Biocondaのツールのインストール
「次世代シークエンサー DRY解析教本(秀潤社)」で勉強しています。
このあと実践するために、本の中で使用するBiocondaのツールをインストールします。
1.SRA Toolkit(SRA Tools)
2.Trim galore!
3.kallisto
1.SRA Toolkit(SRA Tools)
このツールに入っているfasterq-dimpでSRA形式のファイルからFASTQ形式の配列データを取得します。
コマンド conda install -c bioconda sra-tools
2.Trim galore!
コマンド conda install -c bioconda trim-galore
3.kallisto
コマンド conda install -c bioconda kallisto
これで準備は完了です。