QGISに他メーカーで実装されていたshapeファイルを読み込んだところ、測地系の記述はなく、文字コードもシフトJISという旧態依然のもので、見事にずれていた。
該当する測地系をあれこれ調べ、ようやく「日本測地系2EPSG:6677」でピタリ決めることができた。
(場所は茨城県)

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