pip3とcutadapt,HTseqのインストール

pip は、The Python Package Index に公開されているPythonパッケージのインストールなどを行うユーティリティ。
pipを使ってcutadapt,HTseqをインストールします。
（cutadapt,HTseqはpythonで書かれています）
ubuntuには最初からpythonがインストールされているので、
バージョンを確認します。

python3 --version

ubuntu20.04.1は、python 3.8.5　でした。
pipをインストールします。

sudo apt install python3-pip

インストールが終わったら、バージョンを確認

pip3 -V

pip 20.0.2 from /usr/lib/python3/dist-packages/pip (python 3.8)
バージョンは20.0.2でした。

cutadapt シーケンスリードリードから不要なアダプター配列を取り除くプログラムである。pythonで書かれている。

cutadaptをインストールします。

python3 -m pip install --user --upgrade cutadapt

インストールが終わったら、下記のコマンドでバージョンを確認します。

~/.local/bin/cutadapt --version

パスを通しておくとフルパスを指定しなくてすみます。
このサイトを参考に
cutadapt install
　Installation on a Debian-based Linux distribution
https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/installation.html#installation-on-a-debian-based-linux-distribution

export PATH=$PATH:$HOME/.local/bin

3.2　でした。

HTSeqのインストール
BAM あるいは SAM ファイルからカウントデータを取得する際に使用するプログラム

pip3 install HTSeq

これでpip3、cutadapt、HTseqのインストールが完了です。