研究の目的は、PROSOツールボックスという統一されたかつ簡単に使用できるPCモデルのツールボックスを紹介することです。このツールボックスは、任意の高品質な遺伝子規模の代謝再構築を入力として受け取り、自動的にPCモデルを構築することができます。
3. 研究の着想と位置づけ：
遺伝子表現データの代謝学的解析にPCモデルが用いられますが、その構築は技術的な難しさが伴っていました。そこで、我々は誰でも利用できるようなツールの開発を行いました。本研究は、この領域における最新の手法を一つのツールボックスにまとめ上げる画期的な試みと言えます。
4. 本研究で明らかにしたこと：
本研究で開発したPROSOツールボックスは、PCモデルを自動構築し、さまざまなアルゴリズムを適用して計算上の株設計やシミュレーションを行うことができます。また、最新のOVERLAYワークフローを通じて遺伝子表現データから代謝を解き明かすのを助けます。
5. 研究の有効性の検証：
本研究ではとくに、ツールボックスの使用方法についての詳細なチュートリアルと文書化を提供します。これにより、様々な背景を持つ研究者でも最大限にアクセスしやすくなっています。