書記の読書記録#135「生命科学の新しい潮流 理論生物学」
望月敦史(編)「生命科学の新しい潮流 理論生物学」のレビューと読書記録
レビュー
理論生物学(Theoretical Biology)は、生物の種々の側面に関して数理的な理論やモデルの構築をめざす生物学の一分野。(Wikipediaより引用)
本書は理論生物学についての解説本であり,生体分子制御,細胞機能,形態発生におけるそれぞれの理論について紹介する。数理モデルとしては,力学系,確率過程,メカニクス,偏微分方程式系を扱っている。
読書記録
# 1p3〜37
・適切なモデルの構築,理論解析と数値計算・バクテリアの走化性のモデル
# 2p41〜200
・概日時計の周期・時計遺伝子フィードバックモデル,周期と光強度が同調にもたらす影響・細胞の運命決定,逐次ベイズ推定による・BA入力動態の比較・遺伝子制御グラフ・Linkage Logic・「同一入力→同一入力」の原則・ダイナミクスの独立性・走化性シグナル伝達系・確率的な情報処理・自発的局在形成・自発的な対称性の破れ・走化性のバイアスモデル・負のフィードバックによる振動現象・蔵本型の転移現象,ダイナミカルクオラムセンシング型の転移現象・集団的な振動現象・微小管に働く力・雄性前核の移動機構,押しモデルか引きモデルか?・シナプス可塑性(STDP),方向選択性の学習・粘菌の迷路解き,フィザルムソルバー,道路網への適用,スタイナー問題
# 3p203〜268
・反応拡散系:初期条件,反応項,拡散項,支配方程式,境界条件・モルフォゲン勾配・Vertex dymanics細胞モデル・ボロノイ領域・哺乳類の胚盤胞形成・器官形成ダイナミクス・局所曖昧性とエントロピー・四肢発生
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