書記のBioInfo日誌#7 GEO2Rを用いたマイクロアレイデータ解析（2021/05/15）

目的

マイクロアレイデータを解析する

結果

以下の動画を参考にした：

NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているマイクロアレイデータを解析する

参考文献：

Nicotinamide inhibits melanoma in vitro and in vivo

メラノーマ患者におけるナイアシン受容体の発現低下を，遺伝子発現データより調べた，という内容。今回はGEOを用いた解析について扱う。

GEOのトップページ

原発性メラノーマと転移性メラノーマでの発現（GDS3966）を調査したデータセットを検索する。

Reference Seriesへと飛ぶ，ここにデータセットの詳細が書かれている。

下の方に「Analyze with GEO2R」とあるので，クリック。

サンプルごとの情報が並べられている。

ここで，原発性メラノーマ（pri）と転移性メラノーマ（met）と分類して比較する。

結果がこちらである。さまざまなグラフが表示される。見た感じ，原発性と転移性では発現に差があるっぽいことがわかる。

今回調べたいのは「HCAR3の発現」である。これは，profile graphより対応するIDを入力するとわかる。

詳しい解析には色々と計算が必要であるが，今回はとりあえず目視のみで。「転移性メラノーマサンプルでは原発性メラノーマサンプルと比較して強くかつ有意に減少している」らしいことは十分に分かった。

本記事のもくじはこちら：

バイオインフォマティクスまとめ｜Writer_Rinka｜note