書記のBio/Chem-Info日誌#14 プライマー設計をする（Primer3Plus，Primer-BLAST）
今回は操作に慣れる目的で記事を作成した。結果は変かもしれないが特定の事項について調べるわけではないので気にしないことにする。
使う配列
ヒトp53の配列を用いる。
Primer3
メイン画面はこんな感じ。ここでは600番目の塩基周辺からプライマーを設計する。
ざっと設定をして「Pick Primers」をクリック。
提案されたものがこちら。
他にも複数の候補がある。
「Primer3Manager」を新たに開く。
Check!をクリックして，プライマーをチェックする。
見た感じでは，特に問題はなさそうである。
「Primer3Manager」でBlast!をクリックすると，プライマー配列に対してBLAST検索が実行できる。
Primer-BLAST
先ほどと同じ配列を，デフォルト設定で投げてみる。
検索データベースに登録されている以下の配列に非常に似ている，とあるのでそれら配列を加えることにする。
3分ほど待ち，結果がこちら。
参考資料
細かいパラメータ設定については以下を参照。
本記事のもくじはこちら：
