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Interest drivenな毎日

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  • 基礎医学・生物学の話題

    興味をもったこと・やったことをまとめていきます。

  • 雑多

  • 制限酵素地図とプログラミング

    学校の実習でやった制限酵素地図というものを、機械的に作成するプログラムについて考えてみます。

  • ゴリ押しのすすめ

    大学入試・高校・中学入試数学の問題をゴリ押します。

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自己紹介

初めまして。属性はbioに書いてある通りで、(理系の)大学生です。最近はプログラミングをはじめとした専門(医学)に直接は関係のない色々なものに手を出しています。noteでは自分の体験のまとめ・日々の生活で思ったことなどを書き綴って行こうと思いますので何卒よろしくお願いいたします。

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    • Quorum Sensingの数理について

      こんにちは。今回は微生物学の授業でやったquorum sensingという現象についてまとめておきたいと思います(メモ)ので、特にNeuesはありません。話を聞いたときに、いかにも力学系で扱われそうな話題だなと思ったのですが案の定でした。 まずこれはどういう現象であるかということですが、細菌がauto inducerという物質を用いて細菌の密度を探知し、それにより遺伝子発現を制御する機構です。Opportunistic infection(日和見感染）とも関連があることが知

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      • Pythonで(zoom等の)講義のスクショを自動化する

        こんにちは。 今回は少し技術的なことについて書こうと思います。 大学だとzoomでパワポを用いた講義があると思います。そのような場合スライドが配布されることが多いですが、まれにされないこともあり、後での復習用に毎回スライドが変わるたびにスクショする、という方もいらっしゃると思います。私もたまにそうすることがあり、今回はそれを自動化するコードを書いてみました。環境はMacとjupyter notebookです。なお、著作権等の関係でパワポを共有できないケースが往々にしてあるのは

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        • 2021C37 mod4 競プロ(nCk modP)

          今年の東大数学で2021C37を4で割った余りを求める問題が出題されましたので、これに関連してnCk modPについてまとめておきたいとお思います(既存のものの紹介なのでNeuesは少ないです)。 まず競プロでお馴染みのp=10^9+7の場合です。 これはフェルマーの小定理より、a/b modpを求める場合Pが素数でb|pならbの逆元がb^(P-2)ということから、これをかけてあげれば簡単に求めることができます。 問題となるのはPが素数でない場合です。一つの方法として、パ

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        記事

          プログラムの実験値について

          色々制約をつけていますが、これは問題の本質を変えるものではありません。例えば挿入前の配列には制限酵素の切断サイトがないと仮定していて、実際はそうでもないのですが、この場合切断サイトがあるところを、前述の問題での挿入部位と考えてしまえば解決できます。また、電気泳動で使う酵素の数についてですが、また酵素の種類が増えても、同様のコードで並行して（もしくは一方で得られたデータを渡してあげることで）解決できます。 理想化されきっちり設定された問題なら上のコードで解けますが、実際はそう

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          プログラムの実験値について

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          地図情報作成・プログラム本体

          方針を示します。 まず初めに、酵素１個を用いた時のアッセイの結果があるので、ここから絞れるその酵素の切断サイトの候補をvector<vector<ll>>に収納します。問題となる絞り方ですが、あるサイトにある・ないで場合分けすると到底間に合わないので、少し工夫をします。例えば上のように、挿入前の配列が30bp、挿入部位が20bpでアッセイにより2,3,4,41bpのバンドが出てきたとします。41は必ず挿入前の配列を全部含むので（問題の条件より、制限酵素の切断サイトは挿入前の

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          地図情報作成・プログラム本体

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          制限酵素地図・問題に落とし込むまで

          今回は珍しく（？）医学or生物学関連のことについて書きます。 生化学の実習で制限酵素地図というものを作りました。題材としてはかなり典型的なものだと思います。 制限酵素というのは、特定の配列の部分を切り取ることができるもので、制限酵素地図を書くというときは、 大体大腸菌とかの環状プラスミドDNAを用いたものが多いです。 では制限酵素地図がどういうものか、ということですが、https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_det

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          制限酵素地図・問題に落とし込むまで

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          ゴリ押しのすすめ・1章

          こんにちは。初回なので有名問題である、tan1度(tan1^と書きます)が無理数であることの証明をゴリ押しでやってみようと思います。方針としては、これがまず有理数であると仮定した上で、tan18^とtan15^からtan3^を合成します。それは、tan1^を使って表せることかわtan1^を三次方程式の解として表わし、そこから矛盾を示す、という流れです。 以下の画像がその様子です。なんとか腕力で押し切れましたね。

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          ゴリ押しのすすめ・1章

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          ゴリ押しのすすめ・0章

          受験数学の問題はいくつかの方法で解けることが往々にしてあり、その中でもスマートな本質を突いた解法が好まれるという傾向はあると思います。ただ、そういうものが思いつかなかったり泥臭い計算の作業が好きな人も一定数いると思いますし、私もその一人です。 そのため、高校時代の経験を元に、問題を「機械的に」「泥臭く」解く方法を紹介していきたいと思います。本番とかでのっけからこの方法をトライするのは推奨しませせんが、最低限の問題を潰した後時間が余っていて一つ難しいのもやりたい、と言った時には

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          ゴリ押しのすすめ・0章

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          ピアノの運指(指使い)の合理化について

          ピアノで指使いは楽譜に書いてあるものを基本使うように指導されることが多く、自分はそれがいいことはほとんどでしたが、稀に違う指使いを使った方が良いなと思うことがあります。実装はまだしていませんが指使いをできるだけロジカルに決める方法を考えてみたのでまとめておきます。 指使いで大事なのはまず楽であることだと思います。長い曲を弾いたりするときに変な指だとエネルギーのロスが激しいのでできるだけ効率の良い、使ってて楽な指使いにする必要があります。もう一つ考慮すべきなのは出したい音の質(

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          ピアノの運指(指使い)の合理化について

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