Python(1) ある特定の種のQuality scoreだけ、fastqファイルから抜き出したい
背景大学の実習において、メタゲノムや環境DNAをnanoporeで調べると、その解析結果として読み取れた全てのリードがまとまったfastq形式のファイルが出力されました。
テキストエディットのアプリを使って中身を見てみると、1つ1つのリードのデータは以下のような形で収納されています。
@93843a48-d592-4132-8ec0-1e1afa7984a4:30:257:-1:MiFish-U-F-BC13:MiFish-U-RAGAACGATTCCATACCGTGTGA