資料①～神山

【神山と芦ノ湖の関係】コトバンクより引用

 神奈川県南西部、足柄下(あしがらしも)郡箱根町にある山。箱根火山の中央火口丘（7峰）の最高峰。標高1438メートル。成層火山をなし、何回もの噴火によって、比較的流動性に富む溶岩流と火山砕屑物(さいせつぶつ)とが交互に積み重なって富士山型の山体が形成された。放射状の侵食谷が発達し、とくに北と北東の山腹に大涌谷(おおわくだに)と早雲山(そううんざん)の大形の馬蹄形侵食谷が山麓に向けて開け、硫化水素を含んだ火山ガスが噴出している。神山は箱根地域の温泉の熱源の中心で、それは神山を中心に地下の深所からわき上がるもので、大涌谷と早雲山の噴気は箱根火山中央の火道の位置を示すものと考えられている。
　神山は、草地で覆われるものが多い箱根の山々とは違って美しい原生林に覆われ、富士箱根伊豆国立公園の特別地域の一つになっている。山腹にはヒメシャラ、ブナ、ヤマボウシ、マメザクラなど箱根の代表的樹林が茂り、頂上付近にはハコネコメツツジその他の群落もあって植物の宝庫をなし、小鳥も多い。神山の名は、ここが太古から神体山とされ、神の住む山と考えられていたことによるとされ、箱根神社の元宮跡（奥の院）もあって、広く信仰を集めていた

wikipedhiaより参照
『筥根山縁起并序』（建久2年（1191年）、箱根権現別当・行実編纂）によると、古代から箱根山に対する山岳信仰は盛んで、特に神山への信仰は篤く、神山を遥拝できる駒ケ岳の山頂を磐境として祭祀が行われていた。特に、孝昭天皇の時代に聖占（しょうせん）が駒ケ岳において神仙宮を開き、神山を神体山として祀ったことが、山岳信仰の隆盛に大きな影響を与えたとされる。駒ケ岳の山頂では現在も10月24日に御神火祭が行われており、古代における神山への祭祀の名残を示しているという。
天平宝字元年（757年）、万巻は箱根山に入り、神山や駒ケ岳で3年間修行の後、神託により箱根三所権現（箱根権現）を祀る堂宇（現・箱根神社）を建立したとされる。
2015年6月30日に箱根山の噴火警戒レベルが3に引き上げられた際に、神山も入山規制の対象となった。
～以上～

神武天皇は縄文祭祀を取り入れているという事を結構前に書きました。専門家が言っている事なので。
太古の祀りという事は縄文時代からと想定できます。それ以前に芦ノ湖の化石木は成り立ちから考えても神山の縄文時代の木々ですつまり九頭竜が縛り付けられている古底木という事はとてもつじつまが合います。

九頭竜は水龍　→弁財天アマテラスの同伴龍ですから。
もし私の言う事が違うなら、神社は九頭竜を封印しません。
そっちのボスが自分がアマテラスだと主張するなら九頭竜を操れると思いませんか？

それ以前の問題で
タケル（神武天皇サイド）は九頭竜を殺しています。その事は自分たちでちゃんと書いているのだから否定できないはずです。
だから自分たちの勢力がたたられるのが怖くて封印神社を建てた可能性が高いと思います。