Native ContactとQ値
タンパク質構造の解析でNative Contactsを使っている文献を見かけます。
この記事では、Native Contact や関連する物理量であるQ値（fraction of Native Contacts）の定義や算出方法について紹介します。
Native Contactとは何か
Native Contactとは、ある構造中での「接触」（contacts）のことです。
「接触」とは何かというと、ある距離より接近していることです。
つまり、異なる残基の原子同士がある距離より接近しているとき、「接触」しているとみなします。
しきい値となる「ある距離」ですが、３より離れた残基ペアかつheavy atoms間の距離を4.5Åとしている文献がありました。
Q値とは何か
Q値とは Fraction of Native Contacts、つまりNative Contactの割合のことです。
例えば、MD計算の初期状態をreference構造としたとき、トラジェクトリー中の構造が、どれだけref構造のNative Contactを保持しているか計算します。
Q値はいくつか計算方法があるようです。
１．Hard Cut
２．Soft Cut
３．Radius Cut
いずれにしてもQ値は0~1の値をとり、reference構造に近いほど１に近い値をとります。
MDTrajを使った算出方法
トラジェクトリーの解析ライブラリであるMDTrajでは、Q値（Soft Cut）を算出してくれるサンプルスクリプトを公開しています。
気になる人は使ってみましょう。