COVID-19の歴史-第9章-その１：HIV１のある感染特性に対するSARS-CoV2のトロピズム（2021年2月16日に公開されたフランス語の論説）
数学者ジャン＝クロード・ペレスとリュック・モンタニエ教授が、ウイルス学研究所が人類に蒙昧な危険をもたらしていることを明らかにする。
お急ぎの読者のために要約すると、我々は第8章の第2部、第3部、第4部を割いて、科学的に言えば、SARS-Cov2は遺伝子工学によって操作されたコロナウイルスでしかありえないことを証明した。独自の分析と計算に基づいた我々の結論は、スティーブン・クエイ博士の結論によって裏付けられた。彼は193ページの論文を発表したばかりであるが、その中で我々とは異なる方法を用いて、SARS-Cov2が実験室由来である確率は99.8％であると計算している。例えば、SARS-Cov2ゲノムのOrf1aには、内在性ヒトレトロウイルスHERVの一部と100％同じ塩基配列が71個含まれているというありえない事実などである。この計算の現実は誰の目にも明らかである。しかし、国際的な科学界の権威は、武漢ウイルス研究所に監査を求めることを恐れている。この章では、キメラというよりむしろ、ヒトゲノムに組み込まれる可能性のあるトランスジェニック・コックテールである新型合成ウイルスによって、人類が無防備な状態に置かれる危険性を示唆している。SARS-Cov2にHIV1とHIV2のミニ配列が集中しているのは、おそらくHIVとの進化的関係から生じたSARSコロナウイルスの自然な向性だけではないだろう。もう一度言うが、組織的な機能獲得があるのだろうか？
この可能性を最初に示唆したのは、撤回を余儀なくされる前に、BioRxivのサイトに掲載されたプラダンらの論文である。プラシャント・プラダンらの論文は、ある面では批判を受ける可能性が高いが、Sタンパク質の重要な場所にこれらのHIVアミノ酸配列が存在するという現実を示している。
もうひとつは、数学者のジャン＝クロード・ペレスとノーベル賞受賞者のリュック・モンタニエによるもので、Sタンパク質遺伝子にHIV関連のミニヌクレオチド配列が異常に集中していることに注目し、その存在がエイズワクチン開発の試みと関連している可能性を提起した。 ジャン・クロード・ペレスとリュック・モンタニエ教授は、SARS-Cov2ゲノムの解析においてさらに踏み込み、学識ある遺伝学者の洞察力を必要とするような示唆を与えている。
「SARS-Cov2ゲノムにHIVウイルスのミニ配列が存在-ワクチン戦略の可能性？」
2020年4月17日のテレビインタビューで、リュック・モンタニエ教授は、SARS-Cov2ゲノムの非常に短いセグメントに、少なくとも半ダースのミニHIV配列がまとまって存在していることに注目した。この観察は2020年2月、数学者ジャン＝クロード・ペレスによって「Covid-19の合成起源と進化」というタイトルで発表された。HIV1やHIV2に関連するこれらの非常に小さな配列の存在は、疑問を投げかける事実ではあるが、この研究の中心点ではないことに注意されたい。本章の次の部分で説明するが、この研究は種の進化の驚くべき側面を明らかにしている。
厳密に言えば、これらはこれまで言われてきたような挿入ではなく、HIVと類似あるいは同一の配列の小さな断片であり、異なるものである。Luc MontagnierとJean-Claude Pérezによれば、これらのミニ配列の長さは18から30 ntで、統計的に本物の遺伝的シグナルの検出閾値を超えている。これらは外来性情報伝達要素（EIE）である可能性があり、つまり遺伝的意義があり、生理学的影響を及ぼす可能性があるということである。彼らは、HIVだけでなく、マラリアの原因であるヨウエリ原虫（38 ntの長いミニ配列1本）にも関連する、このEIEが集中的に存在することは自然なことではなく、中国の研究室から漏れたワクチン開発戦略の結果であると主張している。
「ワクチン接種の一般原則-失敗した抗マラリアワクチン、モスキリックスの例。」
ワクチン接種の原理は、基本的に、非常に短いアミノ酸配列（aa）、通常4～12aa（12～36ntの長さに相当）を認識する中和抗体の生成に基づいており、抗原エピトープを形成し、他の不活化ウイルスに属する露出タンパク質（エンベロープタンパク質）に導入することができる。予防的HIVワクチンの開発には、ブロードスペクトラム抗体、すなわちアミノ酸組成の変化にあまり敏感でなく、複数の部位でウイルスを攻撃できる抗原エピトープの開発が必要である。この問題は非常にデリケートであるため、最先端の研究対象となっている（Fahd Benjellounによる博士論文2013年）。
「効果的な予防ワクチンの開発は、HIV1の主要エピトープを構造的に模倣できる免疫原の選択と、広域中和モノクローナル抗体の選択にかかっている」（Fahd Benjelloun論文、2013年）。
リュック・モンタニエの主張は偶然ではない。現実には、すでに述べたように（第7章その2）、中国ではエイズウイルスがWHOに報告されていない大惨事を引き起こしているからだ。中国が過去15年間、経済的・戦略的に多くの関係を築いてきた東南アジアやアフリカからのマラリアも、中国における災禍の一つである。中国におけるマラリアの流行は、1億3,500万ドル（USD）の費用をかけて、2015年以降、コントロールされているように見える。しかし、再発の可能性は避けられず、この病気の経済的・人的コストを考えると、ワクチン開発の必要性は依然として残っている。アフリカ諸国と中国は、エイズとマラリアという共通の病との闘いを共有していることに注目すべきである。テドロス・ゲブレイエススWHO所長がエチオピア人であることから、WHOと中国政府との間に、エイズとマラリアに対するワクチン開発に関する暗黙の了解があるのではないか、という疑問が生じる。SARS-Cov2に見られるように、健康被害は世界的に極めて深刻な経済的・社会的影響を及ぼすため、地政学的な問題なのである。
もうひとつの共通点は、この2つの病気の病原体は異なるが（一方はウイルス、もう一方は寄生虫）、体内での複製と拡散のメカニズムが特殊であるため、何十年もの間、ワクチン開発に抵抗してきたことである。
エイズウイルスは、CD4レセプターに結合してT4リンパ球に侵入するための表面糖タンパク質gp120が、非常に多様であることが謎である。 このタンパク質の細胞質に最も露出した部分（ループ）は、非常に多くの変異を起こす。ウイルスが生存可能な変異を起こす力は、一個人の感染期間中に測定できるほどである。ウイルスは免疫系から逃れるための多くのメカニズムを持っており、一次感染時に生成される抗体の免疫化を回避することが可能である。これによって長期間持続する抗体の産生が妨げられるだけでなく、HIVウイルスは獲得免疫反応を仲介する細胞にも侵入する。つまり、主要組織適合複合体（MHC）を介して抗原を検出することで生成される抗体から作られる反応を誘発する役割を担っている。CD4+T細胞（すなわちCD4レセプターのキャリア）は、ビリオンの表面タンパク質を検出し、Bリンパ球などの他の免疫細胞をビリオンに向かわせ、破壊する役割を担っている。CD4+T細胞はその中に隠れているウイルスを検出できないため、HIVはその中で大量に複製することでそれらを破壊し、後天性免疫システムを完全に停止させ、免疫不全症候群を引き起こす。
マラリアの場合、ワクチン開発が難しいのは、寄生虫がある臓器から別の臓器へと移動し、感染の段階ごとに異なる抗原を発現するからである。寄生虫は赤血球に侵入し、血液中の免疫システムを回避する。寄生虫のサイクルは感染する生物によって異なるため、げっ歯類はヒトと同じ株には感受性がないため、研究にはあまり信頼できる動物モデルがない。エイズウイルスと同様に、ワクチン戦略としては、病原体が変質する前の感染初期に大規模な捕捉を試み、多数の異なる抗原に基づく免疫反応を引き起こすことであろう。しかし、これは蜃気楼である。なぜなら、ワクチン接種を無意味なものにするためには、ウイルスや病原体のごく一部が体内の最初の攻撃から逃れるだけでよいからである。例えば、マラリアに対するワクチンの開発は、60年間研究されてきたが、その開発に人生を捧げてきた人々のエゴ以外の何物でもなかった。彼らは敗北を認めたくなく、自然に対する人間の優位性を何としても示したいのだ。
2019年にアフリカで再度テストされるモスキリックス・マラリア・ワクチンは、GSKが製造し、ビル・ゲート財団がスポンサーとなっている。このワクチンは、「抗体免疫反応を引き起こす寄生虫のタンパク質から抽出した抗原配列と、B型肝炎ウイルスの表面抗原を組み合わせて、ワクチンのようなウイルスを形成する」（出典：Le Blob）ことを原理として開発された。
このワクチン戦略は、SARS-Cov2におけるHIV EIAの存在に関してモンタニエ教授が言及しているものかもしれない。いずれにせよ、魔術師の弟子のレシピにふさわしいものである。というのも、誰が何と言おうと、危険な疑似型ウイルス（HIV、B型肝炎など）を使用することは、その不活化の程度にかかわらず、道徳的な問題を引き起こすからである。いずれにせよ、何十年にもわたる努力の結晶であるこのワクチンは、「たとえ何百万人もの感染を防ぐことができたとしても、部分的な防御効果しかなく、時間の経過とともに低下する」。また、この治療法を受けた人たちの髄膜炎や脳マラリアの症例数が増加している。(出典：Le Blob）
GSK社の研究者たちは、3回目の投与から18ヵ月後に4回目の投与を行い、「免疫防御を安定させる」というアイデアを提唱している。 (出典：Le Blob） 感染の回避は部分的な保護の期間しか続かず、定期的な再接種の必要性につながる場合、強制的な年次繰り返しによる自己免疫の危険性の観点からも、矛盾がある。この乱用的なワクチン接種の繰り返しは、まさにSARS-Cov2ワクチンで起ころうとしていることである。
「インドの研究者プラダンら、SARS-Cov2におけるHIV1配列挿入に関する論文撤回を余儀なくされる。」
ウイルスを比較するには、タンパク質の配列を比較しなければならない。MontagnierとPerezの共同研究で同定されたEIAを詳しく見る前に、ゲノムレベルだけでなく、遺伝子が発現するタンパク質のレベルでも生物の近さを比較できることを忘れてはならない。タンパク質は生物の機能的要素を構成し、細胞を構造化し、コミュニケーションと発達を保証し、多数の生理学的化学反応に関与している。タンパク質レベルでの比較は、ゲノムレベルでの変化（点突然変異、ヌクレオチド群の挿入や欠失）が発現遺伝子の機能や機能特性に与える影響を理解し、測定するために不可欠である。
ウイルスの解析では、2種類の比較を並行して行わなければならない。例えば、第3回で見たように、SARS-Cov2とRaTG13のSタンパク質は、97.7％のアミノ酸同一性（RBMとフリン部位を除くと99.1％）を共有しているが、実際にはゲノムの比較から想像される（93.2％）よりもはるかに近い。これは、SARS-Cov2がRaTG13と劇的に関連していることを示しており、他の構造タンパク質、すなわちE（100％）、M（99.1％）、N（99.4％）、およびポリメラーゼ（99.6％）についても99％以上の同一性がある。Sタンパク質とともに、これらのタンパク質はウイルスの本質的な機能を保証している。少なくとも7年の進化がこの2つのウイルスを隔てていると考えられていることを考えると、このことはさらに憂慮すべきことである。研究室に保管されているヒト・ウイルスとコウモリ・ウイルスの間のこの異常な接近は、種の壁を越える際にSタンパク質を特徴づけるはずの正の選択圧を無視している。互いに直接の関係はないはずの2つのウイルスの間で、なぜこのような接近が自然に起こりうるのかを合理的に説明できる根拠のある理論は、おそらく存在しないだろう。
インドの研究者プラシャント・プラダンと彼のチームが、HIV1のgp120（CD4受容体認識糖タンパク質）とgag（細胞膜融合タンパク質）タンパク質に、4つの同一または類似のミニ配列が「奇妙な」存在であることを特定できたのも、Sタンパク質のタンパク質配列を比較することによってであった。彼らはLyons Weilerとともに、SARS-Cov2に関する批判的見解を発表しようとした最初の人物である。彼らの発表前の論文は、SARS-Cov2の塩基配列が国際的なデータベース（GenBank）に登録されてからわずか2週間後の2020年1月31日にBioRxivのウェブサイトに登録された。彼らは政治的、科学的圧力を受け、この論文を撤回せざるを得なかったのである。
この結果は、SARS-Cov2のSタンパク質を最も近いウイルス（彼らによればGZ02ウイルス）のSタンパク質と比較することにより、SARS-Cov2の病態の機能的解析の第一段階に相当する。GZ02ウイルスは2003年9月に広州で分離されたSARS-Covウイルスの変種である。2002-2003年の流行の参照ゲノムと考えられているSARS-Cov Urbaniと同様、このウイルスのSタンパク質はSARS-Cov2のそれと75％のaa配列同一性を有している。しかし、RBM（Lyons-Weiler領域）までのS1-N-terサブドメインのレベルでは状況は全く同じではなく、SARS-Cov（Urbani）の75％に対し、GZ02は61％の同一性を持っている。 つまり、この点から見ると、これから説明するように、彼らは自分たちの実証をより説得力のあるものにしようとしたことが証明されたことになる。
彼らは、マルチプルアラインメントソフトウェアのおかげで、SARS-CovのS1-N-terサブドメインがSARS-Cov2に最も近いものであることを完全に知っていた。これは、彼らが探しているもの、つまり、S1-N-terサブドメインのような重要な位置に挿入されたHIVミニ配列を事前に知っていたことを示しているようである。SARS-Cov2の塩基配列がGenBankに登録されてから、彼らの論文がBioRxivに登録されるまで、わずか15日しか経過していないことを忘れてはならない。これは超音速の研究作業であり、本当の研究とは言い難い。このことは、HIVのミニ配列挿入が、ウイルス学研究の機密の環境で検討されている実験的ワクチン技術であることを示している。この技術は、マラリア・ワクチンについて上述したテクニックと非常に論理的に似ている。
Pradhanらは、GZ02と比較して、SARS-Cov2のSタンパク質には長さ3～7アミノ酸（残基）の間に5つの挿入があることを示している。ウイルスのRNAコードにおける挿入は、ウイルスRNA複製中にごく自然に起こりうる。SARS-Cov2のSタンパク質の長さをSARS-Covに比べて長くしている5つの挿入部分のうち4つはgp120とgagの配列に対応しており、長さは6から12aaの間であり、さらに、他のすべてのコロナウイルスの中でSARS-Cov2に固有のものである。私たちはこれらの声明が正確であることを確認した。
しかし、4つの挿入配列のうち2つは、すべてのコロナウイルスの中でSARS-Cov2に特有のものではあるが、マラリア原虫のような何百もの異なる生物に見られるものであり、HIV1に特有のものではない。最も短い2つの配列の長さは6aaである（TNGTKRとHKNNKS）。最も長い2つの配列、(RSYLTPGDSSSG)と(QTNSPRRA)は12aaと8aaで、HIV1とSARS-Cov2の両方に対して事実上ユニークである（あるいは準ユニーク、RSYLTPGDSSSGはflavobacterium luteumにも見られる）。AIDSでは、gp120タンパク質はTリンパ球上のCD4レセプターに結合することにより、Sタンパク質と同等の役割を果たす。gp120に存在しない唯一の挿入部位は、SARS-Cov2に転移されると、S1とS2の間のフリン部位を構成する切断部位でgag前駆体タンパク質と一致する。前章のパート4では、SARS-Cov2の多臓器感染性におけるこの部位の重要性を示した。
最後に、PradhanらはSタンパク質のS1ドメインの空間構造における他の3つの挿入部位の相対的な位置を分析した。S1 (SD-1)のN末端サブドメインの直線配列上では、互いに離れた位置にあるが、HIV1 gp120タンパク質のこれら3つの断片は、細胞質によく露出し、宿主ACE2レセプターの接触認識に関与する特定の位置（頂点）にまとまっている。彼らは、頂点のS1構造ループの配列が伸長することで、ACE2受容体結合ドメインの柔軟性が増すと結論付けている。このことは、分子動力学シミュレーションと合わせて実験的に検証することが可能であろう。このように配列の長さが長くなることで、構造の柔軟性が増し、理論的には、この領域がACE2受容体や他の関連する共受容体と良好な相互作用をする能力が高まる可能性があることは否定できない。これらはgp120タンパク質のミニ配列であるという事実は、進化的なトロピズムにより、特定の細胞レセプターに対する特異的な親和性を持っているため、特に興味深い。
プラダンらは、SARS-Cov2特有のHIV1挿入の空間的連鎖は、ウイルスの感染性を高めることに寄与し、さらにベータコロナウイルス2b特有のフリン切断部位の挿入は偶然のものではないと結論づけた。このことは、これらが人為的な機能獲得（GOF）改変であることを示唆しており、著者らは論文を撤回するに至った。しかし、我々はもう一度、前章で述べたことに加えて、不穏なことが起こっていることを指摘せざるを得ない。SARS-Cov2のSタンパク質がRaTG13のSタンパク質と近接していることである。
「Pradhanらによる解析を再検討すると、HIV1に対する自然なトロピズムの可能性が示唆される。」
もしPradhanらが最初の比較にSARS-Cov UrbaniのS1-N-terドメインを使用していたら、4つの挿入点を直接同定することはできず、2つ（挿入点3と4）しか同定できなかったであろう。実際、インサート1と2のレベルでは、SARS-Cov Urbaniの配列は同じ長さで（インサート2の1残基を除けば）、gp120タンパク質のミニ配列にも対応している。 インサート1の位置では、これはTNNAATKRであり、ウイルスZC45とZXC21では100％同一であり、HIV1では86％同一である。インサート2の位置はLSGYYHNNKTで、コロナウイルスの中ではZC45とZXC21ウイルスにのみ見られ、HIV1ではLKGYFNNNKTという形である。SARS-Cov Urbaniの配列はインサート3で3残基短いが、gp120タンパク質のミニ配列（NNGWTA）に正確に対応しており、この配列もコロナウイルスではZC45（E0.002）とZXC21（E0.035）、Pan-Cov-GD（E0.035）にのみ見られる。
より明確にするために、2003年から2019年の間に経時的に拡散した20のベータコロナウイルスの中から、挿入1の領域（保存された三重鎖SNTとYFAで囲まれた領域）をより詳細に分析した。挿入1領域の長さにはかなりのばらつきがあることがわかった。分析した配列のうち、8つはSARS-Cov2とほぼ同じ長さであった。また、それらのほとんどは、SARS-Cov2で同定されたHIV1断片に対応するものよりも良好な期待値E＜14（本節の付録のEの意味を参照）の値を持つHIV1配列の断片を含んでおり、特にZC45とZXC21軍用ウイルスで顕著であった。次に、コウモリSARS型のベータコロナウイルスであり、ヒト化されていないShaanxi2011ウイルスを研究した。
挿入体1の完全なQNTIVYFDNH配列は、βコロナウイルスのShaanxi2011、BtRs-βCoV/HuB2013、HIV1（gp120）、および他の2つの生物に固有である。Shaanxi2011のS1ドメイン配列のループは、挿入部2および3に対応し、HIV1のミニ配列（TVSRNQHY、E4.6、gag遺伝子、マトリックスタンパク質p17aおよびQANFLTEN、E13 gag pol）を含む。TVSRNQHY配列は、他の2つのベータコロナウイルス（BtRs-BetaCoV/HuB2013とCp/Yunnan2011）とHIV1以外の2つの生物で見つかっている。同様に、QANFLTEN配列はコロナウイルスの中ではベータコロナウイルスShaanxi2011とBtRs-BetaCoV/HuB2013に特異的であるが、他の多くの生物には存在する。
したがって、SARS-Cov Urbani（ヒト）やShaanxi2011（コウモリ）など、他のベータコロナウイルスにおいてもSARS-Cov2と同様の状況が観察され、コロナウイルスとHIV1との間に遠い自然的関係があることが示された。
挿入部2と3の配列が細胞侵入タンパク質gp120に対応していないため、Shanxi2011ウイルスの状況はSARS-Cov2やSARS-Covよりも明らかではない。 Pradhanらはさらに調査を進めるべきだった。 彼らの観察を特徴づけるのに、奇妙という言葉は最も適切ではなかったが、それにもかかわらず、彼らはGOFの研究対象であったかもしれない自然な向性に注意を喚起した。
要するに、このトロピズムによって、特にSタンパク質は、gp120タンパク質とアミノ酸組成が似ているS1ドメインの細長く柔軟性の高いループを介して、HIVのT4リンパ球への侵入点であるCD4細胞レセプターに作用することができるのである。 CD4およびCD8リンパ球減少とリンパ球の枯渇は、最も重症のCovid-19患者で観察される。CD4＋ T細胞はACE2レセプターをほとんど発現しないことから、Sタンパク質はCD4レセプターに結合することがわかる。今のところ、in vitroの研究では、偶然にSARSCov2がCD4＋およびCD8＋T細胞内で複製できないことが示されているが、臨床観察によると、患者はAIDSのようにCD4＋およびCD8＋T細胞の枯渇により全身性の敗血症で死亡する...。
「SARS-Cov2 Sタンパク質に同定された他のHIV1の「挿入」は、ゲノムレベル、タンパク質レベルでどのような影響を及ぼすのであろうか？」
ここで、SARS-Cov2ウイルスのゲノム中にLuc MontagnierとJean-Claude Perezによって同定された16のHIV様「ミニ配列」（同一性80％以上）に話を戻そう。先に見たように、このような配列は自然に存在し、SARS-CovのようなSARSコロナウイルスのゲノム全体に分布しているので、いくつかの場所での強化された存在の分析は疑わしい。さらに、これらの16の配列のうち14は、2002年から2003年のSARS-Covにはすでに存在していたと指摘している。Montagnier教授は、これらの配列を外来性情報伝達要素（EIE）と呼んでいるが、その理由は長さが18nt以上であるため、SARS-Cov2遺伝子の発現を変化させることにより生物学的意義を持つ可能性があるからである。これらの16個のEIEはOrf1aとSARS-Cov2のS遺伝子に存在し、非常に興味深いのは、そのうちの8個がS遺伝子のS1-N-terドメインの開始点にある275 ntの短い部分に連結されていることである。 これがPerezとMontagnierの観察における最初のキーポイントである。
PerezとMontagnierが提起した2番目の重要なポイントは、Orf1abとS遺伝子の交差点から始まり、8つのEIAをグループ化した領域（21694-21969）と部分的に重なる223ntの配列（21550-21772）を同定したことである。それによると、この配列はSARS-Cov2とRaTG13に固有のもので、223 ntの長さにわたって（挿入や欠失のない）連続的に91％の同一性がある。私たちはこれを自分たちで確認するために調べましたが、これが完全に正しいわけではないことがわかった。なぜなら、Pan-Cov-GXウイルスは220 ntの連続した長さで77％の同一性を示し、Pan-Cov-GDも挿入領域を持つ220 ntで共有していることがわかる。GenBankに掲載されている生物の中で、ZC45ウイルスとZXC21ウイルスを除いて、近くにも遠くにもこの配列を共有していませんが、わずか約 150 nt の長さにわたって非常に部分的に共有しています。。このことは、2年以内の間隔で配列決定されたこれら6つのウイルスの間に、説明しがたい関係があることを証明している。この関係は、第8章の第2部で紹介したLyons Weiler領域の解析でも証明されている。
第3のキーポイントは、2008年ケニア株のHIV1の特徴的な配列（TGTTTTTACTTTTATTGC CACTATTCTCT）で、これはS遺伝子のごく初期に、SARS-Cov2に91％、RatG13に84％保存されている。SARS-Cov2の対応する配列（TGTTTTTCTTGTTTTATTGCCACTATTCTCT）に近い配列を探すことからなる逆検索でも、近接性のユニークさは同じである。この種のシグネチャー配列は、その生物に固有であることから、フィンガープリントとしても知られている。32ntの組み合わせは180億通り以上ある。このことは、ゲノムがランダムに構成されているわけではないという事実と相まって、このような短い配列が確実に生物を特定できることを意味している。したがってこの配列は、2008年ケニア株のvpuタンパク質（特定の細胞によるビリオンの放出に必要なタンパク質）の遺伝子に属するものである。唯一類似した配列は、ガ（Laspeyria flexula、28 nt中97％の同一性）とイルカの一種（Delphinapterus leucas、28 nt中93％の同一性）に属するものである。このことは、これらの生物が遠い過去にこの特定のHIV1株の親ウイルスに汚染され、その断片がゲノムに組み込まれたことを示しているのかもしれない。
つまり、この特徴的な配列の存在は、ケニア2008年株の配列断片がSARS-Cov2ゲノムに組み込まれたことを意味する...そして、2013年以来（2017年から2018年まで）武漢ウイルス学研究所でパラフィン保存されている唯一の既知のサンプルであるRaTG13のゲノムに組み込まれたことを意味する。雲南省の中国のコウモリが2013年以前に、2008年ケニア株のHIV1の祖先に汚染され、自然にウイルスの組み換えが生じたと想像しない限り、単純な偶然では説明できない。もう一度言うが、これはSARS-Cov2とRaTG13が非常に近接していることの表れであり、説明するのは難しい。 問題は、組換えの可能性以上に、SARSコロナウイルスにこのような配列が組み込まれることによって、組換えと選択によってどのような機能的利点がもたらされるのかということである。
この配列の存在は、鏡像対称性によってvpuタンパク質の陰性RNA鎖に対応していることから、より不可解に思える。SARS-Cov2のような陽性のRNAウイルスの複製中、負の鎖はウイルスポリメラーゼによって作られ、リボソーム中で遺伝子の転写に使われる新しい陽性の鎖の鋳型となる。したがって、この配列はSARS-Cov2のHIV1 vpuタンパク質の配列をコードしていない。
もしこの配列がvpuタンパク質の正鎖であったなら、vpuはウイルス複製のための重要なアクセサリー・タンパク質であり、特に感染細胞で生成されたビリオンの放出を促進することから、機能的な解釈は十分に可能であった。GOFの観点から見ると、この小さなタンパク質は、その部分的な "レトロ "配列がS遺伝子のS1-N-ter部分の一番最初、細胞膜上のウイルスの最先端を構成する頂点の一番端に位置しているので、非常に興味深い。18aaの長さにわたって、Sタンパク質のN-ter部分は細胞質に浮遊し、膜に付着するためのアンカーとして使われる可能性がある。
プラス鎖の配列（AGAGAATAGTGGCAATAAA AGTAATAAA AACA）もvpuタンパク質のN末端に位置し、プラス電荷（MVAIKVIKT）を持つ親油性の高い配列、すなわち細胞膜に接着できる配列に相当する。しかし、HIV1 Kenya 2008のvpuは機能していない（開始コドンがataに変異しているため転写されない）ため、この特定の配列はaaに転写されない。機能的vpuのN-ter配列：MQPIPIVAIVは、SARS-Cov2のS N-ter：MFVFLVLPLV）と同様の親油性を示す。
S遺伝子が内在性あるいは外来性のレトロトランススクリプターゼによってヒトゲノムに組み込まれたという仮説（第8章その1参照）において、負の鎖相同性はエピジェネティックな制御機構に対応するのだろうか？我々はこの点についてほとんど何も知らないことを認め、アレクサンドラ・アンリオン・コードやモンタニエ教授のような遺伝学者に我々の質問に答えてもらうことにする。
第四のキーポイントは、Sタンパク質のS2ドメインに長いヌクレオチド配列（41）が存在することで、これはマラリア原虫のPlasmodium Yoeliiの配列と相同（86％の同一性）である。しかし、この配列はPan-Cov-GD（41 ntで90％の同一性）、RaTG13（39 ntで92％の同一性）、Pan-Cov-GX（39 ntで90％の同一性）およびZXC21（39 ntで90％の同一性）ウイルスにも見られる。また、特に多くのSARS型コロナウイルス（ZC45、RsSHC014、Rs3367など）において、39 ntでの同一性が85%で見つかっている。また、この配列はガ（Noctua fimbriata）、マルハナバチ（Bombus Terrestris）、セミ（Jikradia olitoria）のゲノムにも含まれており、これらの昆虫が非常に遠い過去からこの種のコロナウイルスや寄生虫Plasmodium Yoeliiと接触していたことを証明している。これらの昆虫のゲノムにこの塩基配列が挿入されたことで、寄生虫Plasmodium Yoeliiに対する抵抗性が得られたのだろうか？
Yoeliiでは、この配列は機能未知のFam-aタンパク質配列をコードする陽性鎖に相当する。この配列の読み枠はYoeliiとSARS-Cov2の間でシフトしているため、aaレベルでの直接的な配列同一性はない。Yoeliiではこの配列aaはKHKSNKFTKHKPKKNで、リジンKが非常に豊富である。SARS-Cov2では、対応するタンパク質配列は、SARS-Cov2、RaTG13、Pan-Cov-GD、ZC45およびZXC21ウイルスの間で100％保存されたAQVKQIYKTPPIKであり、20aaの長い配列（KNTQEVFAQVKQIYKTPPIK）に挿入されているが、他のGenBankタンパク質にこの配列はない。SARS-Cov2とRaTG13ウイルス、Pan-Cov-GDウイルス、ZC45ウイルス、ZXC21ウイルスとの関係をもう一度見てみよう。この類似性は、リ-メン・ヤン氏が自身の発言や論文ではっきりと主張している（第8章、第3部参照）。
この配列はSタンパク質のS2ドメイン融合ペプチドにある。S2ドメインは、タンパク質分解切断後の複雑なメカニズムで、ウイルスの細胞膜への融合に関与している。S三量体によって形成される超分子集合体では、フリンによる切断後を除いて、細胞質に直接さらされることはない。このレベルでワクチンエピトープを構成することは考えにくい。融合ペプチドは、抗体がアクセスできるようになるのに十分な時間、細胞質に露出していなければならないだろう。さらに、フレームシフトはYoeliiに類似したaa配列のコード化を妨げる。これ以上の詳細は不明である。
「PerezとMontagnierがSタンパク質の短い部分に同定したHIV1とHIV2のミニ配列は、HIVワクチンエピトープとなりうるか？」
このセクションの冒頭で、ワクチンのアプローチには、ワクチンエピトープを生成することができると標的ウイルスで同定されたウイルス配列の断片を挿入（または交換）することで構成される可能性があることを見た。これを行うには、別のウイルスからなる支持体を用い、そのウイルスの操作と不活性化を非常にうまくコントロールし、確実なものにしなければならない。もう一つの、より最近の戦略は、標的ウイルス（HIVなど）のエンベロープタンパク質をベクターウイルスに移植することである。感染力は強いが病原性はそれほど高くない呼吸器ウイルス、例えば弱毒コロナウイルスにワクチン接種のコンセプトを拡張することもできる。このような戦略が実際に可能かどうかはわからない。いずれにせよ、近年、中国やその他の地域で、称賛に値する目的でウイルスの遺伝子操作がすでに行われていることを考えれば、この可能性が真剣に検討されることを妨げる道徳的なルールは存在しないことは確かである。
武漢ウイルス研究所（WIV）で過去12年間に行われた数多くの研究プロジェクトは、エイズ・ワクチンの発見に費やされた多大な努力の証である。このワクチンには、1つの株の多数の変異体と、広域スペクトル抗体を生成できるエピトープ、すなわち複数のエピトープを認識できるエピトープによって保存されたワクチンエピトープを同定することが含まれる。アミノ酸配列がエピトープとなるための必須条件は、タンパク質の表面に露出し、抗体がアクセスできることである。
「ワクチンエピトープの可能性という観点からのEIEの分析。」
キーポイント2の8個のEIEがワクチンエピトープになる可能性を評価すると、キーポイント3と同じ問題に突き当たる。すなわち、8個のミニ配列のうち5個がHIV1およびHIV2ウイルスのRNAのマイナス鎖に対応していることである。これらは1、5、6、7、8の順に記された配列である。 したがって、これらは免疫反応を引き起こすアミノ酸に転写されることはない。プラス鎖のRNAコードを微妙に操作して、マイナス鎖をコード化することは想像できる。実際、Lyons-Weilerセクションの末尾にあるS遺伝子にはcat配列（S遺伝子：1196-1198）の存在が60nt続き、さらにatta配列（S遺伝子：1259-1264）が続いている。この場合、負の鎖はtataat転写プロモーターとatg開始コドンでコードされることになる。しかしこの考えは、停止コドン（taa）として転写されるであろうtta（S：1216）の存在と衝突する。
HIV/SIVの陽性コード鎖に対応する3つのEIE（配列番号2、3、4）のうち、配列番号4は、陽性鎖上で一致するものの、翻訳上1ヌクレオチドずれているため、同じアミノ酸をコードしておらず、エピトープとしての可能性は除外される。
最後に、EIE2（CTGGGACTAATGTACTAAG）と3（AATGGTACTAAAAGGTTAGATAACTG）は、SIVとHIV1の相同アミノ酸配列に対応している。aa配列2（SGTNGTK）と3（NGTKRFDNPV）は、Pradhanらの挿入配列1と重なっている。この領域は細胞質に完全に露出しているため、ワクチンエピトープを構成する理想的な候補である。HIV1ウイルス内（50％）でも、HIV1とSIVの間（40％）でも、配列相同性が非常に低いgp120タンパク質の超可変性を考慮すると、gp120タンパク質のX線構造との関連において、EIEのGTNGTK配列の正確な位置を先験的に決定することは困難である。しかし、S22-S23ループは特に細胞質に露出しており、抗体によってブロックされればCD4レセプターの接着を妨げる位置にある。EIE 3のループも間違いなくHIV1 gp120のS17-S18ループに相当する。
したがって、EIEのうち2つは、HIV1株とSIV株のワクチンエピトープの定義に完全に対応していることがわかる。しかし、彼らはgp120タンパク質の超可変ループ上にあるため、ワクチンの開発を可能にすることはできない。Pan-Cov GD（Sタンパク質のS16-S17ループ）、Pan-Cov-GX（S17-S18ループ）、RsSHC014（S20-S21ループ）ウイルスも同じ状況である。
結論として、8つのEIEのうち2つだけがワクチンエピトープに対応する可能性があり、いずれにしても（gp120タンパク質の超可変性のために）失敗する運命にある戦略であることを考えると、これらのHIVミニ配列がSタンパク質のS1ドメインの一部分に非常に集中して存在することを説明する古典的なワクチンエピトープカセットという考えは捨てざるを得ない。したがって、この統計的にありえない存在の理由は説明できないままであり、他の場所に求めなければならない。
この非常に限定された領域が、SARS-Cov2ゲノムの残りの部分と比較して、非常に高い正の進化的圧力を受けていることは奇妙である。第8章第3節で説明したように、これは宿主に適応する必要性を反映しているとしか考えられない（これは流行のごく初期に起こったはずである）。また、ゲノムの世界的な調和の必要性に対応する可能性もあり、流行開始前に最近挿入された（遺伝子操作の可能性）による矛盾を示す可能性もある。2017年から2018年にかけて塩基配列が決定される前にパラフィン包埋サンプルに保存されていたRaTG13ウイルスのSタンパク質は、RaTG13と同系のウイルスに差し込まれていたのだろうか？
次のセクションでは、フィボナッチ数列に基づくジャン＝クロード・ペレスのフラクタル共鳴法を用いて、このあまり知られていないゲノム科学の側面に焦点を当てる。 この手法によって、ウイルスの宿主への適応度を明らかにすることも可能になる。
配列アラインメントの意義を説明する添付文書
2021年2月14日執筆完了
（修正箇所）
Perez と Montagnier が提起した 2 番目の重要な点は、Orf1ab と S 遺伝子の交差部分から始まり、8 つの EIE (21694 ～ 21969) をまとめる領域と部分的に重複する 223 nt 配列 (21550 ～ 21772) の同定です。彼らによると、この配列は SARS-Cov2 と RaTG13 に固有であり、223 nt の長さにわたって連続して (挿入または欠失なしで) 91% の同一性を持っています。私たちはこれを自分たちで確認するために調べましたが、これが完全に正しいわけではないことがわかりました。なぜなら、Pan-Cov-GX ウイルスは、連続する 220 nt の長さで 77% の同一性を持つこの固有の配列を共有していることもわかり、Pan-Cov -GDも220nt、挿入ゾーンあり。 GenBank にリストされている他の生物は、ZC45 ウイルスと ZXC21 ウイルスを除けば、近くにも遠くにもこの配列を共有していませんが、わずか約 150 nt の長さにわたって非常に部分的に共有しています。これは、2 年未満の間隔で配列決定されたこれら 6 つのウイルスの間に説明が難しい関係があることを証明しています。この関係は、第 8 章のパート 2 で示されたライオンズ ワイラー地域の分析とも示されました。
（修正箇所２）
したがって、この特徴的な配列の存在は、2008 年ケニア株の配列断片が SARS-Cov2... および RaTG13 のゲノムに組み込まれたことを反映しており、その唯一の既知のサンプルは 2013 年以来 (2017 年まで) 2018）武漢ウイルス研究所でパラフィン中で。雲南省の中国コウモリが2013年以前にケニア2008年型HIV1株の祖先に汚染され、自然にウイルス組換えを起こしていたと想像しない限り、これを単なる偶然で説明することはできない。これもまた、SARS-Cov2 と RaTG13 の間の説明が難しい近接性を示しています。 私たちが尋ねることができる疑問は、組換えの可能性を超えて、SARS コロナウイルスにおけるそのような配列の組込みと選択によってどのような機能的利点が引き起こされただろうかということです。
この配列の存在は、実際には鏡のような対称効果によって vpu タンパク質のマイナス RNA 鎖に対応しているため、ますます説明がつかないように思えます。 SARS-Cov2 のようなポジティブ RNA ウイルスの複製中に、ウイルスのポリメラーゼによってマイナス鎖が作成され、リボソームでの遺伝子転写に使用される新しいプラス鎖を生成するための鋳型として機能します。したがって、この配列は、SARS-Cov2 の HIV1 vpu タンパク質のタンパク質配列をコードしません。
これが vpu タンパク質のプラス鎖である場合、vpu は感染細胞内で生成されるビリオンの放出を促進するなど、ウイルスの複製に重要なアクセサリータンパク質であるため、機能的解釈が完全に可能でした。したがって、GOF レベルでは、この小さなタンパク質は非常に興味深いものです。なぜなら、その部分的な「レトロ」配列が、S 遺伝子の S1-N-ter 部分の最初、つまりその頂点の最先端にあることに注目しているからです。細胞膜上のウイルスの先端を構成します。実際、18 aa の長さにわたって、S タンパク質の N 末端部分は細胞質内に浮遊し、膜にドッキングするためのアンカーとして機能する可能性があります。
プラス鎖配列 (AGAGAATAGTGGCAATAAA AGTAATAAA AACA) も vpu タンパク質の N 末端に位置し、正電荷を持つ非常に親油性の高い配列 (MVAIKVIKT) に対応します。つまり、細胞膜に接着することができます。しかし、この特定の配列は、HIV1 Kenya 2008 の vpu が機能していないため、aa には転写されません (開始コドンが ata に変異しているため転写されません)。機能的 vpu の N-ter 配列: MQPIPIVAIV は、SARS-Cov2 S N-ter: MFVFLVLLPLV) と同様の親油性特性を示します。