シーケンス＆解析方法まとめ

●結果の解釈
文字列で見るのではなく、ピークで見る
ピークの大きさやそれぞれの塩基のピークの重なり具合から確からしい配列を読み取っていく
怪しいものはチェック

●相同性検索
・シーケンス結果をそれぞれClustalWにFasta形式でペースト
・WTはreferenceもしくはプライマーを作成した際の配列を取ってくる

●変異周辺配列の確認
１つの時もあれば３つのときもある
ピークをしっかり見て変異位置を確かにする

●Probe設計
IDT社設計ツールを使う
条件を考慮して設計（詳しくはExcel参照）

●Primer設計
温度を振ることを意識して2，3個作っとく（長さや塩基の割合変えたり）

●リアルタイムPCRかける
蛍光強度確認（5以上あれば望ましい）
強度が小さいと実際の現場ではあまり使えない可能性が高い
ROXはPCR効率を下げるので薄めで使う