PUREE: accurate pan-cancer tumor purity estimation from gene expression data

PUREE: accurate pan-cancer tumor purity estimation from gene expression data - Communications Biology

腫瘍は、悪性細胞と非悪性細胞からなる複雑な塊である。腫瘍の純度（サンプル中のがん細胞の割合）のばらつきは、統合的な解析の妨げになると同時に、腫瘍の不均一性を研究することも可能になります。PUREEは、弱教師付き学習により、腫瘍の遺伝子発現プロファイルから腫瘍の純度を推定するものである。PUREEは、7864の固形がんサンプルの遺伝子発現データとゲノムコンセンサスによる純度推定値を用いて学習させた。PUREEは、異なる固形腫瘍の種類において高い精度で純度を予測し、未知の腫瘍の種類やコホートの腫瘍サンプルに一般化しました。PUREEの遺伝子特徴は、さらに、異なる腫瘍タイプのシングルセルRNA-seqデータを用いて検証されました。包括的なベンチマークにおいて、PUREEは既存のトランスクリプトームベースの純度推定アプローチを凌駕しました。PUREEは、腫瘍の遺伝子発現データから腫瘍の純度を推定し、腫瘍の不均一性を調べるための高精度かつ汎用性の高い手法であり、ゲノミクスベースのアプローチを補完し、ゲノムデータが入手できない環境でも使用することができる。