QGISに他メーカーで実装されていたshapeファイルを読み込んだところ、測地系の記述はなく、文字コードもシフトJISという旧態依然のもので、見事にずれていた。
該当する測地系をあれこれ調べ、ようやく「日本測地系2EPSG:6677」でピタリ決めることができた。
（場所は茨城県）