死んだはずのジェームズ・バーキンとジョー・アイザワ。彼らを蘇らせたのは何者なのか。美少女忍者・白雲斎の狙いは何か？そしてFBI捜査官リッキーが日本から持ち帰った忍者の巻物にはいったい何が書かれているのか。ディベロッパー誕生の秘密がついに明かされ、ストーリーは予想外の展開を迎える！