Samtoolsのインストール

下記のページからソースをダウンロード
Samtools　Current releases
http://www.htslib.org/download/

ダウンロードしたファイルを適当な場所に置いて、解凍します。

tar xfv samtools-1.11.tar.bz2

解凍したフォルダに移動

cd samtools-1.11

./configureを実行します。
（インストールするマシンOSのCPUやバージョンを調べたり，必要な関連ツールを調査し、これらの状況を記述したMakefileファイルを作成）

./configure

configureで作成されたMakefileを基にしてソースコードをコンパイルします。

make

ライブラリーが見つからずエラーで止まるので 必要なライブラリーをインストールします。

cram/cram_io.c:57:10: fatal error: lzma.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
57 | #include <lzma.h>
| ^~~~~~~~
compilation terminated.
make[1]: *** [Makefile:136: cram/cram_io.o] エラー 1

上記のようなメッセージが表示されました。
lzma.hがないというエラー

ubuntuで足りないファイルがどのパッケージにあるか調べる方法
https://embedded.hatenadiary.org/entry/20081101/p3

sudo apt-get install apt-file
sudo apt-file update

lzma.hファイルがどのパッケージに入っているか調べます。

apt-file search lzma.h

 /usr/include/lzma.h
liblzma-dev: /usr/include/lzma.h

liblzma-devパッケージに入っているので、インストールします。

sudo apt-get install liblzma-dev

そしてまた、make

make

１回のmake実行で、１エラーずつ出てきます。

ファイルがないというエラーが３回出ました。（curses.h　bzlib.h　curl.h）
同じように、apt-file searchコマンドでパッケージを探して、apt-get installコマンドでそのパッケージをインストールします。
ちなみにパッケージは下記の通りです。

curses.h　　パッケージ：libncurses5-dev
bzlib.h　　　パッケージ：libbz2-dev
curl.h　　　パッケージ：libcurl4-nss-dev

正常に終了したら、

sudo make install

make install　は，makeで生成されたバイナリファイルなどを規定のディレクトリにインストールします。

正常に終了したら、

samtools

下記のように表示されたらインストール完了です。
Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 1.11 (using htslib 1.11)